TkA07G241780 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G241780

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 60342641-60348605 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4503 bp · TkA07G241780|TK1151|cDNA

AAACCACAAAACACCCTCCCCCTCTTTCACCCTGTATCATCTCAAATGTAATAAAACCAAAACCAATTTCCGGAATCAAAAAATCAAAATTTCGATCGATTGCGCAGATTGATTCGTCTCTTTTCTGGGTTGTTCGTCGAACACTGCTCCTAAAAAGGGGATTGGATTTCTCGCTTAAATATACGTCACATATACATATACGTAAATTGTTCTTTGTGTTCTTGTTTGTTTTGATCACAAAAAGGGTTCTTTGAGGGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

3663 bp · TkA07G241780|TK1151|CDS

ATGGAAGAGACTGAGCTTGAAGAAGGAGAGGCTTGTTTTGACGACAATGACGCATGCATTGACCCTGATACAGCTCTCTCTTACATTGATGAGAGGCTGCAAAATGTATTGGGACATTTTCAGAAATATTTTGAAGGTGAAGGGTGTGCAGAAATGTTGGGTCCAATATTTGGTGGGTATGGGTCTTTCTTACCCGCACATAAGCAACTTCCAACTCTGCATTCCCATATCAAGACCCCTCAAACAGTTCAGATTCCCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1220 aa · TkA07G241780|TK1151|PROTEIN

MEETELEEGEACFDDNDACIDPDTALSYIDERLQNVLGHFQKYFEGEGCAEMLGPIFGGYGSFLPAHKQLPTLHSHIKTPQTVQIPNKSCLQGPPLNSTRPPANSSSHVSKNETTTSNPRSLKVRIKVGCDKSARKNAAIYSGLGLSSPSSSMGNDHEDSDGIPLDSPATILHNMTSILVPGNRLLSPLNESLLCLPKMERIIENKPKPPIMGRKFGIVDDSSCILMNGNEVSSQEKSEMEGTKCKESRSVPLSRKDLKV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G241780`
TK1151 ID	TkA07G241780
OH-1004 ID	LXL04_028860
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G241780

位置 Chr07:60342641-60348605 (-)

描述 Protein of unknown function

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0347300`	在GST拉下来实验中结合组蛋白H3K4me1、H3K4me2和H3K4me3。	暂无已核实直接文献
`Os07g0669800`	转录激活因子，作为籽粒大小的正调控因子。	暂无已核实直接文献
`Os05g0371100`	在GST拉下来实验中结合组蛋白H3K4me1、H3K4me2和H3K4me3。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028860 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0080113 regulation of seed growth 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0043565 sequence-specific DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os03g0347300

dosa:Os07g0669800

osa:4344236

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.971

排名 1 · TkA07G241780 · TK1151

细胞质0.076

排名 2 · TkA07G241780 · TK1151

细胞膜0.030

排名 3 · TkA07G241780 · TK1151

内质网0.013

排名 4 · TkA07G241780 · TK1151

质体0.009

排名 5 · TkA07G241780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07496zf-CW444-490 aa

PF24756THD_CWZF3-5-7733-773 aa

PF24756THD_CWZF3-5-7975-1207 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G241780	`PF07496`	zf-CW	444	490	1.9e-16	60.5
TkA07G241780	`PF24756`	THD_CWZF3-5-7	733	773	6.9e-50	170.8
TkA07G241780	`PF24756`	THD_CWZF3-5-7	975	1207	6.9e-50	170.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0DRX6`	水稻	sp\|Q0DRX6\|CWZF3_ORYSJ Cysteine-tryptophan domain-containing zinc finger protein 3	26.700%	Swiss-Prot	低置信
`A0A0P0X9Z7`	水稻	sp\|A0A0P0X9Z7\|CWZF7_ORYSJ Cysteine-tryptophan domain-containing zinc finger protein 7	43.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q0DIQ5`	水稻	sp\|Q0DIQ5\|CWZF5_ORYSJ Cysteine-tryptophan domain-containing zinc finger protein 5	26.700%	Swiss-Prot	低置信

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