RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G021030
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 5705174-5713201 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2482 bp · TkA07G021030|TK1151|cDNA

AAAATAGCTTGAGATAGTTATGATAGTAAGCTAATAGCTAAGCTAAAAACCACTTCCCAAAGTTGCAGGATGAATTTGCCTCTAAAAAAGGCGCGCACCACAACCCAATAGTTCGCCGGCGTAAGTGAAATCTGCATATGAATCTTGGTGCCATATTAATCAGGTGGAGGTGCTCCCTATCTGGCTATCTGTTCCTCTTTTCTCGTCACCGGCGCCGCACCTTTTGCTCCCAGCGACACTCCTACGAATCACGCCCTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1392 bp · TkA07G021030|TK1151|CDS

ATGAATCTTGGTGCCATATTAATCAGGTGGAGGTGCTCCCTATCTGGCTATCTGTTCCTCTTTTCTCGTCACCGGCGCCGCACCTTTTGCTCCCAGCGACACTCCTACGAATCACGCCCTTCATTTCGTTCACTTTCACTGCAAAATCCATACGTTCATTATTACAACCCCAAAGCCTTTGCTGATACTTTATACAATTGCAATATCAGATTAACCAAGTTAGGTCGGTTTGGGAGAGTCCATGACGCTCGGAAACTGTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

463 aa · TkA07G021030|TK1151|PROTEIN

MNLGAILIRWRCSLSGYLFLFSRHRRRTFCSQRHSYESRPSFRSLSLQNPYVHYYNPKAFADTLYNCNIRLTKLGRFGRVHDARKLFDEMPQRDIVSYVSMITVYIKNNDLFKAEALFYAIPERSIVADSAMIDAYAKAGRMDDACRLFDQMPRRNVYSWTSLISGYFRNGLVDEGQKLFDEMPGKNVVSWTSVILGYAHNGLIDQARAIFNQTPDKNVVVWTAMIKAYIDNFQTDEALNLFTSMPQRNLYSWNIMIQGC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G021030
TK1151 IDTkA07G021030
OH-1004 IDLXL04_006317
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)48.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 7.991 / OH-1004 40.217
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G021030
位置Chr07:5705174-5713201 (+)
描述Similar to PCMP-H82: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g62890
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g01060 Myb家族转录因子PHL7。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: A2XYN9 转录因子结合靶基因启动子上的特定 DNA 序列，例如 R1BS 基序 5'-NAKATNCN-3' 和 P1BS 基序 5'-GNATATNC-3' 以触发其表达（通过相似性）。 暂无已核实直接文献
Os04g0665600 转录因子，可结合目标基因启动子的特定DNA序列，如R1BS基序5'-NAKATNCN-3'和P1BS基序5'-GNATATNC-3'以触发其表达。
An SPX-RLI1 Module Regulates Leaf Inclination in Response to Phosphate Availability in Rice.2018 · DOI: 10.1105/tpc.17.00738
Modulation of nitrate-induced phosphate response by the MYB transcription factor RLI1/HINGE1 in the nucleus.2021 · DOI: 10.1016/j.molp.2020.12.005
UniProt: A2X0Q0 参与磷缺乏信号传导的转录因子。 暂无已核实直接文献
Os02g0139000 参与磷缺乏信号传导的转录因子。
Integrative Comparison of the Role of the PHOSPHATE RESPONSE1 Subfamily in Phosphate Signaling and Homeostasis in Rice.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.00736
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006317 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G05750
ath:AT1G31430
ath:AT3G05240
ath:AT3G62890
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.475
排名 1 · TkA07G021030 · TK1151
质体0.321
排名 2 · TkA07G021030 · TK1151
细胞核0.094
排名 3 · TkA07G021030 · TK1151
细胞质0.067
排名 4 · TkA07G021030 · TK1151
过氧化物酶体0.012
排名 5 · TkA07G021030 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_267-94 aa
PF01535PPR69-94 aa
PF12854PPR_176-90 aa
PF13428TPR_1476-90 aa
PF07719TPR_278-89 aa
PF24603TPR_3079-119 aa
PF23276TPR_2482-118 aa
PF22330Rib_mS39_PPR82-106 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G021030PF13041PPR_267944.7e-59197.0
TkA07G021030PF01535PPR69945.5e-71230.7
TkA07G021030PF12854PPR_176902.1e-47159.3
TkA07G021030PF13428TPR_1476906.1e-0627.1
TkA07G021030PF07719TPR_278893.38.8
TkA07G021030PF24603TPR_30791190.002518.9
TkA07G021030PF23276TPR_24821181.9e-0628.5
TkA07G021030PF22330Rib_mS39_PPR821062.4e-0628.2
TkA07G021030PF14559TPR_19831233.2e-0628.1
TkA07G021030PF11723Aromatic_hydrox871380.2211.8
TkA07G021030PF13812PPR_3921181.5e-0938.5
TkA07G021030PF13041PPR_2931294.7e-59197.0
TkA07G021030PF12854PPR_1931182.1e-47159.3
TkA07G021030PF24603TPR_30941790.002518.9
TkA07G021030PF01535PPR961245.5e-71230.7
TkA07G021030PF29070MSC6_N971170.3910.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SJW0拟南芥sp|Q9SJW0|PHL7_ARATH Myb family transcription factor PHL764.000%Swiss-Prot高置信
A2XYN9水稻sp|A2XYN9|RLI1_ORYSI Myb family transcription factor RLI159.400%Swiss-Prot中等置信
Q0J995水稻sp|Q0J995|RLI1_ORYSJ Myb family transcription factor RLI159.400%Swiss-Prot中等置信
A2X0Q0水稻sp|A2X0Q0|PHR3_ORYSI Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 364.000%Swiss-Prot低置信
Q6YXZ4水稻sp|Q6YXZ4|PHR3_ORYSJ Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 364.000%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看