TkA07G132580 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G132580

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 34396585-34401552 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1794 bp · TkA07G132580|TK1151|cDNA

ATGATCAATGCGATTATTACTGTGATGGATCTTTCAAAGTTTAATCAACAAGAGGAATTAGTGAAGAAACATTCAGAAGATGTCCAAGAGATAAGGAAGGAGTTAATGACTTCCATCTCCACTCTCCAAGCCGATTTCACATCTAAGGTCCGAATCAAAGAGCTTGTAACTCAACTGGAGTCCAAGTCTCATGAGGCTGAACATAAGCAGAGAGTGGTGGACATGTACAAAGTCCAAAACCAAGAAATTAACTTGAAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

1794 bp · TkA07G132580|TK1151|CDS

ATGATCAATGCGATTATTACTGTGATGGATCTTTCAAAGTTTAATCAACAAGAGGAATTAGTGAAGAAACATTCAGAAGATGTCCAAGAGATAAGGAAGGAGTTAATGACTTCCATCTCCACTCTCCAAGCCGATTTCACATCTAAGGTCCGAATCAAAGAGCTTGTAACTCAACTGGAGTCCAAGTCTCATGAGGCTGAACATAAGCAGAGAGTGGTGGACATGTACAAAGTCCAAAACCAAGAAATTAACTTGAAACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

597 aa · TkA07G132580|TK1151|PROTEIN

MINAIITVMDLSKFNQQEELVKKHSEDVQEIRKELMTSISTLQADFTSKVRIKELVTQLESKSHEAEHKQRVVDMYKVQNQEINLKLVKLVEDKDAQFKQLSEKIDSKFELMLTLQENSKIATESKKEAQGCIYNASYDTQFGFCCDIDEETSQKLAGLPEVLSINPDPDFNSIQKDYTNEKTESHSSNKLKNWLVRVEMPPLAVITRAQLVDYYTQILTKVLGNFLNRKFAAGVPGVISVRPDESFDSDDKNYGVHSKH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G132580`
TK1151 ID	TkA07G132580
OH-1004 ID	LXL04_003015
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	33.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.832 / OH-1004 78.550 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G132580

位置 Chr07:34396585-34401552 (-)

描述 Protein of unknown function

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g20930`	参与叶绿体 RNA 的 C 到 U 编辑。	An RNA recognition motif-containing protein is required for plastid RNA editing in Arabidopsis and maize.2013 · DOI: 10.1073/pnas.1220162110
`At1g32580`	参与细胞器RNA编辑。	暂无已核实直接文献
`At2g35240`	参与细胞器RNA编辑。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0730800`	参与叶绿体 RNA 的 C 到 U 编辑。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003015 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）暂无功能描述

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.517

排名 1 · TkA07G132580 · TK1151

细胞核0.411

排名 2 · TkA07G132580 · TK1151

线粒体0.080

排名 3 · TkA07G132580 · TK1151

细胞膜0.071

排名 4 · TkA07G132580 · TK1151

内质网0.056

排名 5 · TkA07G132580 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06785UPF024212-120 aa

PF11865mTOR_dom19-91 aa

PF21864MORF_dom60-77 aa

PF06639BAP102-152 aa

PF05922Inhibitor_I9117-168 aa

PF21864MORF_dom122-182 aa

PF21864MORF_dom192-225 aa

PF11865mTOR_dom200-228 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G132580	`PF06785`	UPF0242	12	120	0.35	11.6
TkA07G132580	`PF11865`	mTOR_dom	19	91	0.19	12.4
TkA07G132580	`PF21864`	MORF_dom	60	77	6.7e-33	113.1
TkA07G132580	`PF06639`	BAP	102	152	0.087	13.9
TkA07G132580	`PF05922`	Inhibitor_I9	117	168	0.017	16.5
TkA07G132580	`PF21864`	MORF_dom	122	182	6.7e-33	113.1
TkA07G132580	`PF21864`	MORF_dom	192	225	6.7e-33	113.1
TkA07G132580	`PF11865`	mTOR_dom	200	228	0.19	12.4
TkA07G132580	`PF21864`	MORF_dom	233	257	6.7e-33	113.1
TkA07G132580	`PF05922`	Inhibitor_I9	236	246	0.017	16.5
TkA07G132580	`PF06785`	UPF0242	388	439	0.35	11.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L440`	拟南芥	sp\|Q8L440\|ORRM1_ARATH Organelle RRM domain-containing protein 1, chloroplastic	33.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q9C7Y2`	拟南芥	sp\|Q9C7Y2\|MORF5_ARATH Multiple organellar RNA editing factor 5, chloroplastic/mitochondrial	55.600%	Swiss-Prot	低置信
`O82169`	拟南芥	sp\|O82169\|MORF6_ARATH Multiple organellar RNA editing factor 6, mitochondrial	53.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q6YWP9`	水稻	sp\|Q6YWP9\|ORRM1_ORYSJ Organelle RRM domain-containing protein 1, chloroplastic	36.400%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情