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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G437350
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 108101837-108106517 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3449 bp · TkA06G437350|TK1151|cDNA

CCGGGATGAAAGGGCAAAGGTGGGGAAGATATATATCAATTTCTTGAGAAATTTCGTAGGAAGAAGTCTTGAAATTTTGCCAACATTAACTTCGATGAAAATTTCAACCACGCCCATTGACTTGGAAGTAAACTCCATGGTCTTTCTCCCGTCTTCCCACCTCATATTTAATGTTATGTTCCTTCTGGATTTTAATAATCCACGTATTTTGAGCCGCTTCTTACAGAAATGGCGGAAATTCTACCAATTGGTACAATCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

3042 bp · TkA06G437350|TK1151|CDS

ATGGCGGAAATTCTACCAATTGGTACAATCTTGGCTGTCGCAATAAACCAGGTGATCAAAACAGCTCATGCTGCAAACGACATAGTAATCGAAAAAGAAAGCTTCAAAATCCTCTCATCTCACCTCTTCGATATCCTGAATGTCCTAAAAGAACTCGAACTCCAAAAACTAAACGAATCACCAATCGCAAGAAAAGCCCTAGAAAACCTCGAAACCGACGTCCAAAAAGCCAACACACTCGTCGAAAAATACAAAAACCG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1013 aa · TkA06G437350|TK1151|PROTEIN

MAEILPIGTILAVAINQVIKTAHAANDIVIEKESFKILSSHLFDILNVLKELELQKLNESPIARKALENLETDVQKANTLVEKYKNRGRFYLLIKCRHIVKEVQDVTRNIGKSLNNLCLANTELLSGISDEITRLQNTMQRAEFATCHSHVQILDKLNEGLANQKLDQGFANDIIADIATAVGVVVEPSEIRKELDSFKREKEEAENRKERAEVYFLEQIIELLSRADAARDYEHSKDQYLQRLRVIEGHDPKSESIPPF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G437350
TK1151 IDTkA06G437350
OH-1004 IDLXL04_022871
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)99.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G437350
位置Chr06:108101837-108106517 (-)
描述Similar to PUB43: U-box domain-containing protein 43
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g68940 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0232600 E3 泛素连接酶可能作为油菜素甾醇 信号传导的正调节因子。
The U-box E3 ubiquitin ligase TUD1 functions with a heterotrimeric G α subunit to regulate Brassinosteroid-mediated growth in rice.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003391
An E3 ubiquitin ligase, ERECT LEAF1, functions in brassinosteroid signaling of rice.2013 · DOI: 10.4161/psb.27117
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022871 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010115 regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程
GO:0010150 leaf senescence 生物过程
GO:0010271 regulation of chlorophyll catabolic process 生物过程
GO:0010380 regulation of chlorophyll biosynthetic process 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0090359 negative regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G20780
ath:AT1G76390
dosa:Os02g0234300
dosa:Os03g0657100
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.438
排名 1 · TkA06G437350 · TK1151
细胞膜0.306
排名 2 · TkA06G437350 · TK1151
细胞核0.304
排名 3 · TkA06G437350 · TK1151
内质网0.074
排名 4 · TkA06G437350 · TK1151
高尔基体0.059
排名 5 · TkA06G437350 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05659RPW88-101 aa
PF30699ARM_GAC_210-60 aa
PF25055DUF779216-114 aa
PF19584MCAfunc22-121 aa
PF25368PUB10_N41-133 aa
PF30882CCDC146_CC_N41-85 aa
PF22215MLKL_N45-120 aa
PF18397IKBKB_SDD53-131 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G437350PF05659RPW881010.03214.6
TkA06G437350PF30699ARM_GAC_210601.57.8
TkA06G437350PF25055DUF7792161140.03514.9
TkA06G437350PF19584MCAfunc221211.1e-0629.1
TkA06G437350PF25368PUB10_N411330.002719.1
TkA06G437350PF30882CCDC146_CC_N41850.1312.3
TkA06G437350PF22215MLKL_N451200.001618.6
TkA06G437350PF18397IKBKB_SDD531310.04114.0
TkA06G437350PF30699ARM_GAC_2662101.57.8
TkA06G437350PF25598ARM_PUB1232272.9e-1453.9
TkA06G437350PF30882CCDC146_CC_N1822230.1312.3
TkA06G437350PF04564U-box1872035.9e-1349.5
TkA06G437350PF04564U-box2623275.9e-1349.5
TkA06G437350PF30699ARM_GAC_23434181.57.8
TkA06G437350PF25598ARM_PUB3523892.9e-1453.9
TkA06G437350PF00514Arm3663859.3e-1658.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9CAA7拟南芥sp|Q9CAA7|PUB42_ARATH Putative U-box domain-containing protein 4221.800%Swiss-Prot低置信
Q10PI9水稻sp|Q10PI9|PUB75_ORYSJ U-box domain-containing protein 7539.500%Swiss-Prot低置信

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