TkA07G250430 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G250430

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 62436596-62440086 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2038 bp · TkA07G250430|TK1151|cDNA

TCAAGATGGGTTCCCAACTAACCCCTTCTTCCCAAGATGCAGCGAGGTGTCTACCGAATTTTTCCTCTCAACTCTCCACCAACCCCTTCCCCATTTCCTCACCAACAACTCGTATAAAGGCTGCTTTCATTCTCTCTCCTCCATCTACCTTCCCATCTGCGCGCTACACGCCTACACCTAAGGCTGCAATGGAGCTCGTAACACCTGCTATCGAGAAGATGGGCGGAAGGGAAGGGATTAGGAGGAATTCGACCTTAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1770 bp · TkA07G250430|TK1151|CDS

ATGGGTTCCCAACTAACCCCTTCTTCCCAAGATGCAGCGAGGTGTCTACCGAATTTTTCCTCTCAACTCTCCACCAACCCCTTCCCCATTTCCTCACCAACAACTCGTATAAAGGCTGCTTTCATTCTCTCTCCTCCATCTACCTTCCCATCTGCGCGCTACACGCCTACACCTAAGGCTGCAATGGAGCTCGTAACACCTGCTATCGAGAAGATGGGCGGAAGGGAAGGGATTAGGAGGAATTCGACCTTAATTTGTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

589 aa · TkA07G250430|TK1151|PROTEIN

MGSQLTPSSQDAARCLPNFSSQLSTNPFPISSPTTRIKAAFILSPPSTFPSARYTPTPKAAMELVTPAIEKMGGREGIRRNSTLICAPIMADTVDQMVIQMNSAKSYGADLVEIRLDSLKEFSVPEDIQTLVKLSPLPTLFTYRPTWEGGQYSGDEESRLDALRLAMELGADHIDVELQAVDDFNNLIKGDKPTKCKLIVSSHNYENTPSVEELGNLVARIQSTGADIVKFATTAVDITDVARVFQITAHSQVPIIAMVM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G250430`
TK1151 ID	TkA07G250430
OH-1004 ID	LXL04_028924
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G250430

位置 Chr07:62436596-62440086 (+)

描述 Similar to EMB3004: Bifunctional 3-dehydroquinate dehydratase/shikimate dehydrogenase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g06350`	双功能脱氢奎宁酸脱水酶-莽草酸脱氢酶酶，催化莽草酸生物合成途径的两个步骤。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028924 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008652 amino acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009073 aromatic amino acid family biosynthetic process 生物过程

GO:0009423 chorismate biosynthetic process 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0019632 shikimate metabolic process 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0003855 3-dehydroquinate dehydratase activity 分子功能

GO:0004764 shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity 分子功能

GO:0050661 NADP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G06350

bcb:BCB4264_A4454

bce:BC4331

bcu:BCAH820_4356

btk:BT9727_4070

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.968

排名 1 · TkA07G250430 · TK1151

线粒体0.044

排名 2 · TkA07G250430 · TK1151

细胞质0.044

排名 3 · TkA07G250430 · TK1151

过氧化物酶体0.034

排名 4 · TkA07G250430 · TK1151

细胞核0.024

排名 5 · TkA07G250430 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01487DHquinase_I85-307 aa

PF04551GcpE92-131 aa

PF03435Sacchrp_dh_NADP160-178 aa

PF04551GcpE198-259 aa

PF00106adh_short216-250 aa

PF03446NAD_binding_2227-264 aa

PF08501Shikimate_dh_N317-397 aa

PF01262AlaDh_PNT_C429-498 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G250430	`PF01487`	DHquinase_I	85	307	9.2e-74	249.0
TkA07G250430	`PF04551`	GcpE	92	131	0.013	15.8
TkA07G250430	`PF03435`	Sacchrp_dh_NADP	160	178	0.0033	18.4
TkA07G250430	`PF04551`	GcpE	198	259	0.013	15.8
TkA07G250430	`PF00106`	adh_short	216	250	0.16	12.2
TkA07G250430	`PF03446`	NAD_binding_2	227	264	0.23	12.2
TkA07G250430	`PF08501`	Shikimate_dh_N	317	397	1.3e-26	93.3
TkA07G250430	`PF01262`	AlaDh_PNT_C	429	498	0.0022	18.1
TkA07G250430	`PF02826`	2-Hacid_dh_C	434	478	0.35	10.9
TkA07G250430	`PF01488`	Shikimate_DH	437	508	3e-08	34.6
TkA07G250430	`PF07991`	KARI_N	437	491	0.14	12.4
TkA07G250430	`PF03807`	F420_oxidored	443	486	7e-05	24.1
TkA07G250430	`PF03435`	Sacchrp_dh_NADP	443	553	0.0033	18.4
TkA07G250430	`PF00890`	FAD_binding_2	443	472	0.0078	16.2
TkA07G250430	`PF00106`	adh_short	443	485	0.16	12.2
TkA07G250430	`PF03446`	NAD_binding_2	444	480	0.23	12.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SQT8`	拟南芥	sp\|Q9SQT8\|DHQSD_ARATH Bifunctional 3-dehydroquinate dehydratase/shikimate dehydrogenase, chloroplastic	69.400%	Swiss-Prot	高置信

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