TkA07G071270 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G071270

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 18656259-18660578 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2059 bp · TkA07G071270|TK1151|cDNA

TAAATTTAAAAGCTTTAACTAACCGATCCTGAACTCAATCATGAACCACTAAAAAAAAAACCAAACCATGATGAATCATGATAGATCTTTGATTAATTGATATAATGTCTTCATGTGTTTATCGGTATCCCAAAGTCTTGGCCCATGGGTCTCGTGTCCAATGTTGAATATTGTGTGAATGTGTTCATGTGTTTATGAGTCTCATGTCCATTGCCAATTTTAGATGCTAAAAAAGTAGATGGACGAAGGTTGATCCAGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

927 bp · TkA07G071270|TK1151|CDS

ATGCGAACATTAGCAGAGAGTTTAAGTAGGGACATTATTCGCGGTAGTCCAGATGTAAAGTGGGAGAGCATAAAAGGGTTAGAAAATGCAAAACGTCTACTTAAAGAAGCAGTTGTTATGCCAATCAAATATCCCAAGTACTTCACTGGTCTTTTGTCCCCATGGAAAGGCATTCTCTTATTTGGCCCTCCAGGAACCGGAAAGACAATGCTTGCAAAGGCTGTTGCAACCGAATGCAATACTACATTTTTCAACATTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

308 aa · TkA07G071270|TK1151|PROTEIN

MRTLAESLSRDIIRGSPDVKWESIKGLENAKRLLKEAVVMPIKYPKYFTGLLSPWKGILLFGPPGTGKTMLAKAVATECNTTFFNISASSIVSKWRRDSEKLVKVLFELARHHAPSTIFLDEIDAIISQRGESRSEHESSRRLKTELLIQMDGLTKTDELVFVLAATNLPWELDAAMLRRLEKRILVPLPEPEARKAMFEELLPSCINEEHQDTQEQLPYDLLVEKTEGYSGSDIRLVCKEAAMQPLRRVMAVLEQHDVL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G071270`
TK1151 ID	TkA07G071270
OH-1004 ID	LXL04_027530
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 74.396 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G071270

位置 Chr07:18656259-18660578 (-)

描述 Similar to katnal2: Katanin p60 ATPase-containing subunit A-like 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g80350`	以 ATP 依赖性方式在体外切断微管。	BOTERO1 is required for normal orientation of cortical microtubules and anisotropic cell expansion in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.00946.x Cell specification in the Arabidopsis root epidermis requires the activity of ECTOPIC ROOT HAIR 3--a katanin-p60 protein.2002 · DOI: 10.1242/dev.129.1.123 The Arabidopsis lue1 mutant defines a katanin p60 ortholog involved in hormonal control of microtubule orientation during cell growth.2003 · DOI: 10.1242/jcs.00274 KTN80 confers precision to microtubule severing by specific targeting of katanin complexes in plant cells.2017 · DOI: 10.15252/embj.201796823

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027530 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000212 meiotic spindle organization 生物过程

GO:0000226 microtubule cytoskeleton organization 生物过程

GO:0009825 multidimensional cell growth 生物过程

GO:0009832 plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0010091 trichome branching 生物过程

GO:0010154 fruit development 生物过程

GO:0031122 cytoplasmic microtubule organization 生物过程

GO:0043622 cortical microtubule organization 生物过程

GO:0051013 microtubule severing 生物过程

GO:0051211 anisotropic cell growth 生物过程

GO:0090436 leaf pavement cell development 生物过程

GO:0000922 spindle pole 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G80350

hsa:83473

mmu:71206

xla:734847

xtr:100036615

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.478

排名 1 · TkA07G071270 · TK1151

细胞核0.247

排名 2 · TkA07G071270 · TK1151

线粒体0.218

排名 3 · TkA07G071270 · TK1151

过氧化物酶体0.121

排名 4 · TkA07G071270 · TK1151

细胞膜0.059

排名 5 · TkA07G071270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25199nSTAND_NTPase519-142 aa

PF24389ORC-CDC6-like45-82 aa

PF13481AAA_2547-78 aa

PF05673DUF81547-122 aa

PF12775AAA_750-85 aa

PF02367TsaE51-81 aa

PF01637ATPase_254-79 aa

PF06068TIP4956-105 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G071270	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	19	142	0.0011	19.6
TkA07G071270	`PF24389`	ORC-CDC6-like	45	82	0.0076	15.7
TkA07G071270	`PF13481`	AAA_25	47	78	0.013	15.9
TkA07G071270	`PF05673`	DUF815	47	122	0.021	14.7
TkA07G071270	`PF12775`	AAA_7	50	85	0.011	16.0
TkA07G071270	`PF02367`	TsaE	51	81	0.15	12.7
TkA07G071270	`PF01637`	ATPase_2	54	79	0.21	12.1
TkA07G071270	`PF06068`	TIP49	56	105	5.8e-05	23.1
TkA07G071270	`PF13191`	AAA_16	57	164	4.9e-05	24.6
TkA07G071270	`PF01695`	IstB_IS21	57	92	0.0071	16.6
TkA07G071270	`PF06745`	ATPase	57	73	0.029	14.4
TkA07G071270	`PF13245`	AAA_19	57	106	0.076	13.9
TkA07G071270	`PF00004`	AAA	58	189	5.7e-41	140.8
TkA07G071270	`PF05496`	RuvB_N	58	127	3.1e-06	27.8
TkA07G071270	`PF13401`	AAA_22	58	133	5.4e-05	24.2
TkA07G071270	`PF13173`	AAA_14	58	126	9.6e-05	23.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SEX2`	拟南芥	sp\|Q9SEX2\|KTNA1_ARATH Katanin p60 ATPase-containing subunit A1	46.900%	Swiss-Prot	中等置信

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