TkA07G212600 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G212600

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 53457225-53460183 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2247 bp · TkA07G212600|TK1151|cDNA

ATGGGGACCGTAACTAACGGGGTGCTGCATTTCGACAAAGTGAATTTCGTTCCTGGGCTTAAACATAGTCTACTGAGCGTGTTGCAAATTTACGACAAGGATTTCTCAGCCCATTTCAACAAGAAAGAATGTTTGATTCTGAAGCCTGGTATCGTCATACCAGAAGAATGGGTCTTGGTGAGGTCAGAACGGAAGAACGATGCCTACATTATAGACATGAACCACAACATTCCCGAGAATGTCCCATGTCTCTTTTCAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2247 bp · TkA07G212600|TK1151|CDS

ATGGGGACCGTAACTAACGGGGTGCTGCATTTCGACAAAGTGAATTTCGTTCCTGGGCTTAAACATAGTCTACTGAGCGTGTTGCAAATTTACGACAAGGATTTCTCAGCCCATTTCAACAAGAAAGAATGTTTGATTCTGAAGCCTGGTATCGTCATACCAGAAGAATGGGTCTTGGTGAGGTCAGAACGGAAGAACGATGCCTACATTATAGACATGAACCACAACATTCCCGAGAATGTCCCATGTCTCTTTTCAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

748 aa · TkA07G212600|TK1151|PROTEIN

MGTVTNGVLHFDKVNFVPGLKHSLLSVLQIYDKDFSAHFNKKECLILKPGIVIPEEWVLVRSERKNDAYIIDMNHNIPENVPCLFSKINEHNAVLWNCRLGHANAKNLNHIAKNELVRGLPIKDFPTFEKCLACAQGKQHRKPHKPKLINSIDSLLQLLHMDLFDPVNVMSTNKNSYCLVIIDDYSKFTWVFFLSIKSETTELIKRFITLIENQLNTKVKGIRYDNGTEFKNAILDHFCAEKGILHQYNSVQAINTVCYV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G212600`
TK1151 ID	TkA07G212600
OH-1004 ID	LXL04_003324
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	64.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 41.152 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G212600

位置 Chr07:53457225-53460183 (-)

描述 Similar to RE1: Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02960`	转座子RE2来源的逆转录病毒相关Pol多蛋白。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q94HW2`	来自转座子 RE1 的逆转录病毒相关 Pol 多蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003324 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0015074 DNA integration 生物过程

GO:0071897 DNA biosynthetic process 生物过程

GO:0042575 DNA polymerase complex 细胞组分

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能

GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能

GO:0004519 endonuclease activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.628

排名 1 · TkA07G212600 · TK1151

细胞核0.417

排名 2 · TkA07G212600 · TK1151

线粒体0.062

排名 3 · TkA07G212600 · TK1151

内质网0.051

排名 4 · TkA07G212600 · TK1151

细胞膜0.037

排名 5 · TkA07G212600 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22936Pol_BBD6-34 aa

PF13976gag_pre-integrs69-139 aa

PF00665rve157-250 aa

PF11934DUF3452173-211 aa

PF22936Pol_BBD237-260 aa

PF25597SH3_retrovirus295-349 aa

PF13976gag_pre-integrs473-484 aa

PF07727RVT_2604-746 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G212600	`PF22936`	Pol_BBD	6	34	0.052	14.6
TkA07G212600	`PF13976`	gag_pre-integrs	69	139	5.1e-14	52.5
TkA07G212600	`PF00665`	rve	157	250	6.3e-13	49.6
TkA07G212600	`PF11934`	DUF3452	173	211	0.075	13.4
TkA07G212600	`PF22936`	Pol_BBD	237	260	0.052	14.6
TkA07G212600	`PF25597`	SH3_retrovirus	295	349	5.3e-11	42.9
TkA07G212600	`PF13976`	gag_pre-integrs	473	484	5.1e-14	52.5
TkA07G212600	`PF07727`	RVT_2	604	746	6.1e-41	141.3
TkA07G212600	`PF00665`	rve	670	691	6.3e-13	49.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZT94`	拟南芥	sp\|Q9ZT94\|POLR2_ARATH Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE2	21.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q94HW2`	拟南芥	sp\|Q94HW2\|POLR1_ARATH Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1	21.800%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情