TkA07G086590 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G086590

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 22606863-22609347 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1580 bp · TkA07G086590|TK1151|cDNA

AACGAACGAGGGGGGAAAGTTGCAATCGCTGCTGTTGGAAGAAATTTACCTCATCCACCGATCAATCCACGACTATAAATCGACCAATGAAAGGCGGCGCTAAGAGGAAGAGCGTCAGCTCCGACACACCACCACCTCGGGTCCACAACGATCTCGCTTCTCCCGGGAACGATAAGGCAGAGTACCACAATCAAGACGGTGAACAACAGCAGCTGCTGCCGCTGAATGACAAGTATGAAGACGAAGAAGAGGATGAATAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1101 bp · TkA07G086590|TK1151|CDS

ATGACAAGTATGAAGACGAAGAAGAGGATGAATATGACGAGGAGTATGACGATCAGTTCGGTGACCAAGAAAACGACGGAGAAGGCGGTGAAGCCGAGGGTTTCTACGAGATCGAATCCGTACGAAAGAAAAGAAGTCGCAAGGGTAAAGTACAGTATCTCATTAAATGGCGTGGATGGCCAGAAGCAGCTAACACTTGGGAGCCCTTTGAGAATCTTCTATCATGTTCGGATGTCATCGATGCATTCGAAGAGAGGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

366 aa · TkA07G086590|TK1151|PROTEIN

MTSMKTKKRMNMTRSMTISSVTKKTTEKAVKPRVSTRSNPYERKEVARVKYSISLNGVDGQKQLTLGSPLRIFYHVRMSSMHSKRGKQKPGRKQKQKSVAPIQPQPKKKKKKQQQQQEQQQNSPSATYEIPSTKVKIVQESLSHPSESDPTCAQSNVNTATHSNDNQSLSDFHEIGEKNETIELNVKLSELKTPSLTVKETESDRIGESEGVVGVGVNSSIQVSNVNGGSKSVGAKRRKTGTVKRFKQELQLQSVVSNDG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G086590`
TK1151 ID	TkA07G086590
OH-1004 ID	LXL04_027697
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	95.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 76.230 / OH-1004 55.912 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G086590

位置 Chr07:22606863-22609347 (+)

描述 Similar to LHP1: Chromo domain protein LHP1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g17690`	异染色质的结构成分，参与基因抑制，包括几个花器官同源基因和调节开花时间的FLT。	Mutations in LIKE HETEROCHROMATIN PROTEIN 1 affect flowering time and plant architecture in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1242/dev.128.23.4847 Arabidopsis TERMINAL FLOWER 2 gene encodes a heterochromatin protein 1 homolog and represses both FLOWERING LOCUS T to regulate flowering time and several floral homeotic genes.2003 · DOI: 10.1093/pcp/pcg091 Characterization of the Arabidopsis TU8 glucosinolate mutation, an allele of TERMINAL FLOWER2.2004 · DOI: 10.1023/b:plan.0000040897.49151.98 LHP1, the Arabidopsis homologue of HETEROCHROMATIN PROTEIN1, is required for epigenetic silencing of FLC.2006 · DOI: 10.1073/pnas.0507427103 Epigenetic maintenance of the vernalized state in Arabidopsis thaliana requires LIKE HETEROCHROMATIN PROTEIN 1.2006 · DOI: 10.1038/ng1795 Polycomb silencing of KNOX genes confines shoot stem cell niches in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1016/j.cub.2008.11.019 The Arabidopsis hnRNP-Q Protein LIF2 and the PRC1 Subunit LHP1 Function in Concert to Regulate the Transcription of Stress-Responsive Genes.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00244 The TERMINAL FLOWER2 (TFL2) gene controls the reproductive transition and meristem identity in Arabidopsis thaliana.1998 · DOI: 10.1093/genetics/149.2.597

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0324900`	异染色质的结构成分，参与基因沉默。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027697 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0003006 developmental process involved in reproduction 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009410 response to xenobiotic stimulus 生物过程

GO:0009648 photoperiodism 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

GO:0009825 multidimensional cell growth 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程

GO:0010016 shoot system morphogenesis 生物过程

GO:0010048 vernalization response 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G17690

mmu:52609

rno:362962

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.967

排名 1 · TkA07G086590 · TK1151

细胞质0.123

排名 2 · TkA07G086590 · TK1151

细胞膜0.015

排名 3 · TkA07G086590 · TK1151

线粒体0.014

排名 4 · TkA07G086590 · TK1151

高尔基体0.006

排名 5 · TkA07G086590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30805OXR1_M22-265 aa

PF28453RBM43_C199-213 aa

PF01393Chromo_shadow264-275 aa

PF01393Chromo_shadow330-362 aa

PF28453RBM43_C344-361 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G086590	`PF30805`	OXR1_M	22	265	0.14	12.3
TkA07G086590	`PF28453`	RBM43_C	199	213	0.11	12.9
TkA07G086590	`PF01393`	Chromo_shadow	264	275	0.00092	19.7
TkA07G086590	`PF01393`	Chromo_shadow	330	362	0.00092	19.7
TkA07G086590	`PF28453`	RBM43_C	344	361	0.11	12.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q946J8`	拟南芥	sp\|Q946J8\|LHP1_ARATH Chromo domain-containing protein LHP1	41.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q339W7`	水稻	sp\|Q339W7\|LHP1_ORYSJ Probable chromo domain-containing protein LHP1	38.200%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情