TkA07G094560 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G094560

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 24662681-24666060 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2977 bp · TkA07G094560|TK1151|cDNA

GTCTCTTTGGTGGAGAAACATTCCTAGTGAGAGCCGAAGGGCCAAAGCCCAAAGCTCCAACCTGAAATAAGCCCGATATCGGAAGCAACGACCATGGATTTGGCGGGAATGCAATCTTGCCCTACAAGCTCTCCATATCCCTCGATTTAAACACCTAAAGGCTTAAACCCTTACCGGCTGTTTTCATCTTCGTCTTAACATGATCAGACGGTTTTCTTCAGTCAAGTAAGTACAGAATCTCCATCTTGAATTCTTCGCCC...

CDS

下载 CDS FASTA

2436 bp · TkA07G094560|TK1151|CDS

ATGCCGGTTCTAAGGTCAAGAAAAGTTGATTCTGTAACTCAGAACGAACAATCGCATAAACCCCTTATAAATGGGGATCAAATCGAACCACCAACACCGGCAAAGGAAGTCGAGTCAACGACAAAACCGTCACATGAAAGGACCCCGAGTCCATACAACTTGGTTCACAGTTCCGATAAGACAGGGTCAGTCGGTAGTATAGACTCCGAGTCTGTTTCGAACATACCTCTGAGAAGGAGTGCACGACTTTCCTCGAAGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

811 aa · TkA07G094560|TK1151|PROTEIN

MPVLRSRKVDSVTQNEQSHKPLINGDQIEPPTPAKEVESTTKPSHERTPSPYNLVHSSDKTGSVGSIDSESVSNIPLRRSARLSSKSSSYNVVENVGSRRKRKNVNSSVQVSASGIEKESGGSKDDVIDVRDSNGYDREDTLNVQKVKNQRLLSHDICFLSSESVQECDLGNKTLSLRSGKKLLKPEIENVAIEQELSPYQKDEKETEEGNSDTVVHEATQVTESLTFEAEEGSSGTKNDGEKTRKRFSTEDKQKGVMVD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G094560`
TK1151 ID	TkA07G094560
OH-1004 ID	LXL04_027799
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA07G094560`
位置	Chr07:24662681-24666060 (-)
描述	Similar to rhp7: DNA repair protein rhp7 (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_027799` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0003341 cilium movement 生物过程 GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程 GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程 GO:0010311 lateral root formation 生物过程 GO:0010824 regulation of centrosome duplication 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0030317 flagellated sperm motility 生物过程 GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0051781 positive regulation of cell division 生物过程 GO:0071365 cellular response to auxin stimulus 生物过程 GO:0000113 nucleotide-excision repair factor 4 complex 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G21410 ath:AT3G58530 hsa:222235 spo:2539094 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.934

排名 1 · TkA07G094560 · TK1151

细胞质0.098

排名 2 · TkA07G094560 · TK1151

细胞膜0.029

排名 3 · TkA07G094560 · TK1151

质体0.016

排名 4 · TkA07G094560 · TK1151

线粒体0.014

排名 5 · TkA07G094560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12799LRR_4412-419 aa

PF25372LRR_FBXL15457-579 aa

PF09235SAM_Ste50p467-486 aa

PF29594LRR_SKP2486-568 aa

PF24048LRR_NXF1-5520-560 aa

PF12799LRR_4522-558 aa

PF27094DUF8346523-568 aa

PF13516LRR_6532-539 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G094560	`PF12799`	LRR_4	412	419	0.0034	18.3
TkA07G094560	`PF25372`	LRR_FBXL15	457	579	8.6e-13	48.2
TkA07G094560	`PF09235`	SAM_Ste50p	467	486	0.0029	18.5
TkA07G094560	`PF29594`	LRR_SKP2	486	568	6.7e-10	39.4
TkA07G094560	`PF24048`	LRR_NXF1-5	520	560	0.012	15.9
TkA07G094560	`PF12799`	LRR_4	522	558	0.0034	18.3
TkA07G094560	`PF27094`	DUF8346	523	568	0.024	13.9
TkA07G094560	`PF13516`	LRR_6	532	539	0.00017	22.1
TkA07G094560	`PF13516`	LRR_6	549	568	0.00017	22.1
TkA07G094560	`PF23952`	LRR_EndoS	549	612	3.1	8.8
TkA07G094560	`PF09235`	SAM_Ste50p	573	587	0.0029	18.5
TkA07G094560	`PF29594`	LRR_SKP2	576	675	6.7e-10	39.4
TkA07G094560	`PF12799`	LRR_4	591	616	0.0034	18.3
TkA07G094560	`PF13516`	LRR_6	599	615	0.00017	22.1
TkA07G094560	`PF27094`	DUF8346	608	675	0.024	13.9
TkA07G094560	`PF25372`	LRR_FBXL15	622	670	8.6e-13	48.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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