RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G327130
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 81837860-81838357 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

498 bp · TkA07G327130|TK1151|cDNA

ATGGGTTTTCCGGTGGGTTACACAGATCTCTTCCTCCCACAACTCATCGTCCATATCTTAACCCTTCTAGGTGTCATCCATAGCCTCATTTCTTCCCTTTTCTCCTTTATCGGACTCAAAGATATATTTCATCCCATCTCTCAATCCAACGCGCCACAATCTGAGCTGCCAACTCAGTTCCAGACGTTATCCGCCGTCCTCCTCCGTGAACTCCTTCCTGTCGTCAAGTTCACAGAGCTCGTAGACCCTCCCGAGACCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

498 bp · TkA07G327130|TK1151|CDS

ATGGGTTTTCCGGTGGGTTACACAGATCTCTTCCTCCCACAACTCATCGTCCATATCTTAACCCTTCTAGGTGTCATCCATAGCCTCATTTCTTCCCTTTTCTCCTTTATCGGACTCAAAGATATATTTCATCCCATCTCTCAATCCAACGCGCCACAATCTGAGCTGCCAACTCAGTTCCAGACGTTATCCGCCGTCCTCCTCCGTGAACTCCTTCCTGTCGTCAAGTTCACAGAGCTCGTAGACCCTCCCGAGACCTG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

165 aa · TkA07G327130|TK1151|PROTEIN

MGFPVGYTDLFLPQLIVHILTLLGVIHSLISSLFSFIGLKDIFHPISQSNAPQSELPTQFQTLSAVLLRELLPVVKFTELVDPPETCVVCLYEFDAGDEIRVLTNCRHVFHRCCVDRWMDHDRKTCPLCRTPFISEDLQDSFNERLWAASGFTDYYGESSLAGTS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G327130
TK1151 IDTkA07G327130
OH-1004 IDLXL04_029594
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 96.970 / OH-1004 99.379
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G327130
位置Chr07:81837860-81838357 (+)
描述Similar to BRH1: Brassinosteroid-responsive RING protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g61460 可能参与油菜素甾醇信号通路并调节莲座叶的生长发育。
Characterisation of BRH1, a brassinosteroid-responsive RING-H2 gene from Arabidopsis thaliana.2002 · DOI: 10.1007/s00425-001-0723-z
Overexpressed BRH1, a RING finger gene, alters rosette leaf shape in Arabidopsis thaliana.2018 · DOI: 10.1007/s11427-017-9133-8
At4g11360 当与E2酶UBC8在体外结合时，具有E3泛素-蛋白连接酶活性。 暂无已核实直接文献
At3g18773 RING-H2 指蛋白 ATL77。 暂无已核实直接文献
At2g01150 E3 泛素蛋白连接酶参与种子萌发和幼苗早期发育过程中脱落酸 信号传导的正向调节以及对盐和渗透胁迫的反应。
The Arabidopsis RING finger E3 ligase RHA2b acts additively with RHA2a in regulating abscisic acid signaling and drought response.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.176214
At1g15100 E3 泛素蛋白连接酶参与种子萌发和早期幼苗发育过程中脱落酸 信号传导以及对盐和渗透胁迫的反应的正向调节。
The Arabidopsis RING finger E3 ligase RHA2a is a novel positive regulator of abscisic acid signaling during seed germination and early seedling development.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.135269
The Arabidopsis RING finger E3 ligase RHA2b acts additively with RHA2a in regulating abscisic acid signaling and drought response.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.176214

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029594 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程
GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010200 response to chitin 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:1901371 regulation of leaf morphogenesis 生物过程
GO:1905421 regulation of plant organ morphogenesis 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G18773
ath:AT3G61460
ath:AT4G11360
ath:AT4G11370
spo:2541304
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.328
排名 1 · TkA07G327130 · TK1151
细胞质0.261
排名 2 · TkA07G327130 · TK1151
细胞核0.209
排名 3 · TkA07G327130 · TK1151
高尔基体0.205
排名 4 · TkA07G327130 · TK1151
溶酶体／液泡0.172
排名 5 · TkA07G327130 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23555zf-RING_Vps4143-51 aa
PF12678zf-rbx185-130 aa
PF13920zf-C3HC4_385-133 aa
PF12660zf-TFIIIC85-140 aa
PF04423Rad50_zn_hook85-98 aa
PF13639zf-RING_286-130 aa
PF12861zf-ANAPC1186-134 aa
PF17120zf-RING_1686-127 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G327130PF23555zf-RING_Vps4143512.78.4
TkA07G327130PF12678zf-rbx1851302.7e-0937.8
TkA07G327130PF13920zf-C3HC4_3851330.0001522.2
TkA07G327130PF12660zf-TFIIIC851400.01516.0
TkA07G327130PF04423Rad50_zn_hook85980.1412.8
TkA07G327130PF13639zf-RING_2861304.9e-1349.8
TkA07G327130PF12861zf-ANAPC11861344.4e-0627.4
TkA07G327130PF17120zf-RING_16861270.0008519.6
TkA07G327130PF14446Prok-RING_1861170.003218.3
TkA07G327130PF04641Rtf2861370.2211.6
TkA07G327130PF17121zf-C3HC4_5861291.19.9
TkA07G327130PF17123zf-RING_11871159.2e-0832.4
TkA07G327130PF13923zf-C3HC4_2871291.4e-0628.7
TkA07G327130PF14634zf-RING_5871312.1e-0628.3
TkA07G327130PF00097zf-C3HC4871291e-0526.0
TkA07G327130PF13445zf-RING_UBOX871271.4e-0525.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9XF92拟南芥sp|Q9XF92|BRH1_ARATH Brassinosteroid-responsive RING protein 154.300%Swiss-Prot高置信
Q9SUS5拟南芥sp|Q9SUS5|RHA1B_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RHA1B35.900%Swiss-Prot中等置信
Q9LS99拟南芥sp|Q9LS99|ATL77_ARATH RING-H2 finger protein ATL7743.800%Swiss-Prot低置信
Q9ZU51拟南芥sp|Q9ZU51|RHA2B_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RHA2B45.300%Swiss-Prot低置信
Q9ZT50拟南芥sp|Q9ZT50|RHA2A_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RHA2A49.000%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看