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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G038050
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 10087004-10093706 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4010 bp · TkA07G038050|TK1151|cDNA

TTGGACCTTTAGACAGTTTTTCACAGTCTAATGCACATACCGAAAAGATTACAAGCGGAACCTTTTTTTGCCCCTTTCCCCCTCTCGCTAAACATACCCTCTTTCCCCAAAAACCCTTGCTCCGTTACCCTCAAAACCCACATAATTCTTGAAAAAAAGTCGATCTTTCCTCCGTTTTCTTGAAAAAATTTGTGATTCTTCTTTCGTTTTAGCAAAACCCACAAAGAAGAGTGTAAAATGAAGGAAAATGGCGGTGGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2988 bp · TkA07G038050|TK1151|CDS

ATGAAGGAAAATGGCGGTGGTGGCGGTGGTTCTCTGCCAGACGAGCAGAGGTGTAAAAGGAGCGATGGCAGGAAGTGGCGGTGCGGTCGGCCGGTGATGGAGGGAAGGACTCTTTGTGAAACGCATTTTCTTCAAGGTCGTCACCGGCAACACAAGGAGCCGGTTCCCGACAATTTAAAGATCGAGAGGCAAAGAACCACCAGAAAGGTCGAGGAAAAAAACCCTACTGAGAACAGTGAAATTAGGGCTAACGGGAATGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

995 aa · TkA07G038050|TK1151|PROTEIN

MKENGGGGGGSLPDEQRCKRSDGRKWRCGRPVMEGRTLCETHFLQGRHRQHKEPVPDNLKIERQRTTRKVEEKNPTENSEIRANGNAGSSNLPRKKGKRKLFDEERAAGSSNLHRKLRKRNQKEGKSKSSMDISEDLDDALKKMNLKKGDLQLDLIRGYLNRQIEKKKGKQPQNEDIVKEDIVKELKYGRLEISQSSPSSTPITVNNAAFVNGKIGVSPSSSMPTRFFRSKNIDRVPIATMQVLPSIKANVKAATKKCHW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G038050
TK1151 IDTkA07G038050
OH-1004 IDLXL04_027178
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G038050
位置Chr07:10087004-10093706 (+)
描述Similar to JMJ25: Lysine-specific demethylase JMJ25
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g21430 可能作为组蛋白 H3 赖氨酸去甲基化酶发挥作用，并参与基因表达的调控（通过相似性）。
The Arabidopsis histone demethylase JMJ28 regulates CONSTANS by interacting with FBH transcription factors.2021 · DOI: 10.1093/plcell/koab014
At1g62310 可能作为组蛋白H3赖氨酸去甲基化酶，参与基因表达调控。 暂无已核实直接文献
At1g11950 可能作为组蛋白H3赖氨酸去甲基化酶，参与基因表达调控。 暂无已核实直接文献
At4g00990 组蛋白去甲基酶，可去甲基化组蛋白H3的'Lys-9'(H3K9me)，对H3K9me1和H3K9me2具有特异性活性。
JMJ27, an Arabidopsis H3K9 histone demethylase, modulates defense against Pseudomonas syringae and flowering time.2017 · DOI: 10.1111/tpj.13623
JMJ27-mediated histone H3K9 demethylation positively regulates drought-stress responses in Arabidopsis.2021 · DOI: 10.1111/nph.17593
At1g09060 可能结合组蛋白 H3，但因无法结合 Fe²⁺ 而丧失去甲基化酶活性。
JMJ24 binds to RDR2 and is required for the basal level transcription of silenced loci in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12924
JMJ24 targets CHROMOMETHYLASE3 for proteasomal degradation in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1101/gad.274647.115
A JUMONJI Protein with E3 Ligase and Histone H3 Binding Activities Affects Transposon Silencing in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1104/pp.15.01688

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027178 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009617 response to bacterium 生物过程
GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0045815 transcription initiation-coupled chromatin remodeling 生物过程
GO:0090333 regulation of stomatal closure 生物过程
GO:1902584 positive regulation of response to water deprivation 生物过程
GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
GO:2000039 regulation of trichome morphogenesis 生物过程
GO:0000118 histone deacetylase complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G11950
ath:AT1G62310
ath:AT4G00990
ath:AT4G21430
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.899
排名 1 · TkA07G038050 · TK1151
细胞质0.124
排名 2 · TkA07G038050 · TK1151
细胞膜0.052
排名 3 · TkA07G038050 · TK1151
内质网0.028
排名 4 · TkA07G038050 · TK1151
质体0.016
排名 5 · TkA07G038050 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08879WRC13-53 aa
PF10497zf-4CXXC_R1254-326 aa
PF10497zf-4CXXC_R1387-424 aa
PF07735FBA_2501-515 aa
PF10497zf-4CXXC_R1506-518 aa
PF07735FBA_2528-556 aa
PF10497zf-4CXXC_R1590-610 aa
PF02373JmjC837-934 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G038050PF08879WRC13537.2e-1761.5
TkA07G038050PF10497zf-4CXXC_R12543269.1e-0523.3
TkA07G038050PF10497zf-4CXXC_R13874249.1e-0523.3
TkA07G038050PF07735FBA_25015150.1912.5
TkA07G038050PF10497zf-4CXXC_R15065189.1e-0523.3
TkA07G038050PF07735FBA_25285560.1912.5
TkA07G038050PF10497zf-4CXXC_R15906109.1e-0523.3
TkA07G038050PF02373JmjC8379348.6e-1039.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8H1S7拟南芥sp|Q8H1S7|JMJ28_ARATH Lysine-specific demethylase JMJ2834.100%Swiss-Prot中等置信
C0SV12拟南芥sp|C0SV12|JMJ29_ARATH Lysine-specific demethylase JMJ2933.100%Swiss-Prot中等置信
C0SUU8拟南芥sp|C0SUU8|JMJ26_ARATH Lysine-specific demethylase JMJ2632.100%Swiss-Prot中等置信
Q8VYB9拟南芥sp|Q8VYB9|JMJ27_ARATH Lysine-specific demethylase JMJ2732.400%Swiss-Prot中等置信
F4HZD1拟南芥sp|F4HZD1|JMJ24_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase JMJ2426.900%Swiss-Prot低置信

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