TkA07G023320 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G023320

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 6316794-6320887 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2223 bp · TkA07G023320|TK1151|cDNA

ATTTTACCAACAAGTCAACAACCGTGCCCTAACAGGTGTTTCCCAATTTGCTGCGTCTTTTCATCCCGAGTGTTGGTTTTATGTTGTCAGCCTTTACTCTCATCTCTTTCTGGTTCCATCTAAAGTTTTGATTTCCTTTTTACAATCGGAACGCGAACTGCACTGGATGAATCTTCAATTATCATCATGTACTTTGAGTGACACCCAGTTGCTCAATCCGCCCTCTTTCTTCCGTATTCTGATCTATTTTTGGGTGTTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1182 bp · TkA07G023320|TK1151|CDS

ATGTACGAAAATCAAAGGAAAAAAAAGATGGTGAAAGTGAGATGGTTTCATAAAAGTGAAGAACTTACCGACCTAATTTCAAATCCTCAACCCCATGAGCTTATAATCACATCCCATTTTCAAAATCTGAGTGCTGAATGTATTGATGGACTTGCCACCATTTTAACCCCTAAACATTACACCCAATGTTTGAATCTTGTTACACAAGATTTCTCAGATGGGATTTATATGTGTTCTAAACAACTCAAAAACGATCAAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

393 aa · TkA07G023320|TK1151|PROTEIN

MYENQRKKKMVKVRWFHKSEELTDLISNPQPHELIITSHFQNLSAECIDGLATILTPKHYTQCLNLVTQDFSDGIYMCSKQLKNDQVSSFPFCKLRGYNTQIIFSIINIPIDVNKNYQETSITKGKEEEEEEEEEEEDDDEDEEEEEEEEDDDDDDDDEEEEEEEEEEEEEEEGDEDLKDVVVISDNDEVEKKHTFYVGQDVEVLCHDSGLRGCWFRCKILKMLEKEIKVLHMDVKDAVGHEKLKEWVPMYKIAPLDKLG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G023320`
TK1151 ID	TkA07G023320
OH-1004 ID	LXL04_031027
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	35.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.621 / OH-1004 56.731 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA07G023320`
位置	Chr07:6316794-6320887 (+)
描述	Similar to DUF3: DUF724 domain-containing protein 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_031027` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006346 DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation 生物过程 GO:0009651 response to salt stress 生物过程 GO:0009934 regulation of meristem structural organization 生物过程 GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程 GO:0071555 cell wall organization 生物过程 GO:2000280 regulation of root development 生物过程 GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分 GO:0000775 chromosome, centromeric region 细胞组分 GO:0000792 heterochromatin 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0009506 plasmodesma 细胞组分 GO:0042393 histone binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G09320 ath:AT1G26540 ath:AT4G17330 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.925

排名 1 · TkA07G023320 · TK1151

细胞质0.132

排名 2 · TkA07G023320 · TK1151

细胞膜0.030

排名 3 · TkA07G023320 · TK1151

内质网0.023

排名 4 · TkA07G023320 · TK1151

质体0.012

排名 5 · TkA07G023320 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02862DDHD37-173 aa

PF13299CPSF100_C82-199 aa

PF12722Hid199-173 aa

PF13425O-antigen_lig102-193 aa

PF15749MRNIP110-167 aa

PF04546Sigma70_ner112-172 aa

PF04931DNA_pol_phi114-180 aa

PF07454SpoIIP114-184 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G023320	`PF02862`	DDHD	37	173	0.016	16.1
TkA07G023320	`PF13299`	CPSF100_C	82	199	0.017	16.0
TkA07G023320	`PF12722`	Hid1	99	173	0.52	9.2
TkA07G023320	`PF13425`	O-antigen_lig	102	193	2.2	7.9
TkA07G023320	`PF15749`	MRNIP	110	167	0.76	11.3
TkA07G023320	`PF04546`	Sigma70_ner	112	172	1.1	9.8
TkA07G023320	`PF04931`	DNA_pol_phi	114	180	0.094	11.6
TkA07G023320	`PF07454`	SpoIIP	114	184	3.9	7.7
TkA07G023320	`PF30130`	VID28_C	117	169	1.5	8.3
TkA07G023320	`PF21119`	RYDR_Jsol	117	183	2.0	7.9
TkA07G023320	`PF02535`	Zip	119	179	1.2	9.0
TkA07G023320	`PF03666`	NPR3	119	173	2.6	7.5
TkA07G023320	`PF09073`	BUD22	120	191	0.00055	20.1
TkA07G023320	`PF04147`	Nop14	122	194	1.8	7.5
TkA07G023320	`PF04006`	Mpp10	123	176	0.00061	19.4
TkA07G023320	`PF01496`	V_ATPase_I	123	183	5.7	5.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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