TkA07G285260 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G285260

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 71604879-71609020 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1491 bp · TkA07G285260|TK1151|cDNA

ATGACTTCCGTCTCAGCGTCTGATCAATCGAGTTGCAGAGTTGCGATTGCCGATTTGCCGAGTTTTTGCGTCTCAGCGTCTGATCAATCGACGATTTGCCGGTTTTTGCGTCTCAGCGTCTCAGCGTCGAATGTGGGCCCTGTGCCTTTGCCCTTCTTGTCCCTCCTTTGCAACGCCCCTGACCGAACCGAGACTTCCAAAAAGGGTGATTTAACAACTACCACTTCTGCTCAACCAAAGAACCTAGGCGATGGTACTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1491 bp · TkA07G285260|TK1151|CDS

ATGACTTCCGTCTCAGCGTCTGATCAATCGAGTTGCAGAGTTGCGATTGCCGATTTGCCGAGTTTTTGCGTCTCAGCGTCTGATCAATCGACGATTTGCCGGTTTTTGCGTCTCAGCGTCTCAGCGTCGAATGTGGGCCCTGTGCCTTTGCCCTTCTTGTCCCTCCTTTGCAACGCCCCTGACCGAACCGAGACTTCCAAAAAGGGTGATTTAACAACTACCACTTCTGCTCAACCAAAGAACCTAGGCGATGGTACTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

496 aa · TkA07G285260|TK1151|PROTEIN

MTSVSASDQSSCRVAIADLPSFCVSASDQSTICRFLRLSVSASNVGPVPLPFLSLLCNAPDRTETSKKGDLTTTTSAQPKNLGDGTTSGKSISIIPSHGTSESPYGKNPQQVATEIYRVISGHLGWVRSIAFDPRLAVSTRHTCMFSVGDDKLDKCWDLEQNKVIRSYHGHLSGVYCLALHPIIDVLLTDGRDSVCGENMSTGQRDALLLFRTLCKGLLEGVSHSFTNNFNIIDSVKAYLSYVLLRDSISQSLFQYATGI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G285260`
TK1151 ID	TkA07G285260
OH-1004 ID	LXL04_029214
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	91.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G285260

位置 Chr07:71604879-71609020 (-)

描述 Similar to TLP1: Thaumatin-like protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g24180`	参与根对非致病性促进植物生长根际细菌（PGPR）荧光假单胞菌属（Pseudomonas spp.）的定殖的局部反应，但似乎不需要用于随后诱导系统抗性（ISR）的建立。	暂无已核实直接文献
`At5g38280`	在体外具备激酶活性。	The PR5K receptor protein kinase from Arabidopsis thaliana is structurally related to a family of plant defense proteins.1996 · DOI: 10.1073/pnas.93.6.2598

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029214 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009682 induced systemic resistance 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009749 response to glucose 生物过程

GO:0009755 hormone-mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010154 fruit development 生物过程

GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010215 cellulose microfibril organization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G15900

ath:AT4G24180

ath:AT5G38280

mdm:103411735

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.343

排名 1 · TkA07G285260 · TK1151

细胞质0.277

排名 2 · TkA07G285260 · TK1151

细胞膜0.250

排名 3 · TkA07G285260 · TK1151

内质网0.174

排名 4 · TkA07G285260 · TK1151

溶酶体／液泡0.067

排名 5 · TkA07G285260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00400WD4016-32 aa

PF21827New_glue63-81 aa

PF24814WD40_Prp19113-196 aa

PF25175Beta-prop_WDR5116-193 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st117-189 aa

PF00400WD40117-158 aa

PF25172Beta-prop_WDR3_2nd118-195 aa

PF25174Beta-prop_THOC3118-135 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G285260	`PF00400`	WD40	16	32	0.082	14.2
TkA07G285260	`PF21827`	New_glue	63	81	3.0	8.4
TkA07G285260	`PF24814`	WD40_Prp19	113	196	3.1e-05	23.9
TkA07G285260	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	116	193	2.6e-05	24.4
TkA07G285260	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	117	189	0.021	14.9
TkA07G285260	`PF00400`	WD40	117	158	0.082	14.2
TkA07G285260	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	118	195	0.00015	21.8
TkA07G285260	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	118	135	0.0021	17.8
TkA07G285260	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	119	194	2e-05	25.1
TkA07G285260	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	136	182	0.093	12.8
TkA07G285260	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	137	194	0.0021	17.8
TkA07G285260	`PF23798`	Beta-prop_SPT8	138	201	0.0056	16.3
TkA07G285260	`PF00400`	WD40	163	183	0.082	14.2
TkA07G285260	`PF23798`	Beta-prop_SPT8	218	254	0.0056	16.3
TkA07G285260	`PF21827`	New_glue	269	291	3.0	8.4
TkA07G285260	`PF00314`	Thaumatin	369	483	3e-39	135.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A0A1P8B554`	拟南芥	sp\|A0A1P8B554\|THLP1_ARATH Thaumatin-like protein 1	58.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FF29`	拟南芥	sp\|Q9FF29\|PR5K_ARATH PR5-like receptor kinase	49.300%	Swiss-Prot	低置信

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