TkA07G029620 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G029620

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 7920577-7922585 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1765 bp · TkA07G029620|TK1151|cDNA

AAAAAATTGCTTACTCATTCTGATTTCAAACGGGTAAAAGGTCTGATGGGGTGATCTTTCAAGAATCAACGTTTACGAGAGACGCGGGCAAATGACATTTTTCAAAATCGCATACTCATTCTCAATTCCCCAAATCAAAACCCTTTCGTTTCCGTTTCTCTACAAGAACCCTAGAAAAATCCTAACTCCTTTTTCATTTTCACCCAAATCCATGGCTTCTCCATGGACCTGCTCCAGATGCACCTTCATCAACACCGATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1365 bp · TkA07G029620|TK1151|CDS

ATGACATTTTTCAAAATCGCATACTCATTCTCAATTCCCCAAATCAAAACCCTTTCGTTTCCGTTTCTCTACAAGAACCCTAGAAAAATCCTAACTCCTTTTTCATTTTCACCCAAATCCATGGCTTCTCCATGGACCTGCTCCAGATGCACCTTCATCAACACCGATTCCCAAAAACCCAATTGCCAAATTTGCTCATCCTCACAATCCCCACCACCGTTTTCCTCTTCCTCTTCAGCAAATCAAGAGAAATGGTCCTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

454 aa · TkA07G029620|TK1151|PROTEIN

MTFFKIAYSFSIPQIKTLSFPFLYKNPRKILTPFSFSPKSMASPWTCSRCTFINTDSQKPNCQICSSSQSPPPFSSSSSANQEKWSCKACTFLNPYNLSNCEICGTRTSSFSSNLSLADEELDVGSSAVGNVFLPLLQKCNNAKRKISDDPVEIPDGVIDLGVSRGFKSADKKVVDSDEIQPKPDSKTLKILSYNVWFAEEIELRIRMRAIGDIIQLHTPDVICLQEVTPDIYAIFQRSNWWKSYKCSLSFEKSVTRPYF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G029620`
TK1151 ID	TkA07G029620
OH-1004 ID	LXL04_027066
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA07G029620`
位置	Chr07:7920577-7922585 (-)
描述	Similar to tdp2: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_027066` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006302 double-strand break repair 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0016235 aggresome 细胞组分 GO:0016604 nuclear body 细胞组分 GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能 GO:0003697 single-stranded DNA binding 分子功能 GO:0004518 nuclease activity 分子功能 GO:0004519 endonuclease activity 分子功能 GO:0008081 phosphoric diester hydrolase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bta:507579 mmu:56196 rno:498749 xla:100049743 xtr:549698 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.413

排名 1 · TkA07G029620 · TK1151

细胞核0.337

排名 2 · TkA07G029620 · TK1151

细胞质0.265

排名 3 · TkA07G029620 · TK1151

线粒体0.079

排名 4 · TkA07G029620 · TK1151

细胞膜0.045

排名 5 · TkA07G029620 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12898Stc139-91 aa

PF00641Zn_ribbon_RanBP44-67 aa

PF12773DZR47-105 aa

PF23667CUB_CDCP1_153-79 aa

PF00641Zn_ribbon_RanBP83-106 aa

PF23667CUB_CDCP1_197-121 aa

PF12898Stc1100-107 aa

PF03372Exo_endo_phos192-444 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G029620	`PF12898`	Stc1	39	91	0.0039	18.5
TkA07G029620	`PF00641`	Zn_ribbon_RanBP	44	67	0.024	14.6
TkA07G029620	`PF12773`	DZR	47	105	2.3	9.2
TkA07G029620	`PF23667`	CUB_CDCP1_1	53	79	2.0	9.0
TkA07G029620	`PF00641`	Zn_ribbon_RanBP	83	106	0.024	14.6
TkA07G029620	`PF23667`	CUB_CDCP1_1	97	121	2.0	9.0
TkA07G029620	`PF12898`	Stc1	100	107	0.0039	18.5
TkA07G029620	`PF03372`	Exo_endo_phos	192	444	1.2e-16	61.8
TkA07G029620	`PF23667`	CUB_CDCP1_1	293	310	2.0	9.0
TkA07G029620	`PF12898`	Stc1	318	331	0.0039	18.5
TkA07G029620	`PF03284`	PHZA_PHZB	376	432	0.21	11.7
TkA07G029620	`PF24986`	PRC_RimM	403	439	0.26	11.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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