TkA06G451930 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G451930

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 111655019-111656807 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1341 bp · TkA06G451930|TK1151|cDNA

CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCTTGACCGCCGACGAAAGTTGTTTCGTTACAAGTTTTCCGGTAACGGTTGGAGTAGTGGACGAATTTGGGAAAAAGAGGAAAAGAAATGAGTACCGGAGAACTTCTCAGTGTCGAGCCTCAGGAGCTTGAGTTTCCTTTTGAGTTGAAGAAGCAGATCAACTGTTCCCTGCAGTTGACGAACAAGACGAATAATCATGTGGCTTTTAAGTTACAATGCAAGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

915 bp · TkA06G451930|TK1151|CDS

ATGAGTACCGGAGAACTTCTCAGTGTCGAGCCTCAGGAGCTTGAGTTTCCTTTTACAATGCAAGCTCAAAAGGAGGCCCCTCTAGACATGCAATGCAAGGACAAGTTTTTGCTTCAAAGTGCAGTTGCAAGCCCTGGAATTACCCCTGAAGATATTACTCTAGATATGTTTAGCAAGGAATCTGGAAATCAAGTGGAGGAATGCAAATTGAGAGTTAATTATGTTGCTCCAAATCAACCACCATCGCCAGTAAGAGAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

304 aa · TkA06G451930|TK1151|PROTEIN

MSTGELLSVEPQELEFPFTMQAQKEAPLDMQCKDKFLLQSAVASPGITPEDITLDMFSKESGNQVEECKLRVNYVAPNQPPSPVREGSDEGSSPRDSISDSVTSNTTDFNDIPRAYAESNEKLSETQKTTISELNDENEKQNGTISPSQDEHEKQKETKNVDLMDENEKQKVTISQLNDENESLKATISRLNGEILQLKDEIDKQKTAIAQLNDEAKSTFRASVKEMGEMINEFRKSTEDNIRMLSRRIRVAEQLHNETQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G451930`
TK1151 ID	TkA06G451930
OH-1004 ID	LXL04_022759
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	63.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 45.066 / OH-1004 79.237 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G451930

位置 Chr06:111655019-111656807 (-)

描述 Similar to PVA12: Vesicle-associated protein 1-2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g45140`	囊泡相关蛋白，与氧甾醇结合蛋白 ORP3A 结合并允许其靶向 ER。	The targeting of the oxysterol-binding protein ORP3a to the endoplasmic reticulum relies on the plant VAP33 homolog PVA12.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03815.x
`At3g60600`	是膜-细胞骨架适配器复合物的一部分，该复合物在内质网和质膜之间形成桥梁。	暂无已核实直接文献
`At4g00170`	可能在囊泡运输中起作用。	暂无已核实直接文献
`At1g51270`	可能在囊泡运输中起作用。	暂无已核实直接文献
`At2g23830`	可能在囊泡运输中起作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022759 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006605 protein targeting 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0061817 endoplasmic reticulum-plasma membrane tethering 生物过程

GO:0090158 endoplasmic reticulum membrane organization 生物过程

GO:0000326 protein storage vacuole 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005776 autophagosome 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G51270

ath:AT2G45140

ath:AT3G60600

ath:AT4G00170

ath:AT5G47180

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.631

排名 1 · TkA06G451930 · TK1151

细胞核0.303

排名 2 · TkA06G451930 · TK1151

细胞膜0.092

排名 3 · TkA06G451930 · TK1151

线粒体0.073

排名 4 · TkA06G451930 · TK1151

内质网0.057

排名 5 · TkA06G451930 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00635Motile_Sperm13-59 aa

PF04356DUF48984-141 aa

PF12128DUF358496-264 aa

PF28159CEP89107-200 aa

PF06785UPF0242111-164 aa

PF23177bHLH_IRO3116-139 aa

PF30816CEP152_CC1117-263 aa

PF11570E2R135117-162 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G451930	`PF00635`	Motile_Sperm	13	59	0.0018	18.8
TkA06G451930	`PF04356`	DUF489	84	141	0.75	10.6
TkA06G451930	`PF12128`	DUF3584	96	264	0.037	12.2
TkA06G451930	`PF28159`	CEP89	107	200	0.00078	18.7
TkA06G451930	`PF06785`	UPF0242	111	164	1.0	10.1
TkA06G451930	`PF23177`	bHLH_IRO3	116	139	4.7	8.4
TkA06G451930	`PF30816`	CEP152_CC1	117	263	0.021	13.9
TkA06G451930	`PF11570`	E2R135	117	162	2.7	9.0
TkA06G451930	`PF28808`	PT3	118	211	0.32	11.9
TkA06G451930	`PF24555`	CC4_CEP85	118	137	4.9	8.4
TkA06G451930	`PF13935`	Ead_Ea22	120	187	0.02	16.1
TkA06G451930	`PF16046`	FAM76	120	238	0.49	10.5
TkA06G451930	`PF07813`	LTXXQ	122	185	3.7	9.1
TkA06G451930	`PF16463`	Phage_TTP_13	123	152	0.23	11.7
TkA06G451930	`PF12329`	TMF_DNA_bd	125	157	0.28	11.9
TkA06G451930	`PF07558`	Shugoshin_N	125	140	1.6	9.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SHC8`	拟南芥	sp\|Q9SHC8\|VAP12_ARATH Vesicle-associated protein 1-2	69.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q8VZ95`	拟南芥	sp\|Q8VZ95\|VAP11_ARATH Vesicle-associated protein 1-1	73.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q84WW5`	拟南芥	sp\|Q84WW5\|VAP13_ARATH Vesicle-associated protein 1-3	52.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SYC9`	拟南芥	sp\|Q9SYC9\|VAP14_ARATH Vesicle-associated protein 1-4	61.700%	Swiss-Prot	低置信
`O82213`	拟南芥	sp\|O82213\|VAP31_ARATH Vesicle-associated protein 3-1	64.900%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情