TkA06G398860 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G398860

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 98826547-98829336 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2073 bp · TkA06G398860|TK1151|cDNA

AAATAGTTGTCCTCAATATGATATTTATGTTATACAGGAAATTCCTACTTTACCCCTACGTTGAGTGCTTAATCATACCCATTTCCCAAGCAACCCGACCGCCCAAACACCAAACCAACTTCTACCTCAACAAAACGGAAGTCTTTACTTCACTCCGTCTCCGCCCGTCCCCGGCAATCTTCCAAGTCAATTCAGGTCATTGGCTGACTTCTGTACAGATACATACATAATGATCTGACATAAAGATTTCACTTTTGAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1374 bp · TkA06G398860|TK1151|CDS

ATGGTTTGTAAACTATCAACAAGGCTAATGAACATCTGCATATCATCATACTGCAAACTCCAACAACTCGAAAAAGCCGAATCAATCATCATCGATGCCATAAGGTTAGGCACACTTCCCGATGTTGTCACATACAACACACTAGTCTCCGCATATTGTCGTTTTGTTGACCTCGATTCCGGTTACTCAGTCCTAAATCGAATGAAAGAAGCCAAAATCCCCCCAAATGTCATAACCTACAATTCTCTCCTCACGGGTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

457 aa · TkA06G398860|TK1151|PROTEIN

MVCKLSTRLMNICISSYCKLQQLEKAESIIIDAIRLGTLPDVVTYNTLVSAYCRFVDLDSGYSVLNRMKEAKIPPNVITYNSLLTGASKHLLHSKCVELFNEMLKLQITPDVWTYNILIHCFFRLGNPEEANKTFHDITNIHNLSPCVTTYNTMFNGLCKNGYTHHALTLYKNLKKNGFIFELITYNILIDALYKSGRLRAARMVFKELQESGLSPNANTYTTLMKYLFNSKQLKQGIELFHEMNTKGYTFDAFPYCTVA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G398860`
TK1151 ID	TkA06G398860
OH-1004 ID	LXL04_023120
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G398860

位置 Chr06:98826547-98829336 (+)

描述 Similar to At4g17915: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At4g17915

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g17915`	推定的含五十二肽重复序列蛋白At4g17915。	暂无已核实直接文献
`At5g46680`	含五肽重复的蛋白At5g46680。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023120 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G22470

ath:AT5G46680

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.859

排名 1 · TkA06G398860 · TK1151

质体0.060

排名 2 · TkA06G398860 · TK1151

细胞核0.044

排名 3 · TkA06G398860 · TK1151

细胞质0.031

排名 4 · TkA06G398860 · TK1151

细胞膜0.013

排名 5 · TkA06G398860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070MSC6_N4-56 aa

PF13041PPR_29-54 aa

PF23276TPR_249-28 aa

PF01535PPR11-37 aa

PF12854PPR_112-27 aa

PF13424TPR_1216-36 aa

PF07719TPR_216-27 aa

PF00515TPR_116-27 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G398860	`PF29070`	MSC6_N	4	56	8.3e-18	65.3
TkA06G398860	`PF13041`	PPR_2	9	54	1.5e-94	310.6
TkA06G398860	`PF23276`	TPR_24	9	28	3.8e-26	92.3
TkA06G398860	`PF01535`	PPR	11	37	6e-79	255.7
TkA06G398860	`PF12854`	PPR_1	12	27	5.6e-69	228.3
TkA06G398860	`PF13424`	TPR_12	16	36	1e-06	29.5
TkA06G398860	`PF07719`	TPR_2	16	27	1.7e-05	25.3
TkA06G398860	`PF00515`	TPR_1	16	27	0.0003	21.2
TkA06G398860	`PF10037`	MRP-S27	16	66	0.12	12.0
TkA06G398860	`PF14559`	TPR_19	17	31	0.00033	21.6
TkA06G398860	`PF13374`	TPR_10	17	35	0.0052	17.4
TkA06G398860	`PF13181`	TPR_8	19	36	0.015	16.1
TkA06G398860	`PF17177`	PPR_long	20	85	4.1e-18	66.2
TkA06G398860	`PF13812`	PPR_3	29	84	6.1e-46	155.1
TkA06G398860	`PF12854`	PPR_1	39	69	5.6e-69	228.3
TkA06G398860	`PF13041`	PPR_2	40	88	1.5e-94	310.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P0C043`	拟南芥	sp\|P0C043\|PP318_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At4g17915	70.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q56XR6`	拟南芥	sp\|Q56XR6\|PP421_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g46680	55.600%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情