TkA07G078970 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G078970

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 20602750-20609002 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4331 bp · TkA07G078970|TK1151|cDNA

CGACATACTCAAACTTAAGGGACCTAAAGCATCAATATATCAAACTTCTGTGCAAAAAGTTGTTAAAAAACGAACAAAGTGTCCAAACGTTCAAAATCTACAACCTACTAAACCCTAACATAAAACCCTTCTTCATCCCCACCGTAAGCGATTTGCAGTGGTCACCAGCTCAATAACGACGACTAAGCACCATGAAGTCCGAAGCAGCAGCAAAGGTTTCAGGGAGGCATAGAATGACGCCGCACCTACCCAACAATCCC...

CDS

下载 CDS FASTA

3153 bp · TkA07G078970|TK1151|CDS

ATGTTAAAGTCAAAACTTTGTCATCTTAAAGGTGCCGACCATCAAAAGTTAGTGTCTTGTAAAGAAGAACCATCAGAAATGGGCGGATACTTCATATTAAATGGACTTGAAAGAGTTGTGAGGCTATTAGTCGTACCAAAAAGAAACTATCCAACTAGTATGGAGAGAAGTGCATTTAAAAACAGAAGAGAAGGGTTCACTGATAAAGCTGTGGTGATAAGATGTGTTAGAGAAGACCAATCAGCTGTGACCGTTAACTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1050 aa · TkA07G078970|TK1151|PROTEIN

MLKSKLCHLKGADHQKLVSCKEEPSEMGGYFILNGLERVVRLLVVPKRNYPTSMERSAFKNRREGFTDKAVVIRCVREDQSAVTVNLYYISNGSARVGFRIRGRENLLPIGLVLKALIDTTDHEIFMSLSSVYNEKYEKAMGSVGTQIMSERAKIILNEVRDLSLFTRVQCLQYIGEYFKPFMDGMENESHSAVADAVLREFVLVHLDNNHDKFNLLIFMVQKLFSFIDQTSIPDNPDSLQTQEVLLPGQLVTIYIKEKL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G078970`
TK1151 ID	TkA07G078970
OH-1004 ID	LXL04_027617
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 85.831 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G078970

位置 Chr07:20602750-20609002 (+)

描述 Similar to NRPA2: DNA-directed RNA polymerase I subunit 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g29940`	DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027617 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006361 transcription initiation at RNA polymerase I promoter 生物过程

GO:0006362 transcription elongation by RNA polymerase I 生物过程

GO:0006363 termination of RNA polymerase I transcription 生物过程

GO:0009303 rRNA transcription 生物过程

GO:0009561 megagametogenesis 生物过程

GO:0017126 nucleologenesis 生物过程

GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程

GO:0042790 nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I 生物过程

GO:0001650 fibrillar center 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G29940

hsa:84172

mmu:20017

pon:100171727

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.941

排名 1 · TkA07G078970 · TK1151

细胞质0.067

排名 2 · TkA07G078970 · TK1151

线粒体0.024

排名 3 · TkA07G078970 · TK1151

细胞膜0.020

排名 4 · TkA07G078970 · TK1151

内质网0.012

排名 5 · TkA07G078970 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04563RNA_pol_Rpb2_11-279 aa

PF04561RNA_pol_Rpb2_268-245 aa

PF04560RNA_pol_Rpb2_7146-169 aa

PF04565RNA_pol_Rpb2_3333-396 aa

PF06883RNA_pol_Rpa2_4450-507 aa

PF04565RNA_pol_Rpb2_3534-546 aa

PF00562RNA_pol_Rpb2_6565-933 aa

PF28508UBA_SDE5627-651 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G078970	`PF04563`	RNA_pol_Rpb2_1	1	279	4.6e-15	56.4
TkA07G078970	`PF04561`	RNA_pol_Rpb2_2	68	245	1e-11	45.6
TkA07G078970	`PF04560`	RNA_pol_Rpb2_7	146	169	1.9e-21	77.0
TkA07G078970	`PF04565`	RNA_pol_Rpb2_3	333	396	5.1e-27	94.5
TkA07G078970	`PF06883`	RNA_pol_Rpa2_4	450	507	9.2e-19	67.8
TkA07G078970	`PF04565`	RNA_pol_Rpb2_3	534	546	5.1e-27	94.5
TkA07G078970	`PF00562`	RNA_pol_Rpb2_6	565	933	3.8e-121	405.5
TkA07G078970	`PF28508`	UBA_SDE5	627	651	0.25	12.1
TkA07G078970	`PF13248`	Zn_ribbon_3	711	722	0.85	9.9
TkA07G078970	`PF04560`	RNA_pol_Rpb2_7	935	1043	1.9e-21	77.0
TkA07G078970	`PF13248`	Zn_ribbon_3	972	983	0.85	9.9
TkA07G078970	`PF13248`	Zn_ribbon_3	1005	1013	0.85	9.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I366`	拟南芥	sp\|F4I366\|NRPA2_ARATH DNA-directed RNA polymerase I subunit 2	69.000%	Swiss-Prot	高置信

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