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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G427640
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 105775630-105776124 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

495 bp · TkA06G427640|TK1151|cDNA

ATGGCTAACTTGGTAAGTCATTCAAAAACAGGGTTTTCAATATGCATCAAATACATATGTTTTCTTCTTTGTTTCATCCAAGACACGGTTTTATTTATATTTTGTTTTATCGGTATTGTTAAACCTGTTGAAATCCACCGTCACCACCATCCCCAAAAAAGACCACAAGGCCCTCCAATTTCGGCCATTTTGACACGAGAATTTCTTGTTACCATGAAATTCAAGGATATTATGCAAAATGATTCATCAGAATATTGTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

495 bp · TkA06G427640|TK1151|CDS

ATGGCTAACTTGGTAAGTCATTCAAAAACAGGGTTTTCAATATGCATCAAATACATATGTTTTCTTCTTTGTTTCATCCAAGACACGGTTTTATTTATATTTTGTTTTATCGGTATTGTTAAACCTGTTGAAATCCACCGTCACCACCATCCCCAAAAAAGACCACAAGGCCCTCCAATTTCGGCCATTTTGACACGAGAATTTCTTGTTACCATGAAATTCAAGGATATTATGCAAAATGATTCATCAGAATATTGTGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

164 aa · TkA06G427640|TK1151|PROTEIN

MANLVSHSKTGFSICIKYICFLLCFIQDTVLFIFCFIGIVKPVEIHRHHHPQKRPQGPPISAILTREFLVTMKFKDIMQNDSSEYCAVCLDEFEGDDEMRCLPNCKHIFHQNCLDSWMDQIHDTCPLCRIPLLPLACEDEYKSRFRVAIGLNNFYGEDFTIMEL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G427640
TK1151 IDTkA06G427640
OH-1004 IDLXL04_022621
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)63.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.780 / OH-1004 53.135
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G427640
位置Chr06:105775630-105776124 (-)
描述Similar to BRH1: Brassinosteroid-responsive RING protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g61460 可能参与油菜素甾醇信号通路并调节莲座叶的生长发育。
Characterisation of BRH1, a brassinosteroid-responsive RING-H2 gene from Arabidopsis thaliana.2002 · DOI: 10.1007/s00425-001-0723-z
Overexpressed BRH1, a RING finger gene, alters rosette leaf shape in Arabidopsis thaliana.2018 · DOI: 10.1007/s11427-017-9133-8
At5g05810 RING-H2 指蛋白 ATL43。 暂无已核实直接文献
At5g06490 推测的RING-H2指蛋白 ATL71。 暂无已核实直接文献
At5g46650 RING-H2 指蛋白 ATL30。 暂无已核实直接文献
At2g01150 E3 泛素蛋白连接酶参与种子萌发和幼苗早期发育过程中脱落酸 信号传导的正向调节以及对盐和渗透胁迫的反应。
The Arabidopsis RING finger E3 ligase RHA2b acts additively with RHA2a in regulating abscisic acid signaling and drought response.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.176214

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022621 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程
GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0010200 response to chitin 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0047484 regulation of response to osmotic stress 生物过程
GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程
GO:1901371 regulation of leaf morphogenesis 生物过程
GO:1905421 regulation of plant organ morphogenesis 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G23980
ath:AT2G01150
ath:AT2G35420
ath:AT3G18930
ath:AT3G61460
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.272
排名 1 · TkA06G427640 · TK1151
内质网0.255
排名 2 · TkA06G427640 · TK1151
细胞核0.215
排名 3 · TkA06G427640 · TK1151
细胞膜0.199
排名 4 · TkA06G427640 · TK1151
溶酶体／液泡0.194
排名 5 · TkA06G427640 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21202SLX1_C7-24 aa
PF14835zf-RING_619-29 aa
PF13832zf-HC5HC2H_270-114 aa
PF08746zf-RING-like77-89 aa
PF12678zf-rbx179-129 aa
PF14446Prok-RING_180-114 aa
PF00130C1_180-115 aa
PF13920zf-C3HC4_383-131 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G427640PF21202SLX1_C7243.48.8
TkA06G427640PF14835zf-RING_619290.01116.3
TkA06G427640PF13832zf-HC5HC2H_2701140.01815.9
TkA06G427640PF08746zf-RING-like77890.1113.4
TkA06G427640PF12678zf-rbx1791294e-0730.9
TkA06G427640PF14446Prok-RING_1801140.01216.4
TkA06G427640PF00130C1_1801150.08113.5
TkA06G427640PF13920zf-C3HC4_3831310.001319.2
TkA06G427640PF17120zf-RING_16841260.0004120.6
TkA06G427640PF22191IBR_184942.88.6
TkA06G427640PF13923zf-C3HC4_2851283.6e-0730.6
TkA06G427640PF23413zf_RING_Vps8_fungal85910.05713.4
TkA06G427640PF22908PHD_NSD851240.1213.5
TkA06G427640PF26037zf-RING_DCST1_C851290.1512.8
TkA06G427640PF13639zf-RING_2861293.2e-1247.2
TkA06G427640PF17123zf-RING_11861141.6e-0938.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9XF92拟南芥sp|Q9XF92|BRH1_ARATH Brassinosteroid-responsive RING protein 141.700%Swiss-Prot中等置信
Q5EAE9拟南芥sp|Q5EAE9|ATL43_ARATH RING-H2 finger protein ATL4344.100%Swiss-Prot低置信
Q9FG21拟南芥sp|Q9FG21|ATL71_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL7141.100%Swiss-Prot低置信
Q9FIR0拟南芥sp|Q9FIR0|ATL30_ARATH RING-H2 finger protein ATL3030.400%Swiss-Prot中等置信
Q9ZU51拟南芥sp|Q9ZU51|RHA2B_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RHA2B34.200%Swiss-Prot低置信

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