TkA07G151610 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G151610

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 38992529-38996358 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1822 bp · TkA07G151610|TK1151|cDNA

CGTTGACCACCGGATTTTAGACTAGTTATTCTATGGTGAGTCGTGACTACCGTTGCAAAAACCTTACATGTTTCCGGCTGAGTATGGAACCGCGATTTTCTTTTCTATTTGCAGAACTGAATTCAAAAGCAACCCTAATTTGCAACGTAATGAAAACATAAAACCTTGTTTGCCCTTTCCGGCACACACAGTCACAGAGAGCTGCAAAAGCCCTCTCGTTGTCGATTGTCATGCTCCATTTGGACACCAAAAACCCTAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1239 bp · TkA07G151610|TK1151|CDS

ATGCTCCATTTGGACACCAAAAACCCTAGTAATTCTGACACTACTACGTCCTATAAATCGCTACTTGCATTCAAGCCTCGCCAAGTTCTTCTCGCTAAGCATAATCCAAGAGGTACGATGACTGGTTCATCTTTGAAGGAGGAAAATAGCAGCAAAATCACATCTTTAACCCCCGAATTAAAAGCAACTCTTCATCAATCTATACTTGATTACTTCCATCGCAACGGGTTCTCCAAAACCCTCAAACGATTTCAGTCAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

412 aa · TkA07G151610|TK1151|PROTEIN

MLHLDTKNPSNSDTTTSYKSLLAFKPRQVLLAKHNPRGTMTGSSLKEENSSKITSLTPELKATLHQSILDYFHRNGFSKTLKRFQSEASVQSDAQKASLVHLEDMICKFDASNADSNKTANEEITTNKKKKKGAIESDNSAIKDQLQVTDEKMFIFGKNGGQISQDNIVNELETKPKKKKKTKNNFSSSCQVEEPKPDFVKMPLNDTINGLKIENSTEKVAVKEKKKKKKKSITDSGDIEKECIEADDIKTGEKSSKKRK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G151610`
TK1151 ID	TkA07G151610
OH-1004 ID	LXL04_028396
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA07G151610`
位置	Chr07:38992529-38996358 (-)
描述	Similar to NOLC1: Nucleolar and coiled-body phosphoprotein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_028396` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程 GO:0006364 rRNA processing 生物过程 GO:0006417 regulation of translation 生物过程 GO:0006913 nucleocytoplasmic transport 生物过程 GO:0007000 nucleolus organization 生物过程 GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程 GO:0033979 box H/ACA sno(s)RNA metabolic process 生物过程 GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程 GO:0042306 regulation of protein import into nucleus 生物过程 GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0071901 negative regulation of protein serine/threonine kinase activity 生物过程 GO:0001650 fibrillar center 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:9221 mmu:70769 rno:64896 sce:YKR092C spo:2539687 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.964

排名 1 · TkA07G151610 · TK1151

细胞质0.101

排名 2 · TkA07G151610 · TK1151

细胞膜0.019

排名 3 · TkA07G151610 · TK1151

线粒体0.011

排名 4 · TkA07G151610 · TK1151

内质网0.010

排名 5 · TkA07G151610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26038Dimer_MINDY4_N2-22 aa

PF27600DCAF1_helical53-139 aa

PF24951LisH_PAC164-92 aa

PF30097LisH_SSDP65-94 aa

PF08513LisH67-88 aa

PF26038Dimer_MINDY4_N70-93 aa

PF09701Cas_Cmr573-130 aa

PF05022SRP40_C126-132 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G151610	`PF26038`	Dimer_MINDY4_N	2	22	0.17	13.1
TkA07G151610	`PF27600`	DCAF1_helical	53	139	0.066	13.4
TkA07G151610	`PF24951`	LisH_PAC1	64	92	2e-09	37.8
TkA07G151610	`PF30097`	LisH_SSDP	65	94	0.01	16.9
TkA07G151610	`PF08513`	LisH	67	88	0.013	16.2
TkA07G151610	`PF26038`	Dimer_MINDY4_N	70	93	0.17	13.1
TkA07G151610	`PF09701`	Cas_Cmr5	73	130	0.17	12.8
TkA07G151610	`PF05022`	SRP40_C	126	132	1.5e-27	96.9
TkA07G151610	`PF26038`	Dimer_MINDY4_N	172	188	0.17	13.1
TkA07G151610	`PF05022`	SRP40_C	177	183	1.5e-27	96.9
TkA07G151610	`PF05022`	SRP40_C	223	240	1.5e-27	96.9
TkA07G151610	`PF26038`	Dimer_MINDY4_N	223	226	0.17	13.1
TkA07G151610	`PF09701`	Cas_Cmr5	225	229	0.17	12.8
TkA07G151610	`PF05022`	SRP40_C	257	272	1.5e-27	96.9
TkA07G151610	`PF26038`	Dimer_MINDY4_N	262	289	0.17	13.1
TkA07G151610	`PF05022`	SRP40_C	280	295	1.5e-27	96.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情