TkA07G006590 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G006590

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 1838261-1841750 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2129 bp · TkA07G006590|TK1151|cDNA

GGAAAGCTTACTTAACCATTGCCTATATAACGAAAACGCAGCCCACAAAATTCAAATCCTCGTATCGATTATCACCTTCAATACATCATATACTTCCCACATCAGAACCCTAATCGATAAATCATAAAGCTTTCGTCTTTCGATTCAGCAATTTTGGGACGCGATCAATCAACAGGTTTGCTAGTTTACTGCGACTACGATCAATATTCTTCTAGATATCTGTTACCGTATGAAAGTTTTCCGTTGTAATATATATGTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1338 bp · TkA07G006590|TK1151|CDS

ATGTGTATTTTATTTAGTATGATCACGAAAACAGCTAGAAGCTTCTCGGTGAAGAAAGACACGTCGGTTTTCAAGAGGCTTGGAAACAGAAATCAAGAAAACATCGCAAGAAGTCATCATCAATCAAAAAGTCAAAATCTGGTCTGCAAGTATTGGCGGGAAGGAAGGTGCACGAGAAACCCATGCAAATTCAAGCACCCGGATGAAGAAAACTGTAAACCAAAAAATGTCTGGAAGAATCCAGACGCTTTTAAGTCACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

445 aa · TkA07G006590|TK1151|PROTEIN

MCILFSMITKTARSFSVKKDTSVFKRLGNRNQENIARSHHQSKSQNLVCKYWREGRCTRNPCKFKHPDEENCKPKNVWKNPDAFKSRHSPPIEKTQAKVVKNKENNFNLNQNVENTQKKSLTNEVKNSESKNIQNKNIKNLHLGSCGDEISMVTCLEGQTKGITGIALPAGSNKLFCGSKDKSLRVWDCNSGQCGGVVDFDDECGTLVNESQWIFVGLRNMIKGWNLNTQDEVIIRGSGGQVNAITMFEDILFAGMEDGT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G006590`
TK1151 ID	TkA07G006590
OH-1004 ID	LXL04_026771
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.652 / OH-1004 91.079 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G006590

位置 Chr07:1838261-1841750 (-)

描述 Similar to Os02g0677700: Zinc finger CCCH domain-containing protein 17

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g25440`	含锌指 CCCH 结构域蛋白 48。	暂无已核实直接文献
`At5g49200`	含锌指 CCCH 域蛋白 62。	暂无已核实直接文献
`At5g40880`	含锌指CCCH结构域蛋白59。	暂无已核实直接文献
`At5g51980`	含锌指CCCH结构域蛋白63。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0677700`	含锌指CCCH结构域蛋白17。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026771 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G25440

ath:AT5G40880

ath:AT5G49200

ath:AT5G51980

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.479

排名 1 · TkA07G006590 · TK1151

细胞核0.475

排名 2 · TkA07G006590 · TK1151

细胞膜0.074

排名 3 · TkA07G006590 · TK1151

线粒体0.052

排名 4 · TkA07G006590 · TK1151

内质网0.048

排名 5 · TkA07G006590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24807WD40_CDC20-Fz9-51 aa

PF15663zf-CCCH_343-104 aa

PF00642zf-CCCH48-67 aa

PF18044zf-CCCH_448-67 aa

PF14608zf-CCCH_249-67 aa

PF18345zf_CCCH_449-59 aa

PF24017Beta-prop_SCAP51-135 aa

PF22628zf-CCCH_1054-69 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G006590	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	9	51	5.9e-16	59.3
TkA07G006590	`PF15663`	zf-CCCH_3	43	104	0.00029	21.7
TkA07G006590	`PF00642`	zf-CCCH	48	67	0.017	15.7
TkA07G006590	`PF18044`	zf-CCCH_4	48	67	0.45	11.1
TkA07G006590	`PF14608`	zf-CCCH_2	49	67	0.0031	18.7
TkA07G006590	`PF18345`	zf_CCCH_4	49	59	0.13	13.1
TkA07G006590	`PF24017`	Beta-prop_SCAP	51	135	4.9e-06	26.4
TkA07G006590	`PF22628`	zf-CCCH_10	54	69	0.02	15.1
TkA07G006590	`PF30361`	TRM82_WD	74	154	1.1	8.7
TkA07G006590	`PF30151`	PAC11	90	139	0.088	12.3
TkA07G006590	`PF19056`	WD40_2	108	138	0.065	12.6
TkA07G006590	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	128	193	2e-14	54.1
TkA07G006590	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	147	189	1e-20	74.9
TkA07G006590	`PF23754`	Beta-prop_IP5PC_F	148	190	7e-08	32.5
TkA07G006590	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	149	194	4.3e-25	89.3
TkA07G006590	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	149	199	4.9e-20	72.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNZ2`	拟南芥	sp\|Q9FNZ2\|C3H48_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 48	40.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FE91`	拟南芥	sp\|Q9FE91\|C3H62_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 62	48.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FKR9`	拟南芥	sp\|Q9FKR9\|C3H59_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 59	46.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FNZ1`	拟南芥	sp\|Q9FNZ1\|C3H63_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 63	39.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0DYP5`	水稻	sp\|Q0DYP5\|C3H17_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 17	41.600%	Swiss-Prot	中等置信

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