TkA07G016760 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G016760

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 4551531-4553703 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1203 bp · TkA07G016760|TK1151|cDNA

ATGGATTTCCACCAGTTGTCACATAAACTCTCTTCCTGGACAGCTCAGACTCTTTCTTTCGGGGGCCGCCTTACTTTGATTAAATCCGTGTTGGGAAACCTTCCCAACTACTATCTCTCCTTGTTTAGAGCCCCACGTGGAGTCATTGAAAAACTCGAGATGATTCGAAGGCGGTTTCTGTGGGGTGGTGATAGGGACATTAAGAAAATTCATTGGGTCGCGTGGGAGAAGGTGGTGGCTTCTAAAAAGGAGGGGGGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1203 bp · TkA07G016760|TK1151|CDS

ATGGATTTCCACCAGTTGTCACATAAACTCTCTTCCTGGACAGCTCAGACTCTTTCTTTCGGGGGCCGCCTTACTTTGATTAAATCCGTGTTGGGAAACCTTCCCAACTACTATCTCTCCTTGTTTAGAGCCCCACGTGGAGTCATTGAAAAACTCGAGATGATTCGAAGGCGGTTTCTGTGGGGTGGTGATAGGGACATTAAGAAAATTCATTGGGTCGCGTGGGAGAAGGTGGTGGCTTCTAAAAAGGAGGGGGGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

400 aa · TkA07G016760|TK1151|PROTEIN

MDFHQLSHKLSSWTAQTLSFGGRLTLIKSVLGNLPNYYLSLFRAPRGVIEKLEMIRRRFLWGGDRDIKKIHWVAWEKVVASKKEGGLGVGSIHALNVGLLVKWWWRIKTQPNAIWSKVITGLHKLESKPPDYLTNKSIPGSKATIKEFPGLPINGDRRFTVAGLRSVIDRCCNADPPQTVAVNWNKVVPINVICFVWRAALGRISSTEALQKRGVAGLILKLLTTSWLAVLSLSWCGAGCYKALFNRLSYALTRLPRLPQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G016760`
TK1151 ID	TkA07G016760
OH-1004 ID	LXL04_037214
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	58.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 50.000 / OH-1004 12.171 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G016760

位置 Chr07:4551531-4553703 (+)

描述 Similar to At1g65750: Putative ribonuclease H protein At1g65750

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g13630`	多功能蛋白，参与叶绿素合成、质体到细胞核的逆行信号传导和脱落酸感知。	Arabidopsis genomes uncoupled 5 (GUN5) mutant reveals the involvement of Mg-chelatase H subunit in plastid-to-nucleus signal transduction.2001 · DOI: 10.1073/pnas.98.4.2053 The Mg-chelatase H subunit is an abscisic acid receptor.2006 · DOI: 10.1038/nature05176 The magnesium-chelatase H subunit binds abscisic acid and functions in abscisic acid signaling: new evidence in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.140731 The Mg-chelatase H subunit of Arabidopsis antagonizes a group of WRKY transcription repressors to relieve ABA-responsive genes of inhibition.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.073874 Mg-chelatase H subunit affects ABA signaling in stomatal guard cells, but is not an ABA receptor in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1007/s10265-011-0426-x Roles of the different components of magnesium chelatase in abscisic acid signal transduction.2012 · DOI: 10.1007/s11103-012-9965-3

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: B8ANF1`	参与叶绿素生物合成。	暂无已核实直接文献
`Os03g0323200`	参与叶绿素生物合成。	C-terminal residues of oryza sativa GUN4 are required for the activation of the ChlH subunit of magnesium chelatase in chlorophyll synthesis.2012 · DOI: 10.1016/j.febslet.2011.12.026

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037214 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0004523 RNA-DNA hybrid ribonuclease activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.760

排名 1 · TkA07G016760 · TK1151

线粒体0.130

排名 2 · TkA07G016760 · TK1151

细胞核0.077

排名 3 · TkA07G016760 · TK1151

细胞质0.051

排名 4 · TkA07G016760 · TK1151

细胞膜0.041

排名 5 · TkA07G016760 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13966zf-RVT180-216 aa

PF11965DUF3479290-361 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G016760	`PF13966`	zf-RVT	180	216	0.0013	20.1
TkA07G016760	`PF11965`	DUF3479	290	361	1.3e-14	55.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNB0`	拟南芥	sp\|Q9FNB0\|CHLH_ARATH Magnesium-chelatase subunit ChlH, chloroplastic	58.000%	Swiss-Prot	低置信
`B8ANF1`	水稻	sp\|B8ANF1\|CHLH_ORYSI Magnesium-chelatase subunit ChlH, chloroplastic	54.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q10M50`	水稻	sp\|Q10M50\|CHLH_ORYSJ Magnesium-chelatase subunit ChlH, chloroplastic	54.300%	Swiss-Prot	低置信

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