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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G420050
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 104003956-104004564 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

609 bp · TkA06G420050|TK1151|cDNA

ATGGCGAACTTCTTAGATGCGTATAATCCTCCTCCGACGGGCTATTTGCAGATGGGAGACGCCGTTATCCGTGTCTTCAACTCTTTCCCTCTTCAATTTCTCCCACACCACCATCGCTTCCATCCTGAATTTCTCACCCACTCACTCTGTTATTTCCATCCTCTTCCCTACCCATTCACCTGGTTTGTAGACGGAACCCATGCTGTTTGTAACGACCTTTATGTACCACCAACTCCGTATTACGCTCTCAATGCCAACCG...

CDS

下载 CDS FASTA

609 bp · TkA06G420050|TK1151|CDS

ATGGCGAACTTCTTAGATGCGTATAATCCTCCTCCGACGGGCTATTTGCAGATGGGAGACGCCGTTATCCGTGTCTTCAACTCTTTCCCTCTTCAATTTCTCCCACACCACCATCGCTTCCATCCTGAATTTCTCACCCACTCACTCTGTTATTTCCATCCTCTTCCCTACCCATTCACCTGGTTTGTAGACGGAACCCATGCTGTTTGTAACGACCTTTATGTACCACCAACTCCGTATTACGCTCTCAATGCCAACCG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

202 aa · TkA06G420050|TK1151|PROTEIN

MANFLDAYNPPPTGYLQMGDAVIRVFNSFPLQFLPHHHRFHPEFLTHSLCYFHPLPYPFTWFVDGTHAVCNDLYVPPTPYYALNANRQYAEQSHVSESDDEVFILDDYYVDINDQVTNQSFETAGPSGLTKKFISNNLRVERSCEEEEEEEEGEICVICQSEFEKEKLAVLQCQHRYHPRCIKEWLLLQNVCPICKGEVFSV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G420050
TK1151 IDTkA06G420050
OH-1004 IDLXL04_022926
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G420050
位置Chr06:104003956-104004564 (-)
描述Similar to ZFP1: Probable E3 ubiquitin-protein ligase ZFP1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g15530 E3 泛素蛋白连接酶通过以 RING-H2 依赖性方式靶向 MED25 降解，充当 MED25 稳定性调节剂。
Proteasome-mediated turnover of Arabidopsis MED25 is coupled to the activation of FLOWERING LOCUS T transcription.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.205500
At4g34040 E3 泛素蛋白连接酶通过以 RING-H2 依赖性方式靶向 MED25 降解，充当 MED25 稳定性调节剂。
Proteasome-mediated turnover of Arabidopsis MED25 is coupled to the activation of FLOWERING LOCUS T transcription.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.205500

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0667700 可能的 E3 泛素蛋白连接酶。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022926 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009845 seed germination 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0010218 response to far red light 生物过程
GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
GO:0061659 ubiquitin-like protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G15530
ath:AT4G34040
ath:AT5G42940
dosa:Os01g0667700
dre:767686
osa:4326322
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.568
排名 1 · TkA06G420050 · TK1151
细胞质0.529
排名 2 · TkA06G420050 · TK1151
内质网0.062
排名 3 · TkA06G420050 · TK1151
细胞膜0.053
排名 4 · TkA06G420050 · TK1151
溶酶体／液泡0.044
排名 5 · TkA06G420050 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10806SAM3519-33 aa
PF17123zf-RING_1133-41 aa
PF26148VPS18_RING_C34-45 aa
PF23413zf_RING_Vps8_fungal37-43 aa
PF13923zf-C3HC4_268-75 aa
PF00097zf-C3HC469-77 aa
PF13445zf-RING_UBOX69-77 aa
PF23412zf_RING_Vps888-102 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G420050PF10806SAM3519330.04314.8
TkA06G420050PF17123zf-RING_1133415.4e-0626.7
TkA06G420050PF26148VPS18_RING_C34450.02115.7
TkA06G420050PF23413zf_RING_Vps8_fungal37430.0214.9
TkA06G420050PF13923zf-C3HC4_268758.2e-0729.4
TkA06G420050PF00097zf-C3HC469772.3e-0628.1
TkA06G420050PF13445zf-RING_UBOX69770.009316.7
TkA06G420050PF23412zf_RING_Vps8881020.0514.2
TkA06G420050PF10806SAM35891710.04314.8
TkA06G420050PF29721TMEM129_C1101980.2812.2
TkA06G420050PF23081HTH_KIF26A_B_1st1271740.01716.0
TkA06G420050PF13771zf-HC5HC2H1421870.08113.9
TkA06G420050PF23475zf-Tbcl_FmdE1501621.29.4
TkA06G420050PF26148VPS18_RING_C1511860.02115.7
TkA06G420050PF02132RecR_ZnF1521612.38.9
TkA06G420050PF13920zf-C3HC4_31531991.1e-0525.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9ZQF9拟南芥sp|Q9ZQF9|MBR1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase MBR146.900%Swiss-Prot低置信
O49500拟南芥sp|O49500|MBR2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase MBR246.900%Swiss-Prot低置信
Q5QLR5水稻sp|Q5QLR5|ZFP1_ORYSJ Probable E3 ubiquitin-protein ligase ZFP139.300%Swiss-Prot低置信

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