TkA07G308280 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G308280

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 77375164-77380979 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

987 bp · TkA07G308280|TK1151|cDNA

ATGGAGTTGGAAGAGACATTTATGGCTTATTTCATGGACCCAGAACTGAGCAATAGCTATCACTTTGAGTACAAGAGGCTCAACAATGATTTAAACTTTTGCAGGGATGACAGACATATCGGATCTTCCATTGATTCTCATGGCGATGATCCCAATCAGATTCTTCCTCGTCAACCTTGTCACAGGTGTGATCGGATGTTCTCTCAAATAACAACAAAAGCTACCAAGATGGCTGATTATTTTGGGTTGAGAGTCAGGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

987 bp · TkA07G308280|TK1151|CDS

ATGGAGTTGGAAGAGACATTTATGGCTTATTTCATGGACCCAGAACTGAGCAATAGCTATCACTTTGAGTACAAGAGGCTCAACAATGATTTAAACTTTTGCAGGGATGACAGACATATCGGATCTTCCATTGATTCTCATGGCGATGATCCCAATCAGATTCTTCCTCGTCAACCTTGTCACAGGTGTGATCGGATGTTCTCTCAAATAACAACAAAAGCTACCAAGATGGCTGATTATTTTGGGTTGAGAGTCAGGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

328 aa · TkA07G308280|TK1151|PROTEIN

MELEETFMAYFMDPELSNSYHFEYKRLNNDLNFCRDDRHIGSSIDSHGDDPNQILPRQPCHRCDRMFSQITTKATKMADYFGLRVRQLVHLHFTFGMRRFLSSLFQCIKDDHKASLVHNVWMLIQFAVMNAIALRKILKKYDVVHESGSGINFMSKLQAKHLDIMQSPWLIELVAFYMNLKGLDSLMSDDLFGLLSCNLNISDQESVLTLMLLGSEKLECSLTCPICLEIVFQPYALSCGHIFCKSCACLAARVLIIEGF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G308280`
TK1151 ID	TkA07G308280
OH-1004 ID	LXL04_018885
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	38.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 82.012 / OH-1004 80.119 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G308280

位置 Chr07:77375164-77380979 (-)

描述 Similar to BAH1: E3 ubiquitin-protein ligase BAH1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g38920`	可能的E3泛素蛋白连接酶BAH1样蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2XK56`	可能的 E3 泛素-蛋白连接酶 BAH1 样蛋白 1。	暂无已核实直接文献
`Os03g0650900`	可能的 E3 泛素-蛋白连接酶 BAH1 样蛋白 1。	暂无已核实直接文献
`UniProt: B8B5U8`	可能的 E3 泛素-蛋白连接酶 BAH1 样蛋白 1。	暂无已核实直接文献
`Os07g0673200`	可能的E3泛素蛋白连接酶BAH1样2。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018885 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程

GO:0009697 salicylic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0010167 response to nitrate 生物过程

GO:0010337 regulation of salicylic acid metabolic process 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0080021 response to benzoic acid 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02860

dosa:Os03g0650900

dosa:Os07g0673200

osa:4333590

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.421

排名 1 · TkA07G308280 · TK1151

细胞质0.418

排名 2 · TkA07G308280 · TK1151

细胞膜0.191

排名 3 · TkA07G308280 · TK1151

内质网0.077

排名 4 · TkA07G308280 · TK1151

溶酶体／液泡0.072

排名 5 · TkA07G308280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639zf-RING_255-63 aa

PF01363FYVE59-70 aa

PF14634zf-RING_560-64 aa

PF00097zf-C3HC460-63 aa

PF13920zf-C3HC4_360-65 aa

PF14471DUF442860-73 aa

PF03808Glyco_tran_WecG97-161 aa

PF03105SPX122-142 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G308280	`PF13639`	zf-RING_2	55	63	0.0067	17.4
TkA07G308280	`PF01363`	FYVE	59	70	5.2	8.0
TkA07G308280	`PF14634`	zf-RING_5	60	64	1.3e-05	25.8
TkA07G308280	`PF00097`	zf-C3HC4	60	63	2e-05	25.0
TkA07G308280	`PF13920`	zf-C3HC4_3	60	65	0.014	15.9
TkA07G308280	`PF14471`	DUF4428	60	73	0.35	11.7
TkA07G308280	`PF03808`	Glyco_tran_WecG	97	161	0.18	11.7
TkA07G308280	`PF03105`	SPX	122	142	0.0033	18.2
TkA07G308280	`PF11789`	zf-Nse	219	272	0.053	14.1
TkA07G308280	`PF21936`	Pcf11_C	219	236	1.0	10.0
TkA07G308280	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	223	274	9.1e-06	26.4
TkA07G308280	`PF13639`	zf-RING_2	223	273	0.0067	17.4
TkA07G308280	`PF13920`	zf-C3HC4_3	223	274	0.014	15.9
TkA07G308280	`PF14471`	DUF4428	223	248	0.35	11.7
TkA07G308280	`PF23475`	zf-Tbcl_FmdE	223	247	4.3	7.6
TkA07G308280	`PF13445`	zf-RING_UBOX	224	248	1.7e-07	31.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GW10`	拟南芥	sp\|Q8GW10\|BAH1L_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase BAH1-like	44.500%	Swiss-Prot	中等置信
`A2XK56`	水稻	sp\|A2XK56\|BAHL1_ORYSI Probable E3 ubiquitin-protein ligase BAH1-like 1	42.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7XZZ3`	水稻	sp\|Q7XZZ3\|BAHL1_ORYSJ Probable E3 ubiquitin-protein ligase BAH1-like 1	42.300%	Swiss-Prot	中等置信
`B8B5U8`	水稻	sp\|B8B5U8\|BAHL2_ORYSI Probable E3 ubiquitin-protein ligase BAH1-like 1	36.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7XI73`	水稻	sp\|Q7XI73\|BAHL2_ORYSJ Probable E3 ubiquitin-protein ligase BAH1-like 2	36.800%	Swiss-Prot	中等置信

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