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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G327600
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 81935272-81935960 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

528 bp · TkA07G327600|TK1151|cDNA

TTCCGTTTAAACTGGGCTAGCTTCAGTTCAGGCGAAAAACGTCAAGAACCAGGCTCAGATCTTTCCATATTCATAGGAGATTTAGCTCCAGATGTTACTGATACAATCCTCTACGAAACATTCGCTGGTAGATGTTACTGTATATTAATGGTGTTTGTACTTTTAGCTGTGTTATTATCTGGTGGAAATGGTGGATTTGGCGGTACTCCTCAAAATTCTCAGTCTGATGGAGATTCTTCAAACACAACAATATTTGTGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

483 bp · TkA07G327600|TK1151|CDS

TTCCGTTTAAACTGGGCTAGCTTCAGTTCAGGCGAAAAACGTCAAGAACCAGGCTCAGATCTTTCCATATTCATAGGAGATTTAGCTCCAGATGTTACTGATACAATCCTCTACGAAACATTCGCTGGTAGATGTTACTGTATATTAATGGTGTTTGTACTTTTAGCTGTGTTATTATCTGGTGGAAATGGTGGATTTGGCGGTACTCCTCAAAATTCTCAGTCTGATGGAGATTCTTCAAACACAACAATATTTGTGGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

160 aa · TkA07G327600|TK1151|PROTEIN

FRLNWASFSSGEKRQEPGSDLSIFIGDLAPDVTDTILYETFAGRCYCILMVFVLLAVLLSGGNGGFGGTPQNSQSDGDSSNTTIFVGGLDSEFTDEDLRQTFSQCGEILSVKIPLGKGCGFVQFASRGSAEDAIQNMHGTVIGNQTVRISWGKTPANRQV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G327600
TK1151 IDTkA07G327600
OH-1004 IDLXL04_019188
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 86.957
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G327600
位置Chr07:81935272-81935960 (-)
描述Similar to RBP47C': Polyadenylate-binding protein RBP47C'
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g19130 异质核核糖核蛋白（hnRNP）蛋白，结合mRNA的poly(A)尾，可能参与前mRNA成熟的某些步骤。 暂无已核实直接文献
At1g49600 异质核核糖核蛋白（hnRNP）蛋白，结合mRNA的poly(A)尾，可能参与前mRNA成熟的某些步骤。 暂无已核实直接文献
At1g47500 异质核核糖核蛋白（hnRNP）蛋白，结合mRNA的poly(A)尾，可能参与前mRNA成熟的某些步骤。 暂无已核实直接文献
At1g47490 异质核核糖核蛋白（hnRNP）蛋白，结合mRNA的poly(A)尾，可能参与前mRNA成熟的某些步骤。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019188 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0034605 cellular response to heat 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008143 poly(A) binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G47490
ath:AT1G47500
ath:AT1G49600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.680
排名 1 · TkA07G327600 · TK1151
细胞质0.566
排名 2 · TkA07G327600 · TK1151
细胞膜0.043
排名 3 · TkA07G327600 · TK1151
内质网0.036
排名 4 · TkA07G327600 · TK1151
线粒体0.035
排名 5 · TkA07G327600 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076RRM_123-42 aa
PF16367RRM_723-42 aa
PF29393DUF854250-79 aa
PF13893RRM_575-155 aa
PF05172RRM_Nup3578-146 aa
PF14605Nup35_RRM_282-133 aa
PF16367RRM_783-109 aa
PF28976RRM_ACIN183-141 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G327600PF00076RRM_123422.4e-2279.3
TkA07G327600PF16367RRM_723423.7e-0524.3
TkA07G327600PF29393DUF854250790.1312.2
TkA07G327600PF13893RRM_5751550.004717.3
TkA07G327600PF05172RRM_Nup35781460.0008620.0
TkA07G327600PF14605Nup35_RRM_2821330.01216.2
TkA07G327600PF16367RRM_7831093.7e-0524.3
TkA07G327600PF28976RRM_ACIN1831410.02115.6
TkA07G327600PF16842RRM_occluded831500.3311.6
TkA07G327600PF00076RRM_1841482.4e-2279.3
TkA07G327600PF08777RRM_3861400.00119.8
TkA07G327600PF29326RRM_MUD2_C1181510.3211.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q0WW84拟南芥sp|Q0WW84|RB47B_ARATH Polyadenylate-binding protein RBP47B45.900%Swiss-Prot中等置信
F4I3B3拟南芥sp|F4I3B3|RB47A_ARATH Polyadenylate-binding protein RBP47A46.800%Swiss-Prot中等置信
Q9SX80拟南芥sp|Q9SX80|R47CP_ARATH Polyadenylate-binding protein RBP47C'47.300%Swiss-Prot中等置信
Q9SX79拟南芥sp|Q9SX79|RB47C_ARATH Polyadenylate-binding protein RBP47C45.900%Swiss-Prot中等置信

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