TkA07G148110 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G148110

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 38203722-38207874 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2606 bp · TkA07G148110|TK1151|cDNA

TCGCACTCGAGTCTCGTCGTCCCTCGGTCTCTCCATCTTCCAACCAGTGGTCCAGTACCAGTGGTACGCTCTTATTTCGCACCGCCGGCCTCCAAGGCTTCGACTGCTCACCTCCGGCAATCCCTCCAGCTTCCACGTCTCCGCCTGCGGGGACCCCTCACGGCTCCATCTCCATCTCATCTCTAACTCAGGGTTTAAGATAAAGAAATCGAGAAAGGATCTCAATCTATGGAGCTGCAAATCGATGCCGATGGCACACC...

CDS

下载 CDS FASTA

2169 bp · TkA07G148110|TK1151|CDS

ATGGAGCTGCAAATCGATGCCGATGGCACACCACCGCTGTCGGTGCTTGCTACTGCAAAGCTTGCAGCTGTTTCTCTGACCGTCAATCGTACATTCTCCTCCCCCTCTCCGCCCGTTCTTGTCCTAACCAACGGGCTGAAGTTACGTGGAACAAATGTACTTCTCAAGTATCTTGGTCGTACATCAACAACCATTCCCAACTTGTACCAGCGTGATGCCTATGAAACTGGACAGATTGACGAGTGGCTGGAGTATGCCCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

722 aa · TkA07G148110|TK1151|PROTEIN

MELQIDADGTPPLSVLATAKLAAVSLTVNRTFSSPSPPVLVLTNGLKLRGTNVLLKYLGRTSTTIPNLYQRDAYETGQIDEWLEYAPIFSSGSEYEGACKYVDGYLLHRTFLVGHSLSVADITIWSYLAGAGKRWESLMKSKKYQNLTRWYTTISTEHAAVLNELTSTLSKKKDSSNPISSTKEKDNSNQKHIPNGSVSSNRPEVDLPHAEMGKVCLRFAPEPSGYLHIGHSKAALMNQYFAQKYNGKVIIRFDDTNPAK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G148110`
TK1151 ID	TkA07G148110
OH-1004 ID	LXL04_028376
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 97.174 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G148110

位置 Chr07:38203722-38207874 (-)

描述 Similar to At5g26710: Glutamate--tRNA ligase, cytoplasmic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g26710`	催化谷氨酸与 tRNA(Glu) 的连接反应，分两步进行：首先 ATP 激活谷氨酸形成 Glu-AMP，然后转移到 tRNA(Glu) 的受体末端。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028376 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002181 cytoplasmic translation 生物过程

GO:0006418 tRNA aminoacylation for protein translation 生物过程

GO:0006424 glutamyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0006431 methionyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0006433 prolyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0017148 negative regulation of translation 生物过程

GO:0032869 cellular response to insulin stimulus 生物过程

GO:0048608 reproductive structure development 生物过程

GO:0071346 cellular response to type II interferon 生物过程

GO:0140212 regulation of long-chain fatty acid import into cell 生物过程

GO:1901194 negative regulation of formation of translation preinitiation complex 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G26710

hsa:2058

mmu:107508

sce:YGL245W

spo:2542408

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.577

排名 1 · TkA07G148110 · TK1151

细胞核0.364

排名 2 · TkA07G148110 · TK1151

线粒体0.178

排名 3 · TkA07G148110 · TK1151

过氧化物酶体0.040

排名 4 · TkA07G148110 · TK1151

质体0.028

排名 5 · TkA07G148110 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13410GST_C_298-151 aa

PF17171GST_C_698-151 aa

PF00043GST_C100-155 aa

PF14497GST_C_3101-156 aa

PF21972Arc1p_N_like104-155 aa

PF00749tRNA-synt_1c214-518 aa

PF01406tRNA-synt_1e260-322 aa

PF01196Ribosomal_L17278-335 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G148110	`PF13410`	GST_C_2	98	151	0.0054	17.5
TkA07G148110	`PF17171`	GST_C_6	98	151	0.14	12.7
TkA07G148110	`PF00043`	GST_C	100	155	0.00017	22.5
TkA07G148110	`PF14497`	GST_C_3	101	156	0.00034	21.5
TkA07G148110	`PF21972`	Arc1p_N_like	104	155	0.0091	17.0
TkA07G148110	`PF00749`	tRNA-synt_1c	214	518	3.7e-103	345.5
TkA07G148110	`PF01406`	tRNA-synt_1e	260	322	0.12	12.4
TkA07G148110	`PF01196`	Ribosomal_L17	278	335	0.12	13.9
TkA07G148110	`PF14497`	GST_C_3	285	305	0.00034	21.5
TkA07G148110	`PF01196`	Ribosomal_L17	414	427	0.12	13.9
TkA07G148110	`PF03950`	tRNA-synt_1c_C	521	610	2.8e-18	66.6
TkA07G148110	`PF20974`	tRNA-synt_1c_C2	625	698	4.6e-14	53.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82462`	拟南芥	sp\|O82462\|SYEC_ARATH Glutamate--tRNA ligase, cytoplasmic	69.200%	Swiss-Prot	高置信

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