TkA06G413950 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G413950

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 102450469-102455940 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2041 bp · TkA06G413950|TK1151|cDNA

TCTCAAATCTGCCACTGAAAGACAACTGATGCTGCCCGCTTACCACCGCTACTCCGCCTCCGCTGCACTGCACCACCGGAAAAGGATGGAGCGGGAACCCGGTATGTGGGAAGAGGTACCATTTCATAATAAAGGGTGATGGGGCTTCCATTGGTGGTTACAACAAATCATGTCTTGGTTGTGGAGCTTCCCTCCATTTATCCGACTCAAGGTGCAAGACATGCAACCATGTGATAACTACCGAAGACATTGAGGACCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2007 bp · TkA06G413950|TK1151|CDS

ATGGTCGTCAACGGCCGTCCCTTGAAGAGGATGAAGAGGAGAGTAACCGCCGACCTCAACGATTTTCTAACTTTCCCCTCCGGCGATTTGACCCCGACGGCCCCTTTCAGGACTAGCGTCAGGGAGTTTTTGCTACGGCACGCGCTTCTTCCACCGCCTTCCTCCCTCCTACCACATCTGCTGACGTGGCAGATCCCGTTCCGGATTGGGGAACAGACCGTAGGCGGTGATGGTGATTCGTCCGTTTGCCTTGATGTGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

668 aa · TkA06G413950|TK1151|PROTEIN

MVVNGRPLKRMKRRVTADLNDFLTFPSGDLTPTAPFRTSVREFLLRHALLPPPSSLLPHLLTWQIPFRIGEQTVGGDGDSSVCLDVVEEDVIRSRSVYCDQCRVVGWSGNPVCGKRYHFIIKGDGASIGGYNKSCLGCGASLHLSDSRCKTCNHVITTEDIEDRMYNQLEDTNHLLHGVVHVNGYGHLLRVNGREGGSRVLSGSHIMDFWDRLCKLLGVRQVSVMDVSKKYDLDFRLLHSVVKGHPWYGNWGYKFGAGSY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G413950`
TK1151 ID	TkA06G413950
OH-1004 ID	LXL04_023022
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	82.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G413950

位置 Chr06:102450469-102455940 (+)

描述 Similar to At1g33420: PHD finger protein At1g33420

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g33420`	PHD指蛋白At1g33420。	暂无已核实直接文献
`At1g66170`	雄性减数分裂期间染色体组织和进展所需的可能转录因子。	The Arabidopsis MALE MEIOCYTE DEATH1 gene encodes a PHD-finger protein that is required for male meiosis.2003 · DOI: 10.1105/tpc.010447 The DUET gene is necessary for chromosome organization and progression during male meiosis in Arabidopsis and encodes a PHD finger protein.2003 · DOI: 10.1242/dev.00827 The PHD Finger Protein MMD1/DUET Ensures the Progression of Male Meiotic Chromosome Condensation and Directly Regulates the Expression of the Condensin Gene CAP-D3.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00040 Cell-type-dependent histone demethylase specificity promotes meiotic chromosome condensation in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1038/s41477-020-0697-0
`At5g22260`	参与花药和减数分裂后花粉发育及成熟所需的转录激活因子。	暂无已核实直接文献
`At2g01810`	PHD 指蛋白 At2g01810。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0449000`	绒毡层程序性细胞死亡和退化以及花药花粉发育所需的可能转录激活剂。	PERSISTENT TAPETAL CELL1 encodes a PHD-finger protein that is required for tapetal cell death and pollen development in rice.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.175760

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023022 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000212 meiotic spindle organization 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007060 male meiosis chromosome segregation 生物过程

GO:0007140 male meiotic nuclear division 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0010032 meiotic chromosome condensation 生物过程

GO:0010208 pollen wall assembly 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0022414 reproductive process 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G33420

ath:AT1G66170

ath:AT5G22260

dosa:Os09g0449000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.951

排名 1 · TkA06G413950 · TK1151

细胞质0.097

排名 2 · TkA06G413950 · TK1151

细胞膜0.029

排名 3 · TkA06G413950 · TK1151

内质网0.022

排名 4 · TkA06G413950 · TK1151

质体0.013

排名 5 · TkA06G413950 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20826PHD_580-93 aa

PF30977Bucky_ball89-171 aa

PF00628PHD93-103 aa

PF00628PHD135-144 aa

PF25874WHD_plant_repro152-169 aa

PF27744MS1_N175-181 aa

PF27744MS1_N234-275 aa

PF23202PAH_ZNF598280-329 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G413950	`PF20826`	PHD_5	80	93	0.0022	18.7
TkA06G413950	`PF30977`	Bucky_ball	89	171	0.38	10.0
TkA06G413950	`PF00628`	PHD	93	103	1.7e-06	28.7
TkA06G413950	`PF00628`	PHD	135	144	1.7e-06	28.7
TkA06G413950	`PF25874`	WHD_plant_repro	152	169	1e-10	42.1
TkA06G413950	`PF27744`	MS1_N	175	181	1.2e-20	74.0
TkA06G413950	`PF27744`	MS1_N	234	275	1.2e-20	74.0
TkA06G413950	`PF23202`	PAH_ZNF598	280	329	0.018	16.0
TkA06G413950	`PF27748`	MS1_C	290	320	6.3e-05	23.0
TkA06G413950	`PF25874`	WHD_plant_repro	351	428	1e-10	42.1
TkA06G413950	`PF25565`	Ubiquitin_At1g33420	501	590	5.7e-27	94.2
TkA06G413950	`PF00628`	PHD	612	656	1.7e-06	28.7
TkA06G413950	`PF20826`	PHD_5	612	656	0.0022	18.7
TkA06G413950	`PF31197`	PHD_JHD1	614	642	0.076	13.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C810`	拟南芥	sp\|Q9C810\|Y1342_ARATH PHD finger protein At1g33420	50.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q7X6Y7`	拟南芥	sp\|Q7X6Y7\|MMD1_ARATH PHD finger protein MALE MEIOCYTE DEATH 1	30.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FMS5`	拟南芥	sp\|Q9FMS5\|MS1_ARATH PHD finger protein MALE STERILITY 1	31.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZUA9`	拟南芥	sp\|Q9ZUA9\|Y2181_ARATH PHD finger protein At2g01810	27.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q67V61`	水稻	sp\|Q67V61\|PTC1_ORYSJ PHD finger protein PERSISTENT TAPETAL CELL 1	33.900%	Swiss-Prot	中等置信

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