基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
TkA06G479570
当前版本: TK1151
染色体: Chr06
坐标: 118824284-118825623
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA1224 bp · TkA06G479570|TK1151|cDNA
ATGGAAGAATATCTTGCAGATCTTAAGGTGTGGCTTAGTGGTTCGTTAACGTACCAACAGACCTGCCGTGAAGGATTCAAGAACACGACTGGTGATTCTGGCAAGATGATGAAGAAGATACTGGAATTGAGTGGGAAGCTCACTAGTAATGTATTAGCCATGGTGAATAGCGTTGGTGAATATCTTGGGGAAGTTCAATTAACTACGAACGATGAGGATGCATGGTGGGCCAGTGGCGATCGACGGTTGTTGCTTGATGT...
CDS
下载 CDS FASTA1224 bp · TkA06G479570|TK1151|CDS
ATGGAAGAATATCTTGCAGATCTTAAGGTGTGGCTTAGTGGTTCGTTAACGTACCAACAGACCTGCCGTGAAGGATTCAAGAACACGACTGGTGATTCTGGCAAGATGATGAAGAAGATACTGGAATTGAGTGGGAAGCTCACTAGTAATGTATTAGCCATGGTGAATAGCGTTGGTGAATATCTTGGGGAAGTTCAATTAACTACGAACGATGAGGATGCATGGTGGGCCAGTGGCGATCGACGGTTGTTGCTTGATGT...
407 aa · TkA06G479570|TK1151|PROTEIN
MEEYLADLKVWLSGSLTYQQTCREGFKNTTGDSGKMMKKILELSGKLTSNVLAMVNSVGEYLGEVQLTTNDEDAWWASGDRRLLLDVDRKTLKPNAIVAQDGSGTFWTIMDAVRIIPGNNTKPFVIFIKKGVYYEYVDIPRGANNVVFIGEGPTKTRITENRNYDEGEATYSTATVAVNGDGFMAKDIGFENTAGPAKHQAIALRISGDMTIIHHCTIDGYQDTLYTHAYRQFYRQCTIRGTVDFIFGNAAAVFQDCTII...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | TkA06G479570 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA06G479570 |
| OH-1004 ID | LXL04_022529 |
| 关系 / 置信度 | 序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核 |
| 蛋白一致性 (%) | 97.600 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 100.000 / OH-1004 33.017覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | TK1151 / GWHBCHF00000000 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | TkA06G479570 |
|---|---|
| 位置 | Chr06:118824284-118825623 (-) |
| 描述 | Similar to CAPH2: Condensin-2 complex subunit H2 |
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 | |
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · |
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:0010032 meiotic chromosome condensation 生物过程 GO:0042545 cell wall modification 生物过程 GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程 GO:0045739 positive regulation of DNA repair 生物过程 GO:0048358 mucilage pectin biosynthetic process 生物过程 GO:0051306 mitotic sister chromatid separation 生物过程 GO:0000793 condensed chromosome 细胞组分 GO:0000796 condensin complex 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 |
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT3G05610 ath:AT3G06830 ath:AT3G16730 ath:AT5G27870 ath:AT5G49180 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞外0.666
细胞膜0.093
细胞质0.091
溶酶体／液泡0.088
内质网0.070
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF04043PMEI4-54 aaPF11175GH172_2nd51-91 aaPF07278DUF144161-117 aaPF01095Pectinesterase95-390 aaPF12708Pect-lyase_RHGA_epim115-177 aaPF12708Pect-lyase_RHGA_epim181-270 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| TkA06G479570 | PF04043 | PMEI | 4 | 54 | 2.3e-09 | 38.3 |
| TkA06G479570 | PF11175 | GH172_2nd | 51 | 91 | 0.015 | 16.0 |
| TkA06G479570 | PF07278 | DUF1441 | 61 | 117 | 0.037 | 14.8 |
| TkA06G479570 | PF01095 | Pectinesterase | 95 | 390 | 1.4e-125 | 418.7 |
| TkA06G479570 | PF12708 | Pect-lyase_RHGA_epim | 115 | 177 | 0.018 | 15.6 |
| TkA06G479570 | PF12708 | Pect-lyase_RHGA_epim | 181 | 270 | 0.018 | 15.6 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q3E8Z8 | 拟南芥 | sp|Q3E8Z8|PME28_ARATH Putative pectinesterase/pectinesterase inhibitor 28 | 48.600% | Swiss-Prot | 中等置信 |
Q9FJ21 | 拟南芥 | sp|Q9FJ21|PME58_ARATH Probable pectinesterase/pectinesterase inhibitor 58 | 50.200% | Swiss-Prot | 高置信 |
Q8GX86 | 拟南芥 | sp|Q8GX86|PME21_ARATH Probable pectinesterase/pectinesterase inhibitor 21 | 47.200% | Swiss-Prot | 中等置信 |