TkA07G079120 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G079120

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 20676280-20678757 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

947 bp · TkA07G079120|TK1151|cDNA

CGACCCTGTAAAATCATGACACCACGCTCCATAAAAGTGAGAACGCCGGCAACTGAAGCTCAGTAACCTAACTCCACTTCATCTCTTCCAGATCTGCTAACACTCTCGACATGAACATCTTCAAGAAGAAGACATCACCCAAAGATGCACTGAGGGAAAGCAAAAGAGACATGGCTGTAGCCACACGGGGTATTGAACGTGAAATTGCATCTTTACAAATGGAGGAGAGGAAGTTAGTGGCGGAGATTAAAAAGACGGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

651 bp · TkA07G079120|TK1151|CDS

ATGAACATCTTCAAGAAGAAGACATCACCCAAAGATGCACTGAGGGAAAGCAAAAGAGACATGGCTGTAGCCACACGGGGTATTGAACGTGAAATTGCATCTTTACAAATGGAGGAGAGGAAGTTAGTGGCGGAGATTAAAAAGACGGCCAAACTTGGGAATGAGGCTGCCACGAAGATATTAGCTCGACAACTTGTTCGCCTTAGGCAACAAATAACAAATTTGCAGGGGAGCCGTGCACAAATAAGAGGTGTAGCAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

216 aa · TkA07G079120|TK1151|PROTEIN

MNIFKKKTSPKDALRESKRDMAVATRGIEREIASLQMEERKLVAEIKKTAKLGNEAATKILARQLVRLRQQITNLQGSRAQIRGVATHTQALYANTSISTGMKGATKAMVAMNKEMAPAKQVKVIKEFQKQSSQLDMTIEMMSESIDETLDKDEAEEETEELTNQVLDEIGVGIASQLSSAPKGRIGPKKVENAAPSSVTNDVDDLEKRLASLRRL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G079120`
TK1151 ID	TkA07G079120
OH-1004 ID	LXL04_027621
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G079120

位置 Chr07:20676280-20678757 (-)

描述 Similar to VPS2.2: Vacuolar protein sorting-associated protein 2 homolog 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g44560`	ESCRT-III复合体的组成部分，参与多泡体（MVBs）的形成以及将内体货物蛋白分选到MVBs中。	暂无已核实直接文献
`At1g03950`	ESCRT-III复合体的组成部分，参与多泡体（MVBs）的形成以及将内体货物蛋白分选到MVBs中。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027621 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007080 mitotic metaphase chromosome alignment 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0031468 nuclear membrane reassembly 生物过程

GO:0032509 endosome transport via multivesicular body sorting pathway 生物过程

GO:0039702 viral budding via host ESCRT complex 生物过程

GO:0043162 ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway 生物过程

GO:0045324 late endosome to vacuole transport 生物过程

GO:0046761 viral budding from plasma membrane 生物过程

GO:0061952 midbody abscission 生物过程

GO:0070676 intralumenal vesicle formation 生物过程

GO:0071985 multivesicular body sorting pathway 生物过程

GO:0097352 autophagosome maturation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03950

ath:AT2G06530

ath:AT5G44560

ddi:DDB_G0292400

pon:100172566

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.862

排名 1 · TkA07G079120 · TK1151

细胞核0.243

排名 2 · TkA07G079120 · TK1151

线粒体0.054

排名 3 · TkA07G079120 · TK1151

细胞膜0.052

排名 4 · TkA07G079120 · TK1151

内质网0.051

排名 5 · TkA07G079120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20570DUF677915-91 aa

PF03357Snf716-185 aa

PF11068YlqD19-86 aa

PF06657Cep57_MT_bd22-72 aa

PF09278MerR-DNA-bind28-42 aa

PF14348DtrJ-like52-135 aa

PF09278MerR-DNA-bind54-84 aa

PF00700Flagellin_C61-90 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G079120	`PF20570`	DUF6779	15	91	0.04	15.3
TkA07G079120	`PF03357`	Snf7	16	185	5.3e-36	124.6
TkA07G079120	`PF11068`	YlqD	19	86	0.0043	18.1
TkA07G079120	`PF06657`	Cep57_MT_bd	22	72	0.33	12.2
TkA07G079120	`PF09278`	MerR-DNA-bind	28	42	0.22	12.9
TkA07G079120	`PF14348`	DtrJ-like	52	135	0.3	11.3
TkA07G079120	`PF09278`	MerR-DNA-bind	54	84	0.22	12.9
TkA07G079120	`PF00700`	Flagellin_C	61	90	0.11	13.6
TkA07G079120	`PF15039`	DUF4530	82	163	0.027	15.3
TkA07G079120	`PF11068`	YlqD	117	165	0.0043	18.1
TkA07G079120	`PF06657`	Cep57_MT_bd	123	160	0.33	12.2
TkA07G079120	`PF00700`	Flagellin_C	127	181	0.11	13.6
TkA07G079120	`PF09278`	MerR-DNA-bind	134	170	0.22	12.9
TkA07G079120	`PF20570`	DUF6779	136	161	0.04	15.3
TkA07G079120	`PF20570`	DUF6779	199	214	0.04	15.3
TkA07G079120	`PF09278`	MerR-DNA-bind	203	216	0.22	12.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WTY4`	拟南芥	sp\|Q0WTY4\|VPS2B_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 2 homolog 2	82.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q941D5`	拟南芥	sp\|Q941D5\|VPS2C_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 2 homolog 3	72.400%	Swiss-Prot	高置信

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