TkA06G466200 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G466200

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 115344475-115347261 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2265 bp · TkA06G466200|TK1151|cDNA

TTTGAATACCAACGTGAAATTTTGTCTTTTAGTTATAATAAAACCTTATTCTAAATTTAGCAAAGTCTTGGTCTGGAAAAAAGATTCCCAAAATCTTCAACCTCGAGTTCCCCATCTCATCACAAGAACCATCTACTCACTCTTCAGCACCTCCGCGTATTCATGGCCGCCCATGGCCACCGTTAACAGCCGACTTGGTCACCGTTTTTCCCAATTCCACCACTTTCCCCCAATCCGATCGATCCACCATGTCGACGGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1155 bp · TkA06G466200|TK1151|CDS

ATGTCGACGGCAGCACCCTCTTCTTCATCCGAATCCAACACCCCCAACATCGACGCCACTCCATTACTCTCCACAACCTCCGCCATTTCCGACCAAATCTTCCTCACCCGGCGATTCGTCCGAGGCCCACCTTCCCTTCGCGGCGCCGCGAGGTTCCTCCGTCGCGCCAGCAGCCGGAGAATGCTCCGTGAGCCGTCAATGCGAGTTAGGGAATCCGCCACCGAGCAAATCGAGGAGCGGCAGAGCGACTGGGCGTATTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

384 aa · TkA06G466200|TK1151|PROTEIN

MSTAAPSSSSESNTPNIDATPLLSTTSAISDQIFLTRRFVRGPPSLRGAARFLRRASSRRMLREPSMRVRESATEQIEERQSDWAYSRPIVILDLIWNLAFITVSVAVLVMSLNESPVMPLRIWIVGYAFQCLLHMVCVYVEYRHRYHQRSITSMEASSLNSNFSSSGNEGLESGDLASSRLQNEDDASVAKHLESANTMFSFIWWIIGFYWVSGGGPNLSSESPQLYWLCIAFLAFDVFFVVICVAVACVVGIAVCCCL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G466200`
TK1151 ID	TkA06G466200
OH-1004 ID	LXL04_026748
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	72.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.573 / OH-1004 93.052 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G466200

位置 Chr06:115344475-115347261 (+)

描述 Similar to At4g11680: E3 ubiquitin-protein ligase At4g11680

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g12760`	在体外介导E2依赖的蛋白泛素化。	暂无已核实直接文献
`At4g11680`	在体外介导E2依赖的蛋白泛素化。	暂无已核实直接文献
`At1g63170`	介导 E2 依赖性蛋白质泛素化。	暂无已核实直接文献
`At2g01735`	可能是胚胎发育所需的 E3 泛素蛋白连接酶。	A RING-H2 zinc-finger protein gene RIE1 is essential for seed development in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1023/b:plan.0000009256.01620.a6
`At2g35000`	E3 泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶 E2 UBC8 在体外催化多泛素化反应。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026748 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0016055 Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0030178 negative regulation of Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0038018 Wnt receptor catabolic process 生物过程

GO:0060828 regulation of canonical Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0072089 stem cell proliferation 生物过程

GO:0090090 negative regulation of canonical Wnt signaling pathway 生物过程

GO:2000051 negative regulation of non-canonical Wnt signaling pathway 生物过程

GO:2000095 regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12760

ath:AT1G63170

ath:AT2G01735

ath:AT4G11680

mmu:407821

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.386

排名 1 · TkA06G466200 · TK1151

细胞质0.218

排名 2 · TkA06G466200 · TK1151

内质网0.217

排名 3 · TkA06G466200 · TK1151

细胞膜0.194

排名 4 · TkA06G466200 · TK1151

高尔基体0.191

排名 5 · TkA06G466200 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12678zf-rbx1141-153 aa

PF17123zf-RING_11145-149 aa

PF13639zf-RING_2257-262 aa

PF17123zf-RING_11258-262 aa

PF13923zf-C3HC4_2259-266 aa

PF13639zf-RING_2329-371 aa

PF17123zf-RING_11329-357 aa

PF13923zf-C3HC4_2329-370 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G466200	`PF12678`	zf-rbx1	141	153	4.8e-05	24.2
TkA06G466200	`PF17123`	zf-RING_11	145	149	7.7e-06	26.2
TkA06G466200	`PF13639`	zf-RING_2	257	262	1.1e-12	48.8
TkA06G466200	`PF17123`	zf-RING_11	258	262	7.7e-06	26.2
TkA06G466200	`PF13923`	zf-C3HC4_2	259	266	0.0008	19.9
TkA06G466200	`PF13639`	zf-RING_2	329	371	1.1e-12	48.8
TkA06G466200	`PF17123`	zf-RING_11	329	357	7.7e-06	26.2
TkA06G466200	`PF13923`	zf-C3HC4_2	329	370	0.0008	19.9
TkA06G466200	`PF12678`	zf-rbx1	330	371	4.8e-05	24.2
TkA06G466200	`PF12861`	zf-ANAPC11	330	371	3.9	8.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LN71`	拟南芥	sp\|Q9LN71\|RING1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase At1g12760	61.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q93Z92`	拟南芥	sp\|Q93Z92\|RING4_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase At4g11680	62.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q8LDB8`	拟南芥	sp\|Q8LDB8\|RING2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase At1g63170	59.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q8GUU2`	拟南芥	sp\|Q8GUU2\|RIE1_ARATH E3 ubiquitin protein ligase RIE1	46.700%	Swiss-Prot	中等置信
`O64763`	拟南芥	sp\|O64763\|ATL9_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL9	48.200%	Swiss-Prot	低置信

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