TkA07G144130 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G144130

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 37204802-37206269 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1101 bp · TkA07G144130|TK1151|cDNA

GAAGACTTGATGGGAAGAGCACCTTGCTGTGACAAAGCAAACGTTAAGAAGGGACCATGGGCTCCCGAAGAAGACGATAAGTTGAAAGATTATATCGAAAAATATGGTACCGGTGGCAACTGGATCGCTCTTCCACAAAAGATTGGCATAAAGAGGTGCGGAAAAAGTTGCAGGCTCAGGTGGTTGAATTATCTAAGACCTAATCTCAAGCACGGAGGATTCTCTGAAGAAGAAGACAACACCATCTGCAGCCTCTATAT...

CDS

下载 CDS FASTA

990 bp · TkA07G144130|TK1151|CDS

ATGGGAAGAGCACCTTGCTGTGACAAAGCAAACGTTAAGAAGGGACCATGGGCTCCCGAAGAAGACGATAAGTTGAAAGATTATATCGAAAAATATGGTACCGGTGGCAACTGGATCGCTCTTCCACAAAAGATTGGCATAAAGAGGTGCGGAAAAAGTTGCAGGCTCAGGTGGTTGAATTATCTAAGACCTAATCTCAAGCACGGAGGATTCTCTGAAGAAGAAGACAACACCATCTGCAGCCTCTATATTAGTATTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

329 aa · TkA07G144130|TK1151|PROTEIN

MGRAPCCDKANVKKGPWAPEEDDKLKDYIEKYGTGGNWIALPQKIGIKRCGKSCRLRWLNYLRPNLKHGGFSEEEDNTICSLYISIGSRWSIIAAQLPGRTDNDIKNYWNTRLKKKLLGRRKQSNASRISGSTQDSKEGNGMESLSNSAIERLQLHMQLQNLENPNISHSTNMAMWPCKLNPIQEKMVHNLQLLNESSNPLMMQHLLADHAPQMIDLYRQFNNRPDQMYPLPRNLLMNRIDIPESSNQVSESDCIKPTSE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G144130`
TK1151 ID	TkA07G144130
OH-1004 ID	LXL04_018044
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	69.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.696 / OH-1004 75.501 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G144130

位置 Chr07:37204802-37206269 (-)

描述 Similar to MYB36: Transcription factor MYB36

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g57620`	转录因子，激活内胚层分化所需的基因，但抑制参与增殖分裂的基因，从而调节根内皮层从增殖到分化的转变。	MYB36 regulates the transition from proliferation to differentiation in the Arabidopsis root.2015 · DOI: 10.1073/pnas.1515576112
`At3g49690`	转录激活因子（通过相似性）。	Blind homologous R2R3 Myb genes control the pattern of lateral meristem initiation in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.038745
`At4g37780`	转录因子，参与调控影响细胞壁组织和重塑的基因。	Chimeric repressor analysis identifies MYB87 as a possible regulator of morphogenesis via cell wall organization and remodeling in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1007/s10529-013-1451-8
`At2g36890`	转录激活因子（通过相似性）。	暂无已核实直接文献
`At5g23000`	参与调控分生组织能力相关基因（如CUC2）的转录激活因子。	Blind homologous R2R3 Myb genes control the pattern of lateral meristem initiation in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.038745 Arabidopsis REGULATOR OF AXILLARY MERISTEMS1 controls a leaf axil stem cell niche and modulates vegetative development.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.038588

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018044 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009664 plant-type cell wall organization 生物过程

GO:0009785 blue light signaling pathway 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0045597 positive regulation of cell differentiation 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0050801 monoatomic ion homeostasis 生物过程

GO:0090506 axillary shoot meristem initiation 生物过程

GO:2000067 regulation of root morphogenesis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G36890

ath:AT3G49690

ath:AT4G37780

ath:AT5G23000

ath:AT5G57620

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.912

排名 1 · TkA07G144130 · TK1151

细胞质0.200

排名 2 · TkA07G144130 · TK1151

线粒体0.024

排名 3 · TkA07G144130 · TK1151

细胞膜0.018

排名 4 · TkA07G144130 · TK1151

内质网0.008

排名 5 · TkA07G144130 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249Myb_DNA-binding14-62 aa

PF13921Myb_DNA-bind_617-77 aa

PF00249Myb_DNA-binding69-112 aa

PF13921Myb_DNA-bind_671-116 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G144130	`PF00249`	Myb_DNA-binding	14	62	3.1e-31	108.0
TkA07G144130	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	17	77	6.3e-19	68.6
TkA07G144130	`PF00249`	Myb_DNA-binding	69	112	3.1e-31	108.0
TkA07G144130	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	71	116	6.3e-19	68.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FKL2`	拟南芥	sp\|Q9FKL2\|MYB36_ARATH Transcription factor MYB36	53.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9M2Y9`	拟南芥	sp\|Q9M2Y9\|RAX3_ARATH Transcription factor RAX3	86.900%	Swiss-Prot	低置信
`F4JSU0`	拟南芥	sp\|F4JSU0\|MYB87_ARATH Transcription factor MYB87	84.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SJL7`	拟南芥	sp\|Q9SJL7\|RAX2_ARATH Transcription factor RAX2	82.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FG68`	拟南芥	sp\|Q9FG68\|RAX1_ARATH Transcription factor RAX1	79.700%	Swiss-Prot	低置信

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