TkA06G460000 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G460000

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 113817867-113820056 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1467 bp · TkA06G460000|TK1151|cDNA

GTATTTTATTTTTTAAGCATTACAAACAATAGATCAAATATTATAAAATGGTATCCCATAAGTTAATTCCAAACACTTTTTCTTTCAACAATTTTGCATTTCGGGTCTACTAAAAAGTCCATATTTTGTAAAACCATATCAGGTGGACACGTGGACAACAGTATCCGGTTGGTGTCGCCGGACGGAGCAAAAACACTAGAAATAGCAAAAGGCCATTGCGCGCCGGTGACTTGTTTAGCTCTATCACCCGATAGCAAATA...

CDS

下载 CDS FASTA

696 bp · TkA06G460000|TK1151|CDS

ATGTCGGAGCCGTCCACCGGCACTGGGACACCGACTTCAGCTAGCGCCACCACCGCCGCTAGTGTCTTCATTGGTAAAAACAGAAGAAGACGTATCGAAGGTCCCATACAGATAATCCGTGGCCATCTCGGAGAAGTTATCGACTGCTGTGTGAACTCGGATCTCGGAGCTGTTGCATCGTGCTCTAATTCGTCAGATGTTTTGATTCATTCGGTAATTAGGGGTAGATTGCTTCGAAAGCTTCATGGTGTAAAGGCGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

231 aa · TkA06G460000|TK1151|PROTEIN

MSEPSTGTGTPTSASATTAASVFIGKNRRRRIEGPIQIIRGHLGEVIDCCVNSDLGAVASCSNSSDVLIHSVIRGRLLRKLHGVKADMVRVSKHGGIVTWNDSLRLLSSYTLNGVLVAQAHLPLSCTINCMEISFAGWSAVVGINSCSENEFDVQRNQGSEIERLDVPSPSVCLIDLHTLKVFHTMKLEEGQDITALTMNKDNTNLLVSTSDKKLIIFTDPAVDNSIAIFV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G460000`
TK1151 ID	TkA06G460000
OH-1004 ID	LXL04_022710
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.835 / OH-1004 7.997 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G460000

位置 Chr06:113817867-113820056 (-)

描述 Similar to BCHC2: BEACH domain-containing protein C2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g45540`	含BEACH结构域的蛋白C2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022710 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G45540

ath:AT3G60920

ddi:DDB_G0280971

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.616

排名 1 · TkA06G460000 · TK1151

细胞质0.359

排名 2 · TkA06G460000 · TK1151

细胞膜0.045

排名 3 · TkA06G460000 · TK1151

溶酶体／液泡0.041

排名 4 · TkA06G460000 · TK1151

线粒体0.034

排名 5 · TkA06G460000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24814WD40_Prp1913-86 aa

PF20426NBCH_WD4032-137 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz34-72 aa

PF00400WD4035-66 aa

PF25175Beta-prop_WDR536-84 aa

PF24105Beta-prop_CAF1B_HIR136-84 aa

PF25173Beta-prop_WDR3_1st38-91 aa

PF25168Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd38-78 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G460000	`PF24814`	WD40_Prp19	13	86	0.01	15.6
TkA06G460000	`PF20426`	NBCH_WD40	32	137	1.2e-09	38.3
TkA06G460000	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	34	72	0.0052	16.8
TkA06G460000	`PF00400`	WD40	35	66	0.00014	23.0
TkA06G460000	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	36	84	0.0011	19.1
TkA06G460000	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	36	84	0.091	12.4
TkA06G460000	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	38	91	1.4e-05	25.6
TkA06G460000	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	38	78	0.045	13.7
TkA06G460000	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	46	114	0.011	15.8
TkA06G460000	`PF29630`	ASA1	46	100	0.054	13.1
TkA06G460000	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	96	155	0.045	13.7
TkA06G460000	`PF00400`	WD40	120	134	0.00014	23.0
TkA06G460000	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	171	215	0.045	13.7
TkA06G460000	`PF20426`	NBCH_WD40	172	219	1.2e-09	38.3
TkA06G460000	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	172	218	0.0052	16.8
TkA06G460000	`PF24814`	WD40_Prp19	172	215	0.01	15.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IG73`	拟南芥	sp\|F4IG73\|BCHC2_ARATH BEACH domain-containing protein C2	50.900%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情