TkA07G012380 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G012380

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 3378997-3382828 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1541 bp · TkA07G012380|TK1151|cDNA

TTACAACAATAAATACTATAATATTTTAAGCAAACAGTATTAAAATATGAATAGCAAGACAAGGAGAGTAGTAAAGACATTCAATTTCTACCTGCCCTCCTGTGAGACCTTTCGTTACCAAAAGAACAACAAGAATTGAAGTCAAGAACAGCCATCACTCATCAGCCATGGCAACTTCCTTAAAGGTGGCGGTCATCGGCGCCGGTGTTTCCGGACTAGTCGCCGCCCGTGAGCTTCAACGAGAATCCCACCAAGTCATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1254 bp · TkA07G012380|TK1151|CDS

ATGGCAACTTCCTTAAAGGTGGCGGTCATCGGCGCCGGTGTTTCCGGACTAGTCGCCGCCCGTGAGCTTCAACGAGAATCCCACCAAGTCATCGTATTTGAAATATCCCACCAAATCGGCGGAACATGGGTCTACGATCCACGATTCGAGTCGGATCTCTTGGGACTTGACCCAAACCGACAAATCATCCATGGATCTCTTTACAAATCCTTGAGAACGAACCTTCCACGTCAGCTCATGAGCTTCACTGATTTCGATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

417 aa · TkA07G012380|TK1151|PROTEIN

MATSLKVAVIGAGVSGLVAARELQRESHQVIVFEISHQIGGTWVYDPRFESDLLGLDPNRQIIHGSLYKSLRTNLPRQLMSFTDFDFSEKRYGDERLFPGHEEVLRFLEDFAGCFELTELIRFNTTVTRVEVVDSEVVEFEVESVANGRSTVEVFDAVVICTGHNSEPRPATDIPGIQNWSKKQMHSHNYRVPGPFQDQTVVIIGNGPSALDLSRDIATVAKEVHMSSRSPNVKVAKLEKFSNIWQHAKIDYINKDGTIM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G012380`
TK1151 ID	TkA07G012380
OH-1004 ID	LXL04_026864
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 92.053 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G012380

位置 Chr07:3378997-3382828 (-)

描述 Similar to FMOGS-OX5: Flavin-containing monooxygenase FMO GS-OX5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g12140`	催化甲硫基烷基葡萄糖硫苷转化为甲磺酰烷基葡萄糖硫苷。	暂无已核实直接文献
`At1g62570`	催化任意链长的甲硫基烷基硫代葡萄糖苷转化为甲亚磺酰基烷基硫代葡萄糖苷。	暂无已核实直接文献
`At1g62560`	催化任意链长的甲硫基烷基硫代葡萄糖苷转化为甲亚磺酰基烷基硫代葡萄糖苷。	暂无已核实直接文献
`At1g62540`	催化任意链长的甲硫基烷基硫代葡萄糖苷转化为甲亚磺酰基烷基硫代葡萄糖苷。	暂无已核实直接文献
`At1g12200`	催化任意链长的甲硫基烷基硫代葡萄糖苷转化为甲亚磺酰基烷基硫代葡萄糖苷。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026864 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0019761 glucosinolate biosynthetic process 生物过程

GO:0033506 glucosinolate biosynthetic process from homomethionine 生物过程

GO:0046620 regulation of organ growth 生物过程

GO:0046885 regulation of hormone biosynthetic process 生物过程

GO:0048444 floral organ morphogenesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004497 monooxygenase activity 分子功能

GO:0004499 N,N-dimethylaniline monooxygenase activity 分子功能

GO:0050660 flavin adenine dinucleotide binding 分子功能

GO:0050661 NADP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12140

ath:AT1G62560

ath:AT1G62620

ath:AT1G63370

ath:AT1G65860

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.778

排名 1 · TkA07G012380 · TK1151

细胞核0.384

排名 2 · TkA07G012380 · TK1151

线粒体0.050

排名 3 · TkA07G012380 · TK1151

过氧化物酶体0.040

排名 4 · TkA07G012380 · TK1151

内质网0.037

排名 5 · TkA07G012380 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13434Lys_Orn_oxgnase4-30 aa

PF01488Shikimate_DH4-32 aa

PF13241NAD_binding_75-35 aa

PF01494FAD_binding_35-33 aa

PF00743FMO-like6-232 aa

PF07992Pyr_redox_26-289 aa

PF01266DAO6-42 aa

PF00070Pyr_redox6-40 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G012380	`PF13434`	Lys_Orn_oxgnase	4	30	1.1e-07	32.0
TkA07G012380	`PF01488`	Shikimate_DH	4	32	0.0075	17.1
TkA07G012380	`PF13241`	NAD_binding_7	5	35	0.011	17.0
TkA07G012380	`PF01494`	FAD_binding_3	5	33	0.041	13.8
TkA07G012380	`PF00743`	FMO-like	6	232	1e-53	183.4
TkA07G012380	`PF07992`	Pyr_redox_2	6	289	3.1e-19	70.2
TkA07G012380	`PF01266`	DAO	6	42	3.6e-09	37.3
TkA07G012380	`PF00070`	Pyr_redox	6	40	2e-08	35.3
TkA07G012380	`PF03486`	HI0933_like	6	40	3e-07	30.9
TkA07G012380	`PF01946`	Thi4	6	43	2.3e-06	27.7
TkA07G012380	`PF01262`	AlaDh_PNT_C	6	37	0.014	15.6
TkA07G012380	`PF01134`	GIDA	6	40	0.028	14.2
TkA07G012380	`PF03446`	NAD_binding_2	6	37	0.31	11.8
TkA07G012380	`PF00890`	FAD_binding_2	7	44	4.2e-05	23.6
TkA07G012380	`PF12831`	FAD_oxidored	7	152	0.00015	21.9
TkA07G012380	`PF05834`	Lycopene_cycl	7	39	0.041	13.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A8MRX0`	拟南芥	sp\|A8MRX0\|GSOX5_ARATH Flavin-containing monooxygenase FMO GS-OX5	52.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q93Y23`	拟南芥	sp\|Q93Y23\|GSOX4_ARATH Flavin-containing monooxygenase FMO GS-OX4	49.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SXE1`	拟南芥	sp\|Q9SXE1\|GSOX3_ARATH Flavin-containing monooxygenase FMO GS-OX3	49.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q94K43`	拟南芥	sp\|Q94K43\|GSOX2_ARATH Flavin-containing monooxygenase FMO GS-OX2	48.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FWW9`	拟南芥	sp\|Q9FWW9\|GSXL2_ARATH Flavin-containing monooxygenase FMO GS-OX-like 2	52.200%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情