TkA07G073820 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G073820

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 19341865-19343330 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1240 bp · TkA07G073820|TK1151|cDNA

CGCTCCTCATGTAGAAACTTAGGATATAAGTTATAAAAACCCTAACGTCGGTTCACTTGAAATAGAAAACACATCGGCAAAATCATAGTATTTCGTGTTTGACATGGCGTCGATCTCCACCAAAAAGCGGTTGTGTGCAGCGAAGAAATCCCCAAATTGGCTGGAAATGCCTCACGAAGTGATGTCGAATATCCTTGAAAGATTGGATGATGTAGAAATACTCAACAGCGCAAGTAAAGTTTGCACAACCTGGAGGAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

870 bp · TkA07G073820|TK1151|CDS

ATGGCGTCGATCTCCACCAAAAAGCGGTTGTGTGCAGCGAAGAAATCCCCAAATTGGCTGGAAATGCCTCACGAAGTGATGTCGAATATCCTTGAAAGATTGGATGATGTAGAAATACTCAACAGCGCAAGTAAAGTTTGCACAACCTGGAGGAGAATTGGTCGGGATCCTGCGATGTGGAAGGTCATTAATATGCACAAACCGGCAGGGGCTCGGGATGATGATTACGATCTTCATGCGCTAACTAAGGAGGCGGTCAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

289 aa · TkA07G073820|TK1151|PROTEIN

MASISTKKRLCAAKKSPNWLEMPHEVMSNILERLDDVEILNSASKVCTTWRRIGRDPAMWKVINMHKPAGARDDDYDLHALTKEAVSLSCGELIDISLDGFGNDNLLDHILQRSSKLKSLSLKDCYHVTSERLNHALKMVPQLEKLHITDTSSVKKLYEVTVPNCPHLKSFKLDKVRIHIGIRSDIDALAIANTMPELRHLQLYGNAMSDIGLKAILDGCPHLESVDIRTCYNVDIHADVLKPSLERLKSFKGPNDSIEN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G073820`
TK1151 ID	TkA07G073820
OH-1004 ID	LXL04_027574
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G073820

位置 Chr07:19341865-19343330 (+)

描述 Similar to SKIP19: F-box protein SKIP19

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g05460`	SCF(ASK-cullin-F-box) E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At4g05500`	推定 F-box/LRR 重复蛋白 23。	暂无已核实直接文献
`At4g05490`	推测的 F-盒/LRR 重复蛋白 22。	暂无已核实直接文献
`At4g05475`	假定F-box蛋白At4g05475。	暂无已核实直接文献
`At4g05497`	推定 F-box/LRR 重复蛋白 9。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027574 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:1905761 SCF ubiquitin ligase complex binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G05460

ath:AT4G05475

ath:AT4G05497

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.539

排名 1 · TkA07G073820 · TK1151

细胞核0.524

排名 2 · TkA07G073820 · TK1151

内质网0.071

排名 3 · TkA07G073820 · TK1151

细胞膜0.070

排名 4 · TkA07G073820 · TK1151

质体0.031

排名 5 · TkA07G073820 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25019LRR_R13L1-DRL2116-41 aa

PF12937F-box-like19-63 aa

PF00646F-box19-61 aa

PF18511F-box_521-53 aa

PF07723LRR_234-43 aa

PF29594LRR_SKP284-238 aa

PF18511F-box_584-90 aa

PF24758LRR_At5g56370104-161 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G073820	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	16	41	0.087	13.4
TkA07G073820	`PF12937`	F-box-like	19	63	1.4e-09	38.3
TkA07G073820	`PF00646`	F-box	19	61	8.3e-09	35.7
TkA07G073820	`PF18511`	F-box_5	21	53	0.042	14.1
TkA07G073820	`PF07723`	LRR_2	34	43	2.0	9.9
TkA07G073820	`PF29594`	LRR_SKP2	84	238	1.8e-05	24.9
TkA07G073820	`PF18511`	F-box_5	84	90	0.042	14.1
TkA07G073820	`PF24758`	LRR_At5g56370	104	161	5e-11	43.4
TkA07G073820	`PF00646`	F-box	105	113	8.3e-09	35.7
TkA07G073820	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	105	189	0.00013	22.2
TkA07G073820	`PF25372`	LRR_FBXL15	105	179	0.016	14.3
TkA07G073820	`PF13855`	LRR_8	108	122	0.00079	19.9
TkA07G073820	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	112	150	0.087	13.4
TkA07G073820	`PF23247`	LRR_RPS2	114	201	0.00053	20.7
TkA07G073820	`PF13516`	LRR_6	114	125	0.0016	19.1
TkA07G073820	`PF09235`	SAM_Ste50p	115	147	0.048	14.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M0U9`	拟南芥	sp\|Q9M0U9\|SKI19_ARATH F-box protein SKIP19	43.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9S9V9`	拟南芥	sp\|Q9S9V9\|FBL23_ARATH Putative F-box/LRR-repeat protein 23	41.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9M0U6`	拟南芥	sp\|Q9M0U6\|FBL22_ARATH Putative F-box/LRR-repeat protein 22	39.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9M0U7`	拟南芥	sp\|Q9M0U7\|FB221_ARATH Putative F-box protein At4g05475	36.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9S9V8`	拟南芥	sp\|Q9S9V8\|FBL9_ARATH Putative F-box/LRR-repeat protein 9	40.400%	Swiss-Prot	中等置信

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