TkA07G018570 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G018570

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 4988502-4997211 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1249 bp · TkA07G018570|TK1151|cDNA

ACACCTGGATTTTTTTGTAAATTTAGTGACCTTCCAAATATTGCAAAAGTAGGTGAAGGTACGTATGGGGAGGTTTTTATTGCTGGTGAAACGGTTTGCAAAGTTGTTCCATTTAATGGTGATTCTTTAGTAAATGGAGAAATTCAAAAGAAAGCTGAAGAATTGCTTAAGGAGGTTACACTTTCATTAACCCTGAATCAATTAAGGGGACATGATAATCATGTTCATAATGTTTGTCCCACATTCATACATACATCAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

3528 bp · TkA07G018570|TK1151|CDS

ATGGGTCAAGAAGATGGTCATATACTGCATATCACAGAATACATGGTGGCGGGAGAAGAAATTATAGACAACAAACTCCCACAATACAAAAGAAACAATTTATCGGCATGCCTGAACATTCCTAGCCGTAAGAGAGGCATGGGATATGAAGAACTGGTGAAATTCATTCTAGGACACCCTCTGTCTACTGCGTTCACTGAAGGTACATATGTCATCCCTCAAGTTGTGTTAGAATTTTGGTACACCTGTAGAGTAGAGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1175 aa · TkA07G018570|TK1151|PROTEIN

MGQEDGHILHITEYMVAGEEIIDNKLPQYKRNNLSACLNIPSRKRGMGYEELVKFILGHPLSTAFTEGTYVIPQVVLEFWYTCRVEGSAGDIIIGTVNDGENTVRITPDNLRKILRLPIIPKYDLEVSKSQARSVLLEIGYPTAVGVIEKSQFTTKWGFLVSTIVRSLGTKIGSLGSVNEVEMQLLYALVKGRNLDFAQVFFNELKNHVCKKPRDPAAPYSRFVSMCIQDSIGDLYDSLAEMFETVDTPKLDYKMFNGNI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G018570`
TK1151 ID	TkA07G018570
OH-1004 ID	LXL04_003241
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	70.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 60.340 / OH-1004 85.506 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G018570

位置 Chr07:4988502-4997211 (+)

描述 Similar to JMJ25: Lysine-specific demethylase JMJ25

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g09450`	苏氨酸蛋白激酶，可在体外磷酸化组蛋白 H3 的“Thr-3” 和“Thr-11”，但不在“Ser-10” 或“Ser-28” 处。	Identification and characterization of plant Haspin kinase as a histone H3 threonine kinase.2011 · DOI: 10.1186/1471-2229-11-73 AtHaspin phosphorylates histone H3 at threonine 3 during mitosis and contributes to embryonic patterning in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04699.x
`At1g62310`	可能作为组蛋白H3赖氨酸去甲基化酶，参与基因表达调控。	暂无已核实直接文献
`At1g11950`	可能作为组蛋白H3赖氨酸去甲基化酶，参与基因表达调控。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003241 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010440 stomatal lineage progression 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0031507 heterochromatin formation 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G09060

ath:AT1G11950

ath:AT1G62310

ath:AT3G07610

ath:AT4G00990

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.759

排名 1 · TkA07G018570 · TK1151

细胞质0.312

排名 2 · TkA07G018570 · TK1151

线粒体0.041

排名 3 · TkA07G018570 · TK1151

细胞膜0.039

排名 4 · TkA07G018570 · TK1151

内质网0.024

排名 5 · TkA07G018570 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20167Retrotransp-rel71-221 aa

PF11123DNA_Packaging_2406-457 aa

PF10497zf-4CXXC_R1532-596 aa

PF10497zf-4CXXC_R1647-676 aa

PF12330Haspin_kinase826-1153 aa

PF02597ThiS895-967 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G018570	`PF20167`	Retrotransp-rel	71	221	0.0047	17.6
TkA07G018570	`PF11123`	DNA_Packaging_2	406	457	0.23	12.3
TkA07G018570	`PF10497`	zf-4CXXC_R1	532	596	0.0028	18.5
TkA07G018570	`PF10497`	zf-4CXXC_R1	647	676	0.0028	18.5
TkA07G018570	`PF12330`	Haspin_kinase	826	1153	2.2e-45	156.0
TkA07G018570	`PF02597`	ThiS	895	967	0.17	13.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80528`	拟南芥	sp\|O80528\|HASP_ARATH Serine/threonine-protein kinase haspin homolog	50.200%	Swiss-Prot	低置信
`C0SV12`	拟南芥	sp\|C0SV12\|JMJ29_ARATH Lysine-specific demethylase JMJ29	37.900%	Swiss-Prot	低置信
`C0SUU8`	拟南芥	sp\|C0SUU8\|JMJ26_ARATH Lysine-specific demethylase JMJ26	39.200%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情