TkA07G059430 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G059430

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 15754034-15757483 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2008 bp · TkA07G059430|TK1151|cDNA

CAGGAACTCAAGAATCCTAGTAGTCATGGACCTTACCGAAAAAGATGTGCTCATTGAAGGTAAAGTGGACTGGAAAGGAAGAACTGCTACAAAGAATAAGCATGGAGGCATGTCAACTGCGGTTTTCGTATTAGCAACGTTTGCGTTTGAAAACATGGCAACTTTCGCACTAGGAGTGAATTTCGTGACATATTTCAATTCAGTTATGCATTACGACATAGCCGACTCAGCAAACCACGTAACCAACTACATGGGAACCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1794 bp · TkA07G059430|TK1151|CDS

ATGGACCTTACCGAAAAAGATGTGCTCATTGAAGGTAAAGTGGACTGGAAAGGAAGAACTGCTACAAAGAATAAGCATGGAGGCATGTCAACTGCGGTTTTCGTATTAGCAACGTTTGCGTTTGAAAACATGGCAACTTTCGCACTAGGAGTGAATTTCGTGACATATTTCAATTCAGTTATGCATTACGACATAGCCGACTCAGCAAACCACGTAACCAACTACATGGGAACCGCTTATATTCTTTCCATCCTTATGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

597 aa · TkA07G059430|TK1151|PROTEIN

MDLTEKDVLIEGKVDWKGRTATKNKHGGMSTAVFVLATFAFENMATFALGVNFVTYFNSVMHYDIADSANHVTNYMGTAYILSILMAVFADAYIGRLKTLLIAVFVEFLGLALLTLQAHYPKFKPPICNIFLPTSNCKKLSGGNAVMMFSAIYLMAVGASGVKAALPSHGADQFEEKYPKEAAQMSTFFNWLLLALVVGGSVSLTCFVWVQDNKGFDYGFGLSMIAMFLGGIILICGLPWYRIYVVQGSSAITEIIQVYV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G059430`
TK1151 ID	TkA07G059430
OH-1004 ID	LXL04_027442
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.310 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G059430

位置 Chr07:15754034-15757483 (+)

描述 Similar to NPF4.6: Protein NRT1/ PTR FAMILY 4.6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g69850`	低亲和力质子依赖性硝酸盐转运蛋白。	Identification of an abscisic acid transporter by functional screening using the receptor complex as a sensor.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1203567109 Nitrate does not compete with abscisic acid as a substrate of AtNPF4.6/NRT1.2/AIT1 in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.4161/psb.26624
`At1g59740`	蛋白NRT1/PTR家族4.3。	暂无已核实直接文献
`At1g27040`	参与脱落酸的转运。	暂无已核实直接文献
`At1g33440`	NRT1/PTR家族4.4蛋白。	暂无已核实直接文献
`At2g02040`	肽转运蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027442 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006857 oligopeptide transport 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0042128 nitrate assimilation 生物过程

GO:0042938 dipeptide transport 生物过程

GO:0042939 tripeptide transport 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0080168 abscisic acid transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27040

ath:AT1G33440

ath:AT1G59740

ath:AT1G69850

ath:AT3G54140

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.768

排名 1 · TkA07G059430 · TK1151

细胞质0.085

排名 2 · TkA07G059430 · TK1151

内质网0.075

排名 3 · TkA07G059430 · TK1151

溶酶体／液泡0.063

排名 4 · TkA07G059430 · TK1151

线粒体0.037

排名 5 · TkA07G059430 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16954HRG32-39 aa

PF11804DUF332555-90 aa

PF27523PSD82-106 aa

PF00854PTR298-526 aa

PF11804DUF3325153-241 aa

PF16954HRG194-208 aa

PF15013CCSMST1239-267 aa

PF11804DUF3325413-434 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G059430	`PF16954`	HRG	32	39	0.47	11.6
TkA07G059430	`PF11804`	DUF3325	55	90	2.2	9.2
TkA07G059430	`PF27523`	PSD	82	106	0.13	12.6
TkA07G059430	`PF00854`	PTR2	98	526	6.5e-84	282.8
TkA07G059430	`PF11804`	DUF3325	153	241	2.2	9.2
TkA07G059430	`PF16954`	HRG	194	208	0.47	11.6
TkA07G059430	`PF15013`	CCSMST1	239	267	0.86	10.5
TkA07G059430	`PF11804`	DUF3325	413	434	2.2	9.2
TkA07G059430	`PF16954`	HRG	417	430	0.47	11.6
TkA07G059430	`PF15013`	CCSMST1	450	466	0.86	10.5
TkA07G059430	`PF15013`	CCSMST1	530	565	0.86	10.5
TkA07G059430	`PF16954`	HRG	550	570	0.47	11.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H157`	拟南芥	sp\|Q8H157\|PTR19_ARATH Protein NRT1/ PTR FAMILY 4.6	43.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q93VV5`	拟南芥	sp\|Q93VV5\|PTR16_ARATH Protein NRT1/ PTR FAMILY 4.3	43.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8VYE4`	拟南芥	sp\|Q8VYE4\|PTR12_ARATH Protein NRT1/ PTR FAMILY 4.5	43.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q56XQ6`	拟南芥	sp\|Q56XQ6\|PTR15_ARATH Protein NRT1/ PTR FAMILY 4.4	40.600%	Swiss-Prot	中等置信
`P46032`	拟南芥	sp\|P46032\|PTR2_ARATH Protein NRT1/ PTR FAMILY 8.3	38.300%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情