RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G457360
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 113076396-113094893 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

5947 bp · TkA06G457360|TK1151|cDNA

ATTAACTGATAACATCCATCCCAAACGATCGCCTTCTTCAACAACGACTCCCGATCAATCGTCGAGTTCAACAACAACTGAGATTCAATAATCCTAACATCCATCCCAAAGATGGTCTGGTGCATGTCCGGAGACACCATATTGTTTCAACGTGGATTTACACCGCTTCATTGAAGTATTTGAAGCGACGGAAACCATTTGCAACCAACGATGAAATCAGAAAAAGCTGCTAAACACCAACTAACATATCAGCATCAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

3117 bp · TkA06G457360|TK1151|CDS

ATGGAAAAGTTTGCAGAACGCTATTGTATATGTAATCCCAAGGCGTTTATTAGTGCTGATACGGCTTATGTTCTTGCTTACTCTGTTATTATGCTAAATACTGATGCTCATAATCCCATGGTCAAGAATAAGATGTCAGCTGATGACTTCATAAGAAACAACCGTGGCATAGATGACGGAAAAGATTTACCAGAGGAGTACCTGCGATCATTATTCGAACGAATATCAAGAAGTGAGATAAAAATGAAAGAAGACGATTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1038 aa · TkA06G457360|TK1151|PROTEIN

MEKFAERYCICNPKAFISADTAYVLAYSVIMLNTDAHNPMVKNKMSADDFIRNNRGIDDGKDLPEEYLRSLFERISRSEIKMKEDDLALQQSLSVNSNKILGLDSILNIVVRKRDEETHTSEDLMRHMQQQFQEKARRSESVYYAATDVFILRYMIEVCWAPMLVAFSVPLDKSDDVIVITKCLEGFRHAVHVTSAMSMKTHRDAFVTSLAKFTSLHSPADIKQKNIDAIKVIVTIADEDGDYLQEAWEHILTCISRFEQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G457360
TK1151 IDTkA06G457360
OH-1004 IDLXL04_022727
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 58.810
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G457360
位置Chr06:113076396-113094893 (+)
描述Similar to BIG2: Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g60860 通过将结合的 GDP 交换为游离的 GTP 来激活 ARF 蛋白。 暂无已核实直接文献
At1g01960 通过将结合的 GDP 交换为游离的 GTP 来激活 ARF 蛋白。 暂无已核实直接文献
At4g38200 通过将结合的 GDP 交换为游离的 GTP 来激活 ARF 蛋白。 暂无已核实直接文献
At4g35380 通过将结合的 GDP 交换为游离的 GTP 来激活 ARF 蛋白。 暂无已核实直接文献
At3g43300 通过将结合的 GDP 交换为游离的 GTP 来激活 ARF 蛋白。
Effector-triggered immunity blocks pathogen degradation of an immunity-associated vesicle traffic regulator in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1073/pnas.1103338108

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022727 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0001881 receptor recycling 生物过程
GO:0006887 exocytosis 生物过程
GO:0006893 Golgi to plasma membrane transport 生物过程
GO:0007032 endosome organization 生物过程
GO:0009561 megagametogenesis 生物过程
GO:0010256 endomembrane system organization 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程
GO:0032012 regulation of ARF protein signal transduction 生物过程
GO:0032760 positive regulation of tumor necrosis factor production 生物过程
GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程
GO:0043001 Golgi to plasma membrane protein transport 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G01960
ath:AT3G60860
ath:AT4G35380
ath:AT4G38200
hsa:10564
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.454
排名 1 · TkA06G457360 · TK1151
高尔基体0.414
排名 2 · TkA06G457360 · TK1151
细胞膜0.169
排名 3 · TkA06G457360 · TK1151
溶酶体／液泡0.142
排名 4 · TkA06G457360 · TK1151
内质网0.127
排名 5 · TkA06G457360 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01369Sec71-80 aa
PF02916DNA_PPF194-251 aa
PF09324Sec7-like_HDS217-257 aa
PF20252BIG2_C336-359 aa
PF23325TPR_28359-416 aa
PF09324Sec7-like_HDS385-415 aa
PF16206Mon2_C399-449 aa
PF21822Phage_TAC_15441-525 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G457360PF01369Sec71802.6e-32112.6
TkA06G457360PF02916DNA_PPF1942510.09613.5
TkA06G457360PF09324Sec7-like_HDS2172579.3e-31106.3
TkA06G457360PF20252BIG2_C3363596.2e-39134.5
TkA06G457360PF23325TPR_283594166.5e-0833.4
TkA06G457360PF09324Sec7-like_HDS3854159.3e-31106.3
TkA06G457360PF16206Mon2_C3994492.5e-0833.3
TkA06G457360PF21822Phage_TAC_154415250.01816.3
TkA06G457360PF09324Sec7-like_HDS4435259.3e-31106.3
TkA06G457360PF28349HSF2BP_C4564801.310.2
TkA06G457360PF23325TPR_284604966.5e-0833.4
TkA06G457360PF02985HEAT4624870.02815.4
TkA06G457360PF20252BIG2_C5185566.2e-39134.5
TkA06G457360PF16206Mon2_C5426902.5e-0833.3
TkA06G457360PF23325TPR_286267326.5e-0833.4
TkA06G457360PF02985HEAT6296580.02815.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LZX8拟南芥sp|Q9LZX8|BIG2_ARATH Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 267.100%Swiss-Prot高置信
Q9LPC5拟南芥sp|Q9LPC5|BIG3_ARATH Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 363.800%Swiss-Prot高置信
F4JSZ5拟南芥sp|F4JSZ5|BIG1_ARATH Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 147.800%Swiss-Prot中等置信
F4JN05拟南芥sp|F4JN05|BIG4_ARATH Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 446.700%Swiss-Prot中等置信
F4IXW2拟南芥sp|F4IXW2|BIG5_ARATH Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 532.900%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看