TkA06G480100 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G480100

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 118974734-118978938 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2418 bp · TkA06G480100|TK1151|cDNA

CTACCACTCACTGTCTCTCTCAGAAATTTTTGCTGCTTGAATTGCAAAACCACCGGCACAATGAAGAACGTCGATTTTAGCCGGGACAAAGATCTGGCGAAGGATTTTCTTCAAAACTTCGCTGATGCAGAGGGCGAAGCGAAGTATATTAGCATCCTTCAAGATGTCGCCAATAGAAAAGTCAAAGCAATCGAAATTGACCTTGGAGACCTTTTTGATTACAAGGATTTGGACGAGGAGTTTGTGGGACGAGTTACCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2157 bp · TkA06G480100|TK1151|CDS

ATGAAGAACGTCGATTTTAGCCGGGACAAAGATCTGGCGAAGGATTTTCTTCAAAACTTCGCTGATGCAGAGGGCGAAGCGAAGTATATTAGCATCCTTCAAGATGTCGCCAATAGAAAAGTCAAAGCAATCGAAATTGACCTTGGAGACCTTTTTGATTACAAGGATTTGGACGAGGAGTTTGTGGGACGAGTTACCGAGAACAGCCGGAGATATGTTGGAGTTTTTGCCGATGCCATTGATGAGTTGATCCCTGAGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

718 aa · TkA06G480100|TK1151|PROTEIN

MKNVDFSRDKDLAKDFLQNFADAEGEAKYISILQDVANRKVKAIEIDLGDLFDYKDLDEEFVGRVTENSRRYVGVFADAIDELIPEPTEAFQDDDLDILMTQRAEEGNDNADGTDPRQKMPPEIRRFYEVYIKASSKDQPFTIREVRASHIGQLVKISGIVTRCTDVKPLMKVAVYTCEECGFEIYQEVTARVFMPLFECPSKRCNVNRAKGSLILQLRASKFWKFQEAKLQELTEHVPKGHIPRTMTVHFRGELTRKVS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G480100`
TK1151 ID	TkA06G480100
OH-1004 ID	LXL04_018944
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	93.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.772 / OH-1004 52.138 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G480100

位置 Chr06:118974734-118978938 (-)

描述 Similar to MCM7: DNA replication licensing factor MCM7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02060`	推测是MCM2-7复合物（MCM复合物）的组成部分，可能作为DNA解旋酶功能，对真核细胞每个细胞周期进行一次复制起始和延伸是必需的（通过相似性）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: B8BMI1`	MCM2-7 复合物（MCM 复合物）的可能组成部分，可充当 DNA 解旋酶，对于真核细胞中每个细胞周期进行单轮复制起始和延伸至关重要。	暂无已核实直接文献
`Os12g0560700`	MCM2-7 复合物（MCM 复合物）的可能组成部分，可充当 DNA 解旋酶，对于真核细胞中每个细胞周期进行单轮复制起始和延伸至关重要。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018944 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000727 double-strand break repair via break-induced replication 生物过程

GO:0006270 DNA replication initiation 生物过程

GO:0006271 DNA strand elongation involved in DNA replication 生物过程

GO:0006279 premeiotic DNA replication 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程

GO:0030174 regulation of DNA-templated DNA replication initiation 生物过程

GO:0044786 cell cycle DNA replication 生物过程

GO:0090329 regulation of DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:1902975 mitotic DNA replication initiation 生物过程

GO:0000347 THO complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G02060

dosa:Os12g0560700

spo:2540630

xtr:407945

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.788

排名 1 · TkA06G480100 · TK1151

细胞质0.252

排名 2 · TkA06G480100 · TK1151

质体0.029

排名 3 · TkA06G480100 · TK1151

细胞膜0.023

排名 4 · TkA06G480100 · TK1151

线粒体0.020

排名 5 · TkA06G480100 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14551MCM_N13-98 aa

PF00004AAA36-106 aa

PF17207MCM_OB143-274 aa

PF00493MCM314-536 aa

PF05272VapE-like_dom332-390 aa

PF10236DAP3360-393 aa

PF01078Mg_chelatase366-395 aa

PF07728AAA_5371-487 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G480100	`PF14551`	MCM_N	13	98	7.5e-10	39.8
TkA06G480100	`PF00004`	AAA	36	106	0.35	12.1
TkA06G480100	`PF17207`	MCM_OB	143	274	5e-35	120.7
TkA06G480100	`PF00493`	MCM	314	536	9.5e-104	346.1
TkA06G480100	`PF05272`	VapE-like_dom	332	390	0.12	12.6
TkA06G480100	`PF10236`	DAP3	360	393	0.21	11.5
TkA06G480100	`PF01078`	Mg_chelatase	366	395	9.1e-07	29.2
TkA06G480100	`PF07728`	AAA_5	371	487	0.00055	20.7
TkA06G480100	`PF07726`	AAA_3	371	486	0.00089	19.9
TkA06G480100	`PF00004`	AAA	372	484	0.35	12.1
TkA06G480100	`PF01078`	Mg_chelatase	425	486	9.1e-07	29.2
TkA06G480100	`PF05272`	VapE-like_dom	436	463	0.12	12.6
TkA06G480100	`PF13335`	Mg_chelatase_C	438	463	0.2	13.0
TkA06G480100	`PF13335`	Mg_chelatase_C	471	508	0.2	13.0
TkA06G480100	`PF17855`	MCM_lid	553	636	3.5e-23	82.6
TkA06G480100	`PF10236`	DAP3	579	705	0.21	11.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P43299`	拟南芥	sp\|P43299\|MCM7_ARATH DNA replication licensing factor MCM7	81.800%	Swiss-Prot	高置信
`B8BMI1`	水稻	sp\|B8BMI1\|MCM7_ORYSI DNA replication licensing factor MCM7	84.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q2QNM1`	水稻	sp\|Q2QNM1\|MCM7_ORYSJ DNA replication licensing factor MCM7	84.100%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情