RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G463020
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 114594589-114595095 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

507 bp · TkA06G463020|TK1151|cDNA

ATGGGTATGTATATGGGTTTCAAAGACACGGGCATTTCCAAGTATATGCTCTACGTATGTTTTGTACTATGTTCCGTTCAGAACATCGTTCTATTTATTTTTCGACTCCTTCGCTTCTTTAATCCGATTCAATCCCACCACAATCATGATCGTCAAAAACAACATGAAAACAGTCCTCCGATTTCAGCTGTGTTGACTCGTGAATTCCTCGTAGTCAAAAACTTCAAGGACGTTCATAAGAGGAAAGATTTGTTGCAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

507 bp · TkA06G463020|TK1151|CDS

ATGGGTATGTATATGGGTTTCAAAGACACGGGCATTTCCAAGTATATGCTCTACGTATGTTTTGTACTATGTTCCGTTCAGAACATCGTTCTATTTATTTTTCGACTCCTTCGCTTCTTTAATCCGATTCAATCCCACCACAATCATGATCGTCAAAAACAACATGAAAACAGTCCTCCGATTTCAGCTGTGTTGACTCGTGAATTCCTCGTAGTCAAAAACTTCAAGGACGTTCATAAGAGGAAAGATTTGTTGCAAAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

168 aa · TkA06G463020|TK1151|PROTEIN

MGMYMGFKDTGISKYMLYVCFVLCSVQNIVLFIFRLLRFFNPIQSHHNHDRQKQHENSPPISAVLTREFLVVKNFKDVHKRKDLLQSCAVCLNKFSGDDKIRCLENCTHIFHLDCLDRWMDHDQGTCPICRTPVLPYECKDEYNRRLKVVVANSLHTSCGEDLPISSL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G463020
TK1151 IDTkA06G463020
OH-1004 IDLXL04_022709
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)60.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 91.071 / OH-1004 95.625
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G463020
位置Chr06:114594589-114595095 (+)
描述Similar to BRH1: Brassinosteroid-responsive RING protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g61460 可能参与油菜素甾醇信号通路并调节莲座叶的生长发育。
Characterisation of BRH1, a brassinosteroid-responsive RING-H2 gene from Arabidopsis thaliana.2002 · DOI: 10.1007/s00425-001-0723-z
Overexpressed BRH1, a RING finger gene, alters rosette leaf shape in Arabidopsis thaliana.2018 · DOI: 10.1007/s11427-017-9133-8
At1g04360 RING-H2 指蛋白 ATL1。 暂无已核实直接文献
At1g23980 RING-H2指蛋白ATL47。 暂无已核实直接文献
At5g43420 RING-H2 指蛋白 ATL16。 暂无已核实直接文献
At5g40250 RING-H2 指蛋白 ATL46。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022709 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程
GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010200 response to chitin 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:1901371 regulation of leaf morphogenesis 生物过程
GO:1905421 regulation of plant organ morphogenesis 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G23980
ath:AT3G61460
ath:AT4G09100
ath:AT4G11360
ath:AT4G11370
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.269
排名 1 · TkA06G463020 · TK1151
内质网0.262
排名 2 · TkA06G463020 · TK1151
细胞膜0.247
排名 3 · TkA06G463020 · TK1151
细胞质0.235
排名 4 · TkA06G463020 · TK1151
细胞核0.163
排名 5 · TkA06G463020 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13832zf-HC5HC2H_219-24 aa
PF26452DUF813121-53 aa
PF13771zf-HC5HC2H73-116 aa
PF13832zf-HC5HC2H_281-116 aa
PF17120zf-RING_1685-128 aa
PF13920zf-C3HC4_386-134 aa
PF27108PHD_Pygo86-116 aa
PF22908PHD_NSD86-124 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G463020PF13832zf-HC5HC2H_219240.01316.4
TkA06G463020PF26452DUF813121530.2112.0
TkA06G463020PF13771zf-HC5HC2H731160.05914.3
TkA06G463020PF13832zf-HC5HC2H_2811160.01316.4
TkA06G463020PF17120zf-RING_16851280.0001721.8
TkA06G463020PF13920zf-C3HC4_3861340.0004620.6
TkA06G463020PF27108PHD_Pygo861160.02215.5
TkA06G463020PF22908PHD_NSD861240.08613.9
TkA06G463020PF13639zf-RING_2871311.9e-1144.8
TkA06G463020PF23555zf-RING_Vps41871230.02115.2
TkA06G463020PF21202SLX1_C871340.04814.7
TkA06G463020PF14446Prok-RING_1871180.2812.1
TkA06G463020PF17123zf-RING_11881162e-0731.3
TkA06G463020PF12678zf-rbx1881312.6e-0731.5
TkA06G463020PF12861zf-ANAPC11881323.1e-0731.0
TkA06G463020PF14634zf-RING_5881321.1e-0629.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9XF92拟南芥sp|Q9XF92|BRH1_ARATH Brassinosteroid-responsive RING protein 140.500%Swiss-Prot中等置信
P93823拟南芥sp|P93823|ATL1_ARATH RING-H2 finger protein ATL137.100%Swiss-Prot中等置信
Q8GW38拟南芥sp|Q8GW38|ATL47_ARATH RING-H2 finger protein ATL4742.100%Swiss-Prot低置信
Q9LSW9拟南芥sp|Q9LSW9|ATL16_ARATH RING-H2 finger protein ATL1646.900%Swiss-Prot低置信
Q9FL07拟南芥sp|Q9FL07|ATL46_ARATH RING-H2 finger protein ATL4654.500%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看