RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G027280
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 7367881-7371436 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2298 bp · TkA07G027280|TK1151|cDNA

ATGGCCACATTCGGGGATATTGGGGTAGCGGCTGCAATTAATATCATTACGGCCTTCATTTTTCTAATAGCATTTGCTATCTTGCGCCTTCAACCTGTGAACGATAGAGTATACTTTCCAAAATGGTATATCAAGGGTTTAAGGACAAGCCCAACAGCCTCAGGGGCATTTGTGAGAAAGTTTGTTAATTTGGATTATCGGTCATACTTAAAGTTTCTTAATTGGGTCCCAGATGCACTAAGAATGCCTGAATCCGAGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2298 bp · TkA07G027280|TK1151|CDS

ATGGCCACATTCGGGGATATTGGGGTAGCGGCTGCAATTAATATCATTACGGCCTTCATTTTTCTAATAGCATTTGCTATCTTGCGCCTTCAACCTGTGAACGATAGAGTATACTTTCCAAAATGGTATATCAAGGGTTTAAGGACAAGCCCAACAGCCTCAGGGGCATTTGTGAGAAAGTTTGTTAATTTGGATTATCGGTCATACTTAAAGTTTCTTAATTGGGTCCCAGATGCACTAAGAATGCCTGAATCCGAGCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

765 aa · TkA07G027280|TK1151|PROTEIN

MATFGDIGVAAAINIITAFIFLIAFAILRLQPVNDRVYFPKWYIKGLRTSPTASGAFVRKFVNLDYRSYLKFLNWVPDALRMPESELIDHAGLDSAVYLRIYLLGLKIFVPIFLLTWAVLIPVNLTNDTLERSKETFSQIDKLSISNIPHGSPRFWAHVAMAYIVMIWTCFMLKREYETIANMRFYFLQSEKPRADQFTVLAKNVPRDANETISETVENFFLVNHHDNYLTHQVVCNANKLAKLVKKKLKQQNWLDYYQI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G027280
TK1151 IDTkA07G027280
OH-1004 IDLXL04_027038
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G027280
位置Chr07:7367881-7371436 (+)
描述Similar to CSC1: Calcium permeable stress-gated cation channel 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g22120 作为渗透敏感的钙渗透性阳离子通道。
OSCA/TMEM63 are an Evolutionarily Conserved Family of Mechanically Activated Ion Channels.2018 · DOI: 10.7554/elife.41844
Structure-guided mutagenesis of OSCAs reveals differential activation to mechanical stimuli.2024 · DOI: 10.7554/elife.93147
At4g04340 可能作为高渗透压门控的非选择性阳离子通道，允许 Ca²⁺ 通过。
OSCA1 mediates osmotic-stress-evoked Ca2+ increases vital for osmosensing in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1038/nature13593
OSCA/TMEM63 are an Evolutionarily Conserved Family of Mechanically Activated Ion Channels.2018 · DOI: 10.7554/elife.41844
At3g21620 作为一种渗透敏感的钙可通透阳离子通道。 暂无已核实直接文献
At1g11960 在植物气孔免疫中起关键作用的钙渗透通道。
The calcium-permeable channel OSCA1.3 regulates plant stomatal immunity.2020 · DOI: 10.1038/s41586-020-2702-1
At1g62320 作为一种渗透敏感的钙可通透阳离子通道。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027038 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006812 monoatomic cation transport 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0010118 stomatal movement 生物过程
GO:0045087 innate immune response 生物过程
GO:0051262 protein tetramerization 生物过程
GO:0071474 cellular hyperosmotic response 生物过程
GO:0090279 regulation of calcium ion import 生物过程
GO:0140426 pathogen-associated molecular pattern receptor signaling pathway 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0005227 calcium-activated cation channel activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G11960
ath:AT1G62320
ath:AT3G21620
ath:AT4G04340
ath:AT4G22120
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.850
排名 1 · TkA07G027280 · TK1151
细胞质0.123
排名 2 · TkA07G027280 · TK1151
内质网0.062
排名 3 · TkA07G027280 · TK1151
溶酶体／液泡0.033
排名 4 · TkA07G027280 · TK1151
高尔基体0.033
排名 5 · TkA07G027280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13967RSN1_TM7-176 aa
PF14703PHM7_cyt197-359 aa
PF23138CTLH_Armc9248-284 aa
PF27976RASSF_helical287-304 aa
PF02714RSN1_7TM370-642 aa
PF13967RSN1_TM372-389 aa
PF13967RSN1_TM589-615 aa
PF23138CTLH_Armc9705-716 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G027280PF13967RSN1_TM71761.3e-44152.3
TkA07G027280PF14703PHM7_cyt1973591.3e-45156.4
TkA07G027280PF23138CTLH_Armc92482840.09213.8
TkA07G027280PF27976RASSF_helical2873040.1912.0
TkA07G027280PF02714RSN1_7TM3706423.6e-86289.7
TkA07G027280PF13967RSN1_TM3723891.3e-44152.3
TkA07G027280PF13967RSN1_TM5896151.3e-44152.3
TkA07G027280PF23138CTLH_Armc97057160.09213.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q5XEZ5拟南芥sp|Q5XEZ5|OSC12_ARATH Hyperosmolality-gated Ca2+ permeable channel 1.270.800%Swiss-Prot高置信
Q9XEA1拟南芥sp|Q9XEA1|OSC11_ARATH Hyperosmolality-gated Ca2+ permeable channel 1.171.600%Swiss-Prot高置信
Q9LVE4拟南芥sp|Q9LVE4|OSC15_ARATH Hyperosmolality-gated Ca2+ permeable channel 1.569.000%Swiss-Prot高置信
B5TYT3拟南芥sp|B5TYT3|OSC13_ARATH Hyperosmolality-gated Ca2+ permeable channel 1.366.400%Swiss-Prot高置信
F4HYR3拟南芥sp|F4HYR3|OSC14_ARATH Hyperosmolality-gated Ca2+ permeable channel 1.469.300%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看