TkA07G313710 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G313710

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 78693756-78696002 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1989 bp · TkA07G313710|TK1151|cDNA

TAATATTCTTAAACCGCATGAAACAATGCTATACCAAGAAAAACTTGAACCAAATTTGCGTATTACCTATTCAATAGGGATCGTTTATCTTAAATTATACTCATTTTATTTTTTAGCGAGAAACTCTTTTTTAATCAAAATATCTACAAAGCTTTCTTATGAAAAACATGGCAACTGCTCTTTCGTCATTTCGTCCACGTCATCGTAGTCTAATTGACCACAAAATTCCCCAAATACCCTTATTAAATGGCTACAAGGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1389 bp · TkA07G313710|TK1151|CDS

ATGAGTGACGTGGCTGATAAATTGTCTTACTTTCAAGCAATCACAGGTCTTGAAGACACCGATTTGTGCACGGAGATCCTCTCCGCTCATGGTTGGGACCTGGAACTAGCAATCTCAAGTTTCACAACGTCAAATTCCGACGATAACAATCCGTCCGCCTCTTCTTCCGTCGCCAACGTTGCCGCCACTAGTAACGATGCGATCGAGAGATACGAACGATTGGCAATGGTCAACAACGGAGGGGCAGGTCCATCAGGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

462 aa · TkA07G313710|TK1151|PROTEIN

MSDVADKLSYFQAITGLEDTDLCTEILSAHGWDLELAISSFTTSNSDDNNPSASSSVANVAATSNDAIERYERLAMVNNGGAGPSGLAWKIITLPISIISGSLGLVSGAIGLGLWVAGGVLSYSLGVIGLNNSGRNGESSSVPLVSPMAATSEAMRFVSMFEREYGDRRLHFVPDSFMDALQRSRREFKLMFVYLHSPDHPDTPAFCENTLCSEVLSAFINENFVAWGGSIRASEGFKMSNSLKASRFPFCAVVMAATNQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G313710`
TK1151 ID	TkA07G313710
OH-1004 ID	LXL04_031873
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	36.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 65.801 / OH-1004 79.762 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G313710

位置 Chr07:78693756-78696002 (+)

描述 Similar to PUX10: Plant UBX domain-containing protein 10

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g10790`	含 UBX 域的植物蛋白 10。	暂无已核实直接文献
`At4g11740`	含有 UBX 域的植物蛋白 8。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031873 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006986 response to unfolded protein 生物过程

GO:0030970 retrograde protein transport, ER to cytosol 生物过程

GO:0034389 lipid droplet organization 生物过程

GO:0035617 stress granule disassembly 生物过程

GO:0036503 ERAD pathway 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:1905691 lipid droplet disassembly 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005811 lipid droplet 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G10790

bta:767948

hsa:23197

xla:443943

xtr:734096

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.348

排名 1 · TkA07G313710 · TK1151

高尔基体0.279

排名 2 · TkA07G313710 · TK1151

细胞质0.267

排名 3 · TkA07G313710 · TK1151

细胞核0.153

排名 4 · TkA07G313710 · TK1151

细胞膜0.096

排名 5 · TkA07G313710 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14555UBA_46-46 aa

PF22566UBA_86-45 aa

PF28552UBA_OTUD7A_B8-42 aa

PF03943TAP_C11-46 aa

PF21021FAF1157-233 aa

PF28552UBA_OTUD7A_B214-221 aa

PF16008DUF4778271-348 aa

PF07946CCDC47273-360 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G313710	`PF14555`	UBA_4	6	46	7.3e-12	45.6
TkA07G313710	`PF22566`	UBA_8	6	45	2e-06	28.3
TkA07G313710	`PF28552`	UBA_OTUD7A_B	8	42	0.0013	19.0
TkA07G313710	`PF03943`	TAP_C	11	46	0.032	14.5
TkA07G313710	`PF21021`	FAF1	157	233	8.3e-11	42.5
TkA07G313710	`PF28552`	UBA_OTUD7A_B	214	221	0.0013	19.0
TkA07G313710	`PF16008`	DUF4778	271	348	0.44	11.2
TkA07G313710	`PF07946`	CCDC47	273	360	2.7	7.8
TkA07G313710	`PF00789`	UBX	379	459	2.1e-19	70.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M0N1`	拟南芥	sp\|Q9M0N1\|PUX10_ARATH Plant UBX domain-containing protein 10	65.600%	Swiss-Prot	高置信
`F4JPR7`	拟南芥	sp\|F4JPR7\|PUX8_ARATH Plant UBX domain-containing protein 8	36.300%	Swiss-Prot	低置信

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