TkA06G441110 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G441110

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 108990380-108996272 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3567 bp · TkA06G441110|TK1151|cDNA

TTTGGAATGAGAAAATTTAAAAATGTAAGCGGGAAAACAAGTATTTAAACAATCAAAGGATCTGCTTCCCATCCCATACTAATGAAGCAGCACACACAGGGGAGAGAGATGGCGGATGCATCCTCCAAGAAACCCATGAGTTTGAATCAGCTTCACAATCGCTTCCTCACCCCTTCTCATTCGAAAGCTTCTCCTTACGATCTCCTATCCGAAATGAAAAACCGGGAGAGGCAAGAGGAATACGATGCACCTTCCTTTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3264 bp · TkA06G441110|TK1151|CDS

ATGAAGCAGCACACACAGGGGAGAGAGATGGCGGATGCATCCTCCAAGAAACCCATGAGTTTGAATCAGCTTCACAATCGCTTCCTCACCCCTTCTCATTCGAAAGCTTCTCCTTACGATCTCCTATCCGAAATGAAAAACCGGGAGAGGCAAGAGGAATACGATGCACCTTCCTTTAATATCACCGATTTCGATTCTCCTTCTGAAATGAAAAACCTGGAGCTGCAGGAGAAATACGATGATCCTTCATTTAATATCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1087 aa · TkA06G441110|TK1151|PROTEIN

MKQHTQGREMADASSKKPMSLNQLHNRFLTPSHSKASPYDLLSEMKNRERQEEYDAPSFNITDFDSPSEMKNLELQEKYDDPSFNITDFDSTSGTRTKVVSDGKIVSVEALERADDIENSASHDEAGSTSSRSPSPEKITSSEDELPAADQRESSASIGGPVTSHMDNLTSEHVSVKRQKVKIKGRRRLCKVAVKDEEEEKEDENFQDVESDFTAAVSDFDSPIPVKTTENKRESGDEIRDILSDLSSRLEILSIEKGRR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G441110`
TK1151 ID	TkA06G441110
OH-1004 ID	LXL04_022838
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G441110

位置 Chr06:108990380-108996272 (-)

描述 Similar to CHR24: Protein CHROMATIN REMODELING 24

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g63950`	DNA解旋酶，作为纺锤体组装检查点的必需组分（基于相似性）。	A transient assay for recombination demonstrates that Arabidopsis SNM1 and XRCC3 enhance non-homologous recombination.2011 · DOI: 10.4238/vol10-3gmr1347

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0692750`	DNA解旋酶，作为纺锤体组装检查点的必需组分（基于相似性）。	Rice SNF2 family helicase ENL1 is essential for syncytial endosperm development.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12705

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022838 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0010965 regulation of mitotic sister chromatid separation 生物过程

GO:0016539 intein-mediated protein splicing 生物过程

GO:0045951 positive regulation of mitotic recombination 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:2000014 regulation of endosperm development 生物过程

GO:0000776 kinetochore 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005694 chromosome 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G63950

bta:782916

dosa:Os04g0692750

dre:100005291

mmu:236930

osa:9266414

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.833

排名 1 · TkA06G441110 · TK1151

细胞质0.215

排名 2 · TkA06G441110 · TK1151

线粒体0.039

排名 3 · TkA06G441110 · TK1151

细胞膜0.027

排名 4 · TkA06G441110 · TK1151

内质网0.017

排名 5 · TkA06G441110 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27248MJ1674_2nd235-283 aa

PF04851ResIII308-345 aa

PF04851ResIII381-547 aa

PF00176SNF2-rel_dom384-683 aa

PF13872AAA_34400-528 aa

PF11496HDA2-3735-868 aa

PF00271Helicase_C741-850 aa

PF15003HAUS2845-874 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G441110	`PF27248`	MJ1674_2nd	235	283	1.7	9.9
TkA06G441110	`PF04851`	ResIII	308	345	1.1e-08	35.9
TkA06G441110	`PF04851`	ResIII	381	547	1.1e-08	35.9
TkA06G441110	`PF00176`	SNF2-rel_dom	384	683	1.2e-58	199.2
TkA06G441110	`PF13872`	AAA_34	400	528	5.3e-05	23.0
TkA06G441110	`PF11496`	HDA2-3	735	868	0.0011	18.9
TkA06G441110	`PF00271`	Helicase_C	741	850	5.5e-24	85.2
TkA06G441110	`PF15003`	HAUS2	845	874	0.035	14.6
TkA06G441110	`PF27248`	MJ1674_2nd	1020	1082	1.7	9.9
TkA06G441110	`PF15003`	HAUS2	1021	1077	0.035	14.6
TkA06G441110	`PF00271`	Helicase_C	1044	1082	5.5e-24	85.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W103`	拟南芥	sp\|Q8W103\|CHR24_ARATH Protein CHROMATIN REMODELING 24	68.000%	Swiss-Prot	高置信
`A0A0P0WGX7`	水稻	sp\|A0A0P0WGX7\|ENL1_ORYSJ SNF2 domain-containing protein ENL1	60.900%	Swiss-Prot	中等置信

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