TkA06G465480 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G465480

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 115164335-115168705 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1287 bp · TkA06G465480|TK1151|cDNA

TAAATTCGCCGAGTCCATGACTAGATTTACTTCTGAAAGTGGATCACTGAAATATGAGTAAAACTTGTATCACCAACTCATTAGTATGTATCCATTAGTCTCACTAAATAAATATCAATGTCGGATGTGAACCAAGAACCTTTAAATTACATCGAATCAACCTCCACCAACTTTGACACACTCCGTTTGTACGTCTTCTGCTCCATTTCTTTCTCCCCTTTTATACAACCGCACCATCTCTTACTGGCAGAGAATTCTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

552 bp · TkA06G465480|TK1151|CDS

ATGTCGGATGTGAACCAAGAACCTTTAAATTACATCGAATCAACCTCCACCAACTTTGACACACTCCGTTTGTACGTCTTCTGCTCCATTTCTTTCTCCCCTTTTATACAACCGCACCATCTCTTACTGGCAGAGAATTCTAGAGAGAGAAAACACAGAAATACAGAATCCATTGTTATGGGGAGAGGAAGAGTGGAGCTCAAGAGAATCGAGAACAAAATCAACCGACAAGTTACCTTCTCAAAACGAAGAAATGGTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

183 aa · TkA06G465480|TK1151|PROTEIN

MSDVNQEPLNYIESTSTNFDTLRLYVFCSISFSPFIQPHHLLLAENSRERKHRNTESIVMGRGRVELKRIENKINRQVTFSKRRNGLLKKAYELSVLCDAEVGLIIFSSRDKLYEFGSVGVMKTLERYQRCCFNPQDNNNERETQSWYQEVSKLKAKFESLQRTQRHLLGEDLGPLSVKELHN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G465480`
TK1151 ID	TkA06G465480
OH-1004 ID	LXL04_022691
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 59.416 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G465480

位置 Chr06:115164335-115168705 (+)

描述 Similar to MADS3: Agamous-like MADS-box protein MADS3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g45650`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0682200`	可能的转录因子。	MOSAIC FLORAL ORGANS1, an AGL6-like MADS box gene, regulates floral organ identity and meristem fate in rice.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.068742
`Os04g0580700`	可能的转录因子。	MOSAIC FLORAL ORGANS1, an AGL6-like MADS box gene, regulates floral organ identity and meristem fate in rice.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.068742

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022691 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009911 positive regulation of flower development 生物过程

GO:0010022 meristem determinacy 生物过程

GO:0010093 specification of floral organ identity 生物过程

GO:0010094 specification of carpel identity 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0010582 floral meristem determinacy 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G45650

dosa:Os02g0682200

sly:101268317

vvi:100232868

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.894

排名 1 · TkA06G465480 · TK1151

细胞质0.161

排名 2 · TkA06G465480 · TK1151

细胞膜0.038

排名 3 · TkA06G465480 · TK1151

内质网0.024

排名 4 · TkA06G465480 · TK1151

质体0.015

排名 5 · TkA06G465480 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01486K-box66-76 aa

PF06698DUF119266-77 aa

PF00319SRF-TF69-116 aa

PF27980EML_helical121-162 aa

PF26470DUF8145124-142 aa

PF01486K-box139-183 aa

PF06698DUF1192161-182 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G465480	`PF01486`	K-box	66	76	2.7e-13	50.6
TkA06G465480	`PF06698`	DUF1192	66	77	0.013	16.3
TkA06G465480	`PF00319`	SRF-TF	69	116	9.5e-27	92.9
TkA06G465480	`PF27980`	EML_helical	121	162	0.24	12.4
TkA06G465480	`PF26470`	DUF8145	124	142	0.025	15.1
TkA06G465480	`PF01486`	K-box	139	183	2.7e-13	50.6
TkA06G465480	`PF06698`	DUF1192	161	182	0.013	16.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P29386`	拟南芥	sp\|P29386\|AGL6_ARATH Agamous-like MADS-box protein AGL6	77.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6EU39`	水稻	sp\|Q6EU39\|MADS6_ORYSJ MADS-box transcription factor 6	87.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7XUN2`	水稻	sp\|Q7XUN2\|MAD17_ORYSJ MADS-box transcription factor 17	78.400%	Swiss-Prot	中等置信

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