TkA07G137180 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G137180

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 35501912-35504210 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1571 bp · TkA07G137180|TK1151|cDNA

CAAGCAATTGCTTTACTTCAATGGCAGCAAGTAGCTCCGCTTCAAATCCAGTTCTATGTGCTTCTTTCAATCAAGACAACAGTTGCTTCGTAATTGGGACGAAAGATGGTTTCAGAATCTTCGATTCGAAGACAGGGAGACTCCTATATGAACGAGTTATTGGAGCATTTGTTATCGTTGAAATGCTTTTCACCTCTAGTCTTCTTGCCATTGTTGGAGCTGGTGAAGAGGCATCTTTATCACCCAGGCGTTTATGCTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1119 bp · TkA07G137180|TK1151|CDS

ATGGCAGCAAGTAGCTCCGCTTCAAATCCAGTTCTATGTGCTTCTTTCAATCAAGACAACAGTTGCTTCGTAATTGGGACGAAAGATGGTTTCAGAATCTTCGATTCGAAGACAGGGAGACTCCTATATGAACGAGTTATTGGAGCATTTGTTATCGTTGAAATGCTTTTCACCTCTAGTCTTCTTGCCATTGTTGGAGCTGGTGAAGAGGCATCTTTATCACCCAGGCGTTTATGCTTGTTCAACACTGAAACTGGAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

372 aa · TkA07G137180|TK1151|PROTEIN

MAASSSASNPVLCASFNQDNSCFVIGTKDGFRIFDSKTGRLLYERVIGAFVIVEMLFTSSLLAIVGAGEEASLSPRRLCLFNTETGTALRELNFLTSILSVCVNRKRLIVVLQLKTFIYDINSLVILDTIDTVPNLKGVCAFSPCLDGCFLALPASTTKGSVLVYNVMDLHSHCEIDAHKSPLAAIVFSSNGMYIATASEQGTLIRVHSVLEATKSYSFRRGTYPSTIYSLSFGPCTGLPEVVIATSSSGSVHAFFLEMA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G137180`
TK1151 ID	TkA07G137180
OH-1004 ID	LXL04_028264
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G137180

位置 Chr07:35501912-35504210 (+)

描述 Similar to ATG18B: Autophagy-related protein 18b

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g30510`	PI(3,5)P2 调节复合物调节磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸 (PtdIns(3,5)P2) 的合成和周转。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028264 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000422 autophagy of mitochondrion 生物过程

GO:0000425 pexophagy 生物过程

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0034497 protein localization to phagophore assembly site 生物过程

GO:0044804 nucleophagy 生物过程

GO:0061723 glycophagy 生物过程

GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0010008 endosome membrane 细胞组分

GO:0034045 phagophore assembly site membrane 细胞组分

GO:0030674 protein-macromolecule adaptor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ang:An18g03070

ath:AT4G30510

yli:2908106

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.614

排名 1 · TkA07G137180 · TK1151

细胞核0.220

排名 2 · TkA07G137180 · TK1151

溶酶体／液泡0.164

排名 3 · TkA07G137180 · TK1151

高尔基体0.157

排名 4 · TkA07G137180 · TK1151

细胞膜0.119

排名 5 · TkA07G137180 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23414Beta-prop_EML_23-40 aa

PF24780WD40_MABP1-WDR62_1st3-26 aa

PF24796WDR555-34 aa

PF24814WD40_Prp196-40 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz6-42 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st7-59 aa

PF25174Beta-prop_THOC37-43 aa

PF25173Beta-prop_WDR3_1st7-41 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G137180	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	3	40	1.2e-07	32.1
TkA07G137180	`PF24780`	WD40_MABP1-WDR62_1st	3	26	0.0012	19.0
TkA07G137180	`PF24796`	WDR55	5	34	0.073	12.8
TkA07G137180	`PF24814`	WD40_Prp19	6	40	5.5e-08	32.9
TkA07G137180	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	6	42	0.0033	17.5
TkA07G137180	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	7	59	1.6e-08	34.9
TkA07G137180	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	7	43	3e-07	30.5
TkA07G137180	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	7	41	2.4e-05	24.9
TkA07G137180	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	8	42	4.4e-08	33.5
TkA07G137180	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	8	29	1.6e-05	25.0
TkA07G137180	`PF00400`	WD40	8	30	6.8e-05	24.0
TkA07G137180	`PF23409`	Beta-prop_EML	8	34	0.065	13.4
TkA07G137180	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	9	73	0.00064	19.8
TkA07G137180	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	9	29	0.11	12.3
TkA07G137180	`PF23383`	Beta-prop_IFT140_1st	11	30	0.027	13.9
TkA07G137180	`PF21032`	PROPPIN	12	273	4.4e-41	141.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H1Q8`	拟南芥	sp\|Q8H1Q8\|AT18B_ARATH Autophagy-related protein 18b	73.900%	Swiss-Prot	高置信

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