TkA07G006000 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G006000

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 1678544-1683084 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2078 bp · TkA07G006000|TK1151|cDNA

CTCACCACACCAAACAACCATAGAAGCCATTACAACCATATATTATAAATTGTACATCATGCATTAAATATTGTACATTTGTCTGGATTTTGATTTTTACTTATATTTTCTCTGAACAGTTGTTTCATAAAGTGTGAATCTTGGAGCTTGCGTCTGCCATTACAGAGGAATTCGAAGCAGAAGAAGACGAAAGAAGCAATTTTTTTCGAATTTTGAATGCGATTGTTCATTCCGTGCTTGCTTCACTCACTTTTATCCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1653 bp · TkA07G006000|TK1151|CDS

ATGGGTGACCTCCGATTAGCAGAAGAGTGGCTTTCACGTGCTAAAGATCTTGTTCCGGTGGCTTTACAAAAGGCGCGAGAAGTTAAAGAATTTCCAGGAAGATGGAAAATGATTATATCTCGATTAGAGCAAATCCCATCTCGTTTATCAGATTTATCAAGCCACCCCTGTTTCTCGAAGAACACGTTATGCAACGAGCAATTAGAATCAATTTCCAAGACTTTAAACGAATCAATCGAGTTAGCAGAAACATGTTCGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

550 aa · TkA07G006000|TK1151|PROTEIN

MGDLRLAEEWLSRAKDLVPVALQKAREVKEFPGRWKMIISRLEQIPSRLSDLSSHPCFSKNTLCNEQLESISKTLNESIELAETCSKGKFDGKLQMQSDLDSLSGKLDLNLRDCGLLIKTGVLGEVTMGSDLEGTSHRSTENNIRELLARLQIGHLEAKHKALDTLVDVMKEDEKTVLSFVGRTNIGALVQLLTATSPRIREKTVTLICSLAESGGCESWLVSEGVLPPLIRLLESGSSIGREKSVIALQRLSMSEETAR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G006000`
TK1151 ID	TkA07G006000
OH-1004 ID	LXL04_026755
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA07G006000`
位置	Chr07:1678544-1683084 (-)
描述	Similar to PUB3: U-box domain-containing protein 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_026755` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0034614 cellular response to reactive oxygen species 生物过程 GO:0048364 root development 生物过程 GO:0048658 anther wall tapetum development 生物过程 GO:1904821 chloroplast disassembly 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT2G23140 ath:AT3G54790 ath:AT5G42340 ath:AT5G67340 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.506

排名 1 · TkA07G006000 · TK1151

细胞核0.367

排名 2 · TkA07G006000 · TK1151

细胞膜0.218

排名 3 · TkA07G006000 · TK1151

内质网0.051

排名 4 · TkA07G006000 · TK1151

高尔基体0.041

排名 5 · TkA07G006000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23005DUF703213-122 aa

PF28415SIL1_FES1_HPBP1_C70-104 aa

PF25598ARM_PUB130-268 aa

PF20168PDS5135-197 aa

PF24436INTS7_N138-212 aa

PF23628ARM_LIN_C140-211 aa

PF14664RICTOR_N141-171 aa

PF24768ARM_ARMC5144-243 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G006000	`PF23005`	DUF7032	13	122	1.8e-38	131.6
TkA07G006000	`PF28415`	SIL1_FES1_HPBP1_C	70	104	0.013	15.7
TkA07G006000	`PF25598`	ARM_PUB	130	268	3e-13	50.6
TkA07G006000	`PF20168`	PDS5	135	197	0.12	10.9
TkA07G006000	`PF24436`	INTS7_N	138	212	0.095	12.5
TkA07G006000	`PF23628`	ARM_LIN_C	140	211	0.05	13.3
TkA07G006000	`PF14664`	RICTOR_N	141	171	0.08	12.6
TkA07G006000	`PF24768`	ARM_ARMC5	144	243	1.6e-22	81.0
TkA07G006000	`PF25151`	TPR_Trm732_C	144	166	0.062	13.9
TkA07G006000	`PF01365`	RYDR_ITPR	148	213	0.06	13.6
TkA07G006000	`PF21047`	HEAT_Maestro	151	214	0.017	15.7
TkA07G006000	`PF11698`	V-ATPase_H_C	157	200	0.09	13.6
TkA07G006000	`PF21050`	ARMC9_ARM	158	203	0.0048	17.6
TkA07G006000	`PF13646`	HEAT_2	159	176	9.8e-10	39.3
TkA07G006000	`PF00514`	Arm	160	176	3.6e-27	94.2
TkA07G006000	`PF11841`	ELMO_ARM	161	211	0.13	12.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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