TkA07G175550 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G175550

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 44951255-44953474 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1438 bp · TkA07G175550|TK1151|cDNA

GGATAAACCATTTATTAAAATTTTTTAAACTAACTTGGTTTTTTCGAAAACCATATCTAGGTTTTTTTATTTATTTATATGTTTTTCAAATAATTATGTAAACAATCTTGGGCCCTGGATTAAATAATCCACCTATTAAAGCTCTTAGGTGCATTCAGTCATTCAGACATAATCCATTTTGGGCTGAATGGGCCAGATCAAGGTCTCAGAATCGATTACCCGAGCGAAACCTGACCTGCATCGAGATGCGAATCCGTAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

885 bp · TkA07G175550|TK1151|CDS

ATGGACAACAGAAGGTATAACGGCAGACACGACATACGTAGAAGACAACAGAAAGCAGATGAGGAAGACGAGGCTTCTGTTCTTGAGGAATTTGCAGAGGAATTCCGCCTCCCAATTCATCACAGACCAACAGAAAACGTAGATCTTGATAATGTCCAACAGGCTTCATTAGACACACAATTAACATCATCCAATGTTGGTTTCCGCCTTCTTCAAAAAATGGGGTGGAAAGGGAAAGGTCTTGGCAAAAATGAACAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

294 aa · TkA07G175550|TK1151|PROTEIN

MDNRRYNGRHDIRRRQQKADEEDEASVLEEFAEEFRLPIHHRPTENVDLDNVQQASLDTQLTSSNVGFRLLQKMGWKGKGLGKNEQGITEPIKSGIRDSKLGVGKQEQDDFFTAEENIQRRKLDIEVEETEETAKKREVMADREQKIQTEVKEIRKTFYCELCNKQYKLAVEFEGHLSSYDHNHRKRFKEMREMHGSSTRDDRQKREQLRQEKEMAKFAQMADAHKQQQQQQKDESENSDLAVKKNVLADQDQRKVLKFG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G175550`
TK1151 ID	TkA07G175550
OH-1004 ID	LXL04_028631
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G175550

位置 Chr07:44951255-44953474 (+)

描述 Similar to GPATCH8: G patch domain-containing protein 8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g42330`	参与前mRNA剪接，特别是在剪接晚期事件中剪接体的解离。	暂无已核实直接文献
`At1g17070`	参与前mRNA剪接，尤其在晚期剪接事件中剪接体解离（通过相似性推测）。	Mutation of Arabidopsis spliceosomal timekeeper locus1 causes circadian clock defects.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.104828

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028631 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

hsa:219578

hsa:23131

hsa:91752

mmu:237943

mmu:241514

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.915

排名 1 · TkA07G175550 · TK1151

细胞质0.195

排名 2 · TkA07G175550 · TK1151

线粒体0.025

排名 3 · TkA07G175550 · TK1151

细胞膜0.015

排名 4 · TkA07G175550 · TK1151

内质网0.008

排名 5 · TkA07G175550 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15473PCNP25-25 aa

PF01585G-patch64-104 aa

PF12656G-patch_267-107 aa

PF15473PCNP133-133 aa

PF05129Zn_ribbon_Elf1138-174 aa

PF07535zf-DBF155-183 aa

PF25095C2H2-zf_KIN17158-184 aa

PF12171zf-C2H2_jaz158-183 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G175550	`PF15473`	PCNP	25	25	5.6	8.3
TkA07G175550	`PF01585`	G-patch	64	104	3.2e-16	59.7
TkA07G175550	`PF12656`	G-patch_2	67	107	2.4e-05	25.0
TkA07G175550	`PF15473`	PCNP	133	133	5.6	8.3
TkA07G175550	`PF05129`	Zn_ribbon_Elf1	138	174	0.051	14.4
TkA07G175550	`PF07535`	zf-DBF	155	183	0.0098	16.6
TkA07G175550	`PF25095`	C2H2-zf_KIN17	158	184	0.00065	20.6
TkA07G175550	`PF12171`	zf-C2H2_jaz	158	183	0.0011	19.7
TkA07G175550	`PF12874`	zf-met	158	179	0.049	14.7
TkA07G175550	`PF15473`	PCNP	201	294	5.6	8.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SLC6`	拟南芥	sp\|Q9SLC6\|STIP2_ARATH Septin and tuftelin-interacting protein 1 homolog 2	52.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SHG6`	拟南芥	sp\|Q9SHG6\|STIP1_ARATH Septin and tuftelin-interacting protein 1 homolog 1	48.800%	Swiss-Prot	低置信

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