TkA07G042920 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G042920

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 11448827-11450300 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

642 bp · TkA07G042920|TK1151|cDNA

TTTTTCTTTATAAATCGTTTTTTCGATTTGCGGAACCCTCTGGAACCATCTAAAAACTACGGGGATGATAATCCAGCTAAGCAATTCGATACGTTATTATATTTAGCTTTTGGGCATCCTCATTGCGAGAGGACGAATGCGAGGCACGTGAAGTCGGGGCATTCAAGATTAGGGTTTTTAGGGCAGTATGTTCTTGAAATGGCGGAGGCTGAGTTTTTCTTGCAGAGATATCCAAGGGAGTCGCCAGGTCCAATGAGGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

642 bp · TkA07G042920|TK1151|CDS

TTTTTCTTTATAAATCGTTTTTTCGATTTGCGGAACCCTCTGGAACCATCTAAAAACTACGGGGATGATAATCCAGCTAAGCAATTCGATACGTTATTATATTTAGCTTTTGGGCATCCTCATTGCGAGAGGACGAATGCGAGGCACGTGAAGTCGGGGCATTCAAGATTAGGGTTTTTAGGGCAGTATGTTCTTGAAATGGCGGAGGCTGAGTTTTTCTTGCAGAGATATCCAAGGGAGTCGCCAGGTCCAATGAGGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

213 aa · TkA07G042920|TK1151|PROTEIN

FFFINRFFDLRNPLEPSKNYGDDNPAKQFDTLLYLAFGHPHCERTNARHVKSGHSRLGFLGQYVLEMAEAEFFLQRYPRESPGPMRERVYALIAKRYLPKWVKAASLHNLIFQYDDMDKLLRKEREPPVKSVVWALFGAVYLCFGMPEVYRVLFEVFGMDPEDEECQPKLRRQLEEVDFVSAEFEGKKLTWQEVASYKTSNYVYIRVPFKTKR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G042920`
TK1151 ID	TkA07G042920
OH-1004 ID	LXL04_013601
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	95.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.732 / OH-1004 35.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G042920

位置 Chr07:11448827-11450300 (+)

描述 Similar to RNC1: Ribonuclease III domain-containing protein RNC1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g37510`	结合叶绿体中的特定 II 组内含子并促进其剪接。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0810100`	结合叶绿体中的特定 II 组内含子并促进其剪接。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013601 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000373 Group II intron splicing 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0008033 tRNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G37510

dosa:Os01g0810100

gka:GK1192

gtn:GTNG_1045

zma:100125654

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.455

排名 1 · TkA07G042920 · TK1151

细胞质0.444

排名 2 · TkA07G042920 · TK1151

细胞膜0.072

排名 3 · TkA07G042920 · TK1151

线粒体0.069

排名 4 · TkA07G042920 · TK1151

内质网0.068

排名 5 · TkA07G042920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14622Ribonucleas_3_352-152 aa

PF00636Ribonuclease_356-143 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G042920	`PF14622`	Ribonucleas_3_3	52	152	5.8e-08	33.7
TkA07G042920	`PF00636`	Ribonuclease_3	56	143	2.9e-06	28.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZV0`	拟南芥	sp\|Q9SZV0\|RNC1_ARATH Ribonuclease III domain-containing protein RNC1, chloroplastic	81.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q8S1Z0`	水稻	sp\|Q8S1Z0\|RNC1_ORYSJ Ribonuclease III domain-containing protein RNC1, chloroplastic	72.800%	Swiss-Prot	高置信

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