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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G108060
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 28014229-28014720 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

492 bp · TkA07G108060|TK1151|cDNA

ATGGCGGAGAACTGTAAGCTTCTAAGGAAGCTTCACATCGATGGTTGGAAAACAAACAGGATCGACGACGAAGGATTGATCGATGTAGCAAAAAACTGCCCTAACCTTCAAGAACTGGTTCTCATCGGAGTAAATCCTACCCGTGCTAGCTTAGAGCGATTTGCATCAAACTGCCAGAAGTTAGAGCGATTAGCTTTAAGTGGAAGTGAAACCATTGGCGATGCCGAGATTTCTTGCATAGCTGGTAAATTCACGGCGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

492 bp · TkA07G108060|TK1151|CDS

ATGGCGGAGAACTGTAAGCTTCTAAGGAAGCTTCACATCGATGGTTGGAAAACAAACAGGATCGACGACGAAGGATTGATCGATGTAGCAAAAAACTGCCCTAACCTTCAAGAACTGGTTCTCATCGGAGTAAATCCTACCCGTGCTAGCTTAGAGCGATTTGCATCAAACTGCCAGAAGTTAGAGCGATTAGCTTTAAGTGGAAGTGAAACCATTGGCGATGCCGAGATTTCTTGCATAGCTGGTAAATTCACGGCGTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

163 aa · TkA07G108060|TK1151|PROTEIN

MAENCKLLRKLHIDGWKTNRIDDEGLIDVAKNCPNLQELVLIGVNPTRASLERFASNCQKLERLALSGSETIGDAEISCIAGKFTALRKLCIKSCPVSDHGMEALALGCPNVVKVKVKKCKGVASDGAGWLRRWLWWRTHQQLPVVLPSTRGNLLQEVNRTDL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G108060
TK1151 IDTkA07G108060
OH-1004 IDLXL04_031716
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)87.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 80.982 / OH-1004 24.765
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G108060
位置Chr07:28014229-28014720 (+)
描述Similar to At1g47056: F-box protein At1g47056
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g67250 SCF(ASK-cullin-F-box) E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。 暂无已核实直接文献
At4g07400 推定 F-box/LRR 重复蛋白 8。 暂无已核实直接文献
At3g50080 F-box/LRR重复蛋白 16。 暂无已核实直接文献
At1g47056 F-盒蛋白 At1g47056。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031716 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0010225 response to UV-C 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0019005 SCF ubiquitin ligase complex 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G47056
ath:AT3G50080
ath:AT4G07400
ath:AT4G15475
ath:AT5G67250
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.502
排名 1 · TkA07G108060 · TK1151
细胞质0.311
排名 2 · TkA07G108060 · TK1151
细胞膜0.099
排名 3 · TkA07G108060 · TK1151
质体0.057
排名 4 · TkA07G108060 · TK1151
内质网0.051
排名 5 · TkA07G108060 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25372LRR_FBXL153-129 aa
PF29594LRR_SKP23-68 aa
PF24758LRR_At5g563704-70 aa
PF12799LRR_48-45 aa
PF29252LRR_NLRC48-117 aa
PF13516LRR_619-29 aa
PF19729LRR_FBXL1824-103 aa
PF13516LRR_632-41 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G108060PF25372LRR_FBXL1531292.9e-1039.9
TkA07G108060PF29594LRR_SKP23684e-0523.7
TkA07G108060PF24758LRR_At5g563704708.4e-0936.1
TkA07G108060PF12799LRR_48450.0001422.8
TkA07G108060PF29252LRR_NLRC481170.01315.5
TkA07G108060PF13516LRR_619295.8e-0626.7
TkA07G108060PF19729LRR_FBXL18241030.002517.1
TkA07G108060PF13516LRR_632415.8e-0626.7
TkA07G108060PF23622LRR_At1g61320_AtMIF1341170.004817.0
TkA07G108060PF12799LRR_456740.0001422.8
TkA07G108060PF13516LRR_657755.8e-0626.7
TkA07G108060PF12799LRR_460970.0001422.8
TkA07G108060PF29594LRR_SKP2741264e-0523.7
TkA07G108060PF24758LRR_At5g56370821208.4e-0936.1
TkA07G108060PF13516LRR_6871065.8e-0626.7
TkA07G108060PF13516LRR_61091285.8e-0626.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FE83拟南芥sp|Q9FE83|SKIP2_ARATH F-box protein SKIP272.700%Swiss-Prot高置信
Q9S9X4拟南芥sp|Q9S9X4|FBL8_ARATH Putative F-box/LRR-repeat protein 870.700%Swiss-Prot高置信
Q9SN10拟南芥sp|Q9SN10|FBL16_ARATH F-box/LRR-repeat protein 1665.900%Swiss-Prot高置信
Q9C626拟南芥sp|Q9C626|FB37_ARATH F-box protein At1g4705662.100%Swiss-Prot高置信

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