基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
TkA07G039900
当前版本: TK1151
染色体: Chr07
坐标: 10606677-10611222
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA3505 bp · TkA07G039900|TK1151|cDNA
AAAAAATACTTAATATTGATTTTTACCAAATAACACGATTGCCATCTAACAGTACTACGATGTGTTCGTCCCCATCCATTCGAGTCCCGCCGCATTGCGCGGGCAAACAACTTTTTTGTTTAAACAAACAATAAACTAGAAAATATAGCCACGAAAGGTCGAAAGCCATTCGCATTGACGCAAACGTCAGTCTCCCAGTGGATTCTTCATTCATCACTGGATTTACGGCTATGATCTTTGGCTTATTCACAGAAATTAGG...
CDS
下载 CDS FASTA2457 bp · TkA07G039900|TK1151|CDS
ATGAAAGAAACTTATATGGAGAGATTGAATATTAGTAATGATACTTTGAAGATGGATAGTTATGGGTTAACTGATGGAATCTTTGACAAATCAGTTGGAAACAGTTATCAAATATCAGAACCTTATGACAACATGGAAGCCCAATTCATGGATCTTAGCATGTATTCTGAGATTCTTTGTAGTCCCAGTGAGAAACTTTATGCACCATTTATCACAAGCTTAAATAAACCAATTTATTTTGGTTTAAATGATATTGATGA...
818 aa · TkA07G039900|TK1151|PROTEIN
MKETYMERLNISNDTLKMDSYGLTDGIFDKSVGNSYQISEPYDNMEAQFMDLSMYSEILCSPSEKLYAPFITSLNKPIYFGLNDIDDTFFDNKTESESTSGFHGVHMANKTQVDCVKNEKHDGKSLVPKKKSSLVNIRKNGKLKNNDEKSAHQAPLQMIPHEKSDISVQDGGLTVPLLKHQRIALSWMTRKETRCTRCCGGILADDQGLGKTISAIALILKERSPASSTENCTKTNQKQTETLNLDEEEDVTSDTKDRKS...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | TkA07G039900 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA07G039900 |
| OH-1004 ID | LXL04_027212 |
| 关系 / 置信度 | 跨参考版本对应关系 / Strict |
| 蛋白一致性 (%) | 100.000 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 100.000 / OH-1004 82.543覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | TK1151 / GWHBCHF00000000 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | TkA07G039900 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr07:10606677-10611222 (+) | ||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to CHR28: Helicase-like transcription factor CHR28 | ||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006325 chromatin organization 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0009294 DNA-mediated transformation 生物过程 GO:0036297 interstrand cross-link repair 生物过程 GO:0045003 double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing 生物过程 GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程 GO:0000785 chromatin 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 | ||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G50410 ath:AT3G20010 ath:AT5G22750 ath:AT5G43530 spo:2542440 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.803
细胞质0.202
线粒体0.054
细胞膜0.028
质体0.019
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF00176SNF2-rel_dom180-539 aaPF17120zf-RING_16180-200 aaPF00097zf-C3HC4186-198 aaPF13639zf-RING_2187-198 aaPF23555zf-RING_Vps41193-210 aaPF12678zf-rbx1568-613 aaPF13920zf-C3HC4_3575-621 aaPF24921RING_XB3-XBAT31575-610 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| TkA07G039900 | PF00176 | SNF2-rel_dom | 180 | 539 | 2.4e-65 | 221.2 |
| TkA07G039900 | PF17120 | zf-RING_16 | 180 | 200 | 6.8 | 7.1 |
| TkA07G039900 | PF00097 | zf-C3HC4 | 186 | 198 | 7.6e-08 | 32.8 |
| TkA07G039900 | PF13639 | zf-RING_2 | 187 | 198 | 0.0003 | 21.7 |
| TkA07G039900 | PF23555 | zf-RING_Vps41 | 193 | 210 | 8.3 | 6.8 |
| TkA07G039900 | PF12678 | zf-rbx1 | 568 | 613 | 0.0017 | 19.3 |
| TkA07G039900 | PF13920 | zf-C3HC4_3 | 575 | 621 | 3.5e-06 | 27.4 |
| TkA07G039900 | PF24921 | RING_XB3-XBAT31 | 575 | 610 | 0.00071 | 20.3 |
| TkA07G039900 | PF12861 | zf-ANAPC11 | 575 | 618 | 0.14 | 12.9 |
| TkA07G039900 | PF13923 | zf-C3HC4_2 | 576 | 612 | 2.2e-08 | 34.5 |
| TkA07G039900 | PF00097 | zf-C3HC4 | 576 | 612 | 7.6e-08 | 32.8 |
| TkA07G039900 | PF14634 | zf-RING_5 | 576 | 618 | 2.6e-05 | 24.8 |
| TkA07G039900 | PF13445 | zf-RING_UBOX | 576 | 612 | 4.9e-05 | 24.0 |
| TkA07G039900 | PF13639 | zf-RING_2 | 576 | 613 | 0.0003 | 21.7 |
| TkA07G039900 | PF14447 | Prok-RING_4 | 576 | 626 | 0.00055 | 20.5 |
| TkA07G039900 | PF15227 | zf-C3HC4_4 | 576 | 612 | 0.2 | 12.5 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q94BR5 | 拟南芥 | sp|Q94BR5|CHR28_ARATH Helicase-like transcription factor CHR28 | 52.400% | Swiss-Prot | 高置信 |
Q9LHE4 | 拟南芥 | sp|Q9LHE4|CHR27_ARATH Helicase-like transcription factor CHR27 | 49.600% | Swiss-Prot | 中等置信 |
Q9FNI6 | 拟南芥 | sp|Q9FNI6|SM3L2_ARATH DNA repair protein RAD5A | 35.700% | Swiss-Prot | 中等置信 |
Q9FIY7 | 拟南芥 | sp|Q9FIY7|SM3L3_ARATH DNA repair protein RAD5B | 35.600% | Swiss-Prot | 中等置信 |
Q9FF61 | 拟南芥 | sp|Q9FF61|SM3L1_ARATH Putative SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 3-like 1 | 33.500% | Swiss-Prot | 中等置信 |