RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G093940
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 24511874-24516401 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3513 bp · TkA07G093940|TK1151|cDNA

AAAAAGTTTCACCCATTGTGAATGCTCTATGGCCCAAAAATCCTACGTGGCATCTCTTAGCACATCCTTAACACGCTAATCACTCCCGATAGCAGCCTAATGACCGATGAATGCTCCTTAATAATTTACAAATTGGAATATAACAGAATGCTATAAAGCAAGATCGGTTTTGATTATTTTCAGAATTTCCTCTCCACCACCGTCTTCCTCCGTACTCCCTTGATTCCCGCCCCTCCCTTGTCTTTACTTGTGTATTCCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2604 bp · TkA07G093940|TK1151|CDS

ATGAAAGCTCCTCCAAACGTGTATCAAGGAGAAGGTGGAAGAAAAGTAATGAACTCGGAGTTATGGCACGCTTGTGCTGGGCCAATGGTATCGTTGCCACCTGTTGGAAGTCTAGTGGTGTACTTTCCTCAAGGTCACAGCGAGCAAGTGGCAGCTTCAATGCAAAAAGACACAGAAAACATACCAAACTATCCAAATCTTCCTTCTAAACTCATTTGCATGATTCATAGTGTAACATTACATGCTGATGCAGAAACTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

867 aa · TkA07G093940|TK1151|PROTEIN

MKAPPNVYQGEGGRKVMNSELWHACAGPMVSLPPVGSLVVYFPQGHSEQVAASMQKDTENIPNYPNLPSKLICMIHSVTLHADAETDEVYAQMTLQPVNKYDQEALLISEMGMKQNKQPSEFFCKTLTASDTSTHGGFSVPRRAAEKIFPPLDFSMQPPAQELVARDLHDQSWTFRHIYRGQPKRHLLTTGWSIFVNSKRLFAGDGVLFVRNEKSQLLLGIRRANRQQPALSSSVISSDSMHIGILAAAAHAAANNSPFT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G093940
TK1151 IDTkA07G093940
OH-1004 IDLXL04_027786
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)96.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G093940
位置Chr07:24511874-24516401 (+)
描述Similar to ARF19: Auxin response factor 19
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g19220 生长素反应因子 是与生长素反应启动子元件 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。
A role for auxin response factor 19 in auxin and ethylene signaling in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1104/pp.105.070987
ARF7 and ARF19 regulate lateral root formation via direct activation of LBD/ASL genes in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.047761
Arabidopsis ATXR2 deposits H3K36me3 at the promoters of LBD genes to facilitate cellular dedifferentiation.2017 · DOI: 10.1126/scisignal.aan0316
At5g20730 生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。
Overlapping and non-redundant functions of the Arabidopsis auxin response factors MONOPTEROS and NONPHOTOTROPIC HYPOCOTYL 4.2004 · DOI: 10.1242/dev.00925
A gradient of auxin and auxin-dependent transcription precedes tropic growth responses.2006 · DOI: 10.1073/pnas.0507127103
A role for auxin response factor 19 in auxin and ethylene signaling in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1104/pp.105.070987
ARF7 and ARF19 regulate lateral root formation via direct activation of LBD/ASL genes in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.047761
Arabidopsis ATXR2 deposits H3K36me3 at the promoters of LBD genes to facilitate cellular dedifferentiation.2017 · DOI: 10.1126/scisignal.aan0316

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os06g0196700 生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。 暂无已核实直接文献
UniProt: A2YAA5 生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。 暂无已核实直接文献
Os02g0141100 生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027786 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009630 gravitropism 生物过程
GO:0009638 phototropism 生物过程
GO:0009723 response to ethylene 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009785 blue light signaling pathway 生物过程
GO:0010311 lateral root formation 生物过程
GO:0040008 regulation of growth 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0048366 leaf development 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G19220
ath:AT5G20730
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.959
排名 1 · TkA07G093940 · TK1151
细胞质0.100
排名 2 · TkA07G093940 · TK1151
细胞膜0.031
排名 3 · TkA07G093940 · TK1151
内质网0.020
排名 4 · TkA07G093940 · TK1151
质体0.016
排名 5 · TkA07G093940 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25313BRWD_AD33-63 aa
PF02362B3123-224 aa
PF25313BRWD_AD251-354 aa
PF06507ARF_AD272-354 aa
PF02309AUX_IAA476-513 aa
PF25313BRWD_AD487-513 aa
PF00788RA500-519 aa
PF02362B3606-638 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G093940PF25313BRWD_AD33632.5e-0834.8
TkA07G093940PF02362B31232242.5e-2176.2
TkA07G093940PF25313BRWD_AD2513542.5e-0834.8
TkA07G093940PF06507ARF_AD2723542e-35121.3
TkA07G093940PF02309AUX_IAA4765134.3e-1040.5
TkA07G093940PF25313BRWD_AD4875132.5e-0834.8
TkA07G093940PF00788RA5005190.01716.3
TkA07G093940PF02362B36066382.5e-2176.2
TkA07G093940PF00788RA6436680.01716.3
TkA07G093940PF02309AUX_IAA7487904.3e-1040.5
TkA07G093940PF00788RA7528100.01716.3
TkA07G093940PF00564PB17608300.0006920.2
TkA07G093940PF02309AUX_IAA7958404.3e-1040.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8RYC8拟南芥sp|Q8RYC8|ARFS_ARATH Auxin response factor 1953.800%Swiss-Prot高置信
P93022拟南芥sp|P93022|ARFG_ARATH Auxin response factor 750.600%Swiss-Prot高置信
A3B9A0水稻sp|A3B9A0|ARFP_ORYSJ Auxin response factor 1652.400%Swiss-Prot高置信
A2YAA5水稻sp|A2YAA5|ARFP_ORYSI Auxin response factor 1652.300%Swiss-Prot高置信
Q6Z2W3水稻sp|Q6Z2W3|ARFE_ORYSJ Auxin response factor 544.600%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看