TkA06G467320 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G467320

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 115581707-115584983 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2161 bp · TkA06G467320|TK1151|cDNA

ACTAATTTGGGGCTATTTTTTTTGTGAGCCCTATTTTGAAAAGTTTGGATCCCCATTTTTGTTCCCCATATACAAACCTGTCGCGTTCATTTCTTCCTCGCTTGACTTCAGGTCAAAAAATACGAAGAATTATCGAATTCGGTTCATCAGATCTTTCTTTATTCCTCATCCAATTACTGAAGTCATTTTCAATCCGTATCACGCAACTGCATATTCAAATTATTAGCAAAAGAAATGCGTACTTTCCCTCGCTTCTTGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1497 bp · TkA06G467320|TK1151|CDS

ATGAATAACAACGGACGTGGAGGAGGACGGTATCCGCCGGGAATCGGGCGTGGTGGTGGTGGGAATTATCAGGGAAGCACTAACCCTAGTTTCCAGCAACAGAGAAATTATCAACAACAGCAGTATGCGCAGAGGAATCCGATGCAAAACCAACAGTATCAACAGCAGCAACAACAACAACAGCAACAACAACAACAACAGTGGTTAAGAAGAAACTCACTGGAGAACCATACAAGCACCACGGTTGAAGTCGAAAAGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

498 aa · TkA06G467320|TK1151|PROTEIN

MNNNGRGGGRYPPGIGRGGGGNYQGSTNPSFQQQRNYQQQQYAQRNPMQNQQYQQQQQQQQQQQQQQWLRRNSLENHTSTTVEVEKTMQSEGNDSSSQDWKAQLRLPPADTRYRTEDVTATKGNEFEDYFLKRDLLMGIYEKGFERPSPVQEESIPIALTGSDILARAKNGTGKTAAFCIPILEKIDQDTNVIQAVILVPTRELALQTSQVCKELGKHLNIQVMVTTGGTSLKDDIMRLYQPVHLLVGTPGRILDLTKKG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G467320`
TK1151 ID	TkA06G467320
OH-1004 ID	LXL04_026733
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	88.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.594 / OH-1004 98.156 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G467320

位置 Chr06:115581707-115584983 (-)

描述 Similar to RH8: DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g00660`	参与mRNA周转的ATP依赖性RNA解旋酶，更具体地参与mRNA去帽。	暂无已核实直接文献
`At2g45810`	参与mRNA周转的ATP依赖性RNA解旋酶，更具体地参与mRNA去帽。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0533000`	参与mRNA周转的ATP依赖性RNA解旋酶，更具体地参与mRNA去帽。	暂无已核实直接文献
`Os02g0641800`	参与mRNA周转的ATP依赖性RNA解旋酶，更具体地参与mRNA去帽。	暂无已核实直接文献
`Os10g0503700`	参与mRNA周转的ATP依赖性RNA解旋酶，更具体地参与mRNA去帽。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026733 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0016032 viral process 生物过程

GO:0017148 negative regulation of translation 生物过程

GO:0019060 intracellular transport of viral protein in host cell 生物过程

GO:0033962 P-body assembly 生物过程

GO:0034063 stress granule assembly 生物过程

GO:0051028 mRNA transport 生物过程

GO:0000932 P-body 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分

GO:0043657 host cell 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G45810

ath:AT4G00660

dosa:Os02g0641800

dosa:Os04g0533000

dosa:Os10g0503700

osa:4336501

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.636

排名 1 · TkA06G467320 · TK1151

细胞核0.468

排名 2 · TkA06G467320 · TK1151

线粒体0.046

排名 3 · TkA06G467320 · TK1151

内质网0.041

排名 4 · TkA06G467320 · TK1151

细胞膜0.039

排名 5 · TkA06G467320 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03867FTZ22-95 aa

PF03153TFIIA23-105 aa

PF29509Mdt3032-83 aa

PF20802MAML1_3_TAD136-92 aa

PF00271Helicase_C47-70 aa

PF14617CMS149-75 aa

PF00270DEAD59-65 aa

PF00270DEAD148-313 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G467320	`PF03867`	FTZ	22	95	0.84	9.9
TkA06G467320	`PF03153`	TFIIA	23	105	0.0092	16.7
TkA06G467320	`PF29509`	Mdt30	32	83	8.4	6.0
TkA06G467320	`PF20802`	MAML1_3_TAD1	36	92	9.1	8.2
TkA06G467320	`PF00271`	Helicase_C	47	70	1.2e-31	109.9
TkA06G467320	`PF14617`	CMS1	49	75	0.16	12.0
TkA06G467320	`PF00270`	DEAD	59	65	3.8e-47	160.9
TkA06G467320	`PF00270`	DEAD	148	313	3.8e-47	160.9
TkA06G467320	`PF20802`	MAML1_3_TAD1	168	190	9.1	8.2
TkA06G467320	`PF00271`	Helicase_C	191	234	1.2e-31	109.9
TkA06G467320	`PF14617`	CMS1	200	274	0.16	12.0
TkA06G467320	`PF00271`	Helicase_C	348	456	1.2e-31	109.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RXK6`	拟南芥	sp\|Q8RXK6\|RH8_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 8	88.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q94BV4`	拟南芥	sp\|Q94BV4\|RH6_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 6	85.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q7XMK8`	水稻	sp\|Q7XMK8\|RH6_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 6	87.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q6H7S2`	水稻	sp\|Q6H7S2\|RH8_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 8	87.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q109G2`	水稻	sp\|Q109G2\|RH12_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 12	87.500%	Swiss-Prot	高置信

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